genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  160  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48884244--48884325	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
48892163--48892232	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
48892163--48892244	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
48897464--48897524	27	2.3	26	82	2	68	32	22	22	21	1.98
48905022--48905073	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
48908513--48908768	55	4.8	54	75	11	203	23	23	16	37	1.93
48909103--48909159	30	1.9	30	85	0	78	29	21	8	40	1.83
48914678--48914833	78	2.0	76	96	2	285	36	21	14	28	1.92
48916107--48916137	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
48916103--48916143	20	2.0	20	85	0	55	36	21	0	41	1.54
48916351--48916583	55	4.4	53	81	7	251	21	24	18	35	1.95
48916375--48916583	55	3.9	54	83	6	253	22	25	17	33	1.96
48916376--48916573	108	1.8	110	90	2	319	23	26	16	33	1.96
48923077--48923247	27	6.3	27	83	5	114	30	13	17	38	1.88
48923117--48923353	27	8.8	27	83	5	248	30	10	19	39	1.85
48923116--48923353	80	2.9	82	78	8	254	31	10	19	39	1.85
48923340--48923367	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
48923313--48923391	41	1.9	41	92	5	133	26	10	20	43	1.83
48930430--48930534	24	4.2	24	76	7	104	26	20	19	33	1.96
48931213--48931257	23	2.0	23	100	0	90	31	0	17	51	1.46
48938543--48938630	43	2.0	44	88	2	133	26	27	21	25	1.99
48940044--48940188	50	2.9	51	82	2	184	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48944140--48944289	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
48944164--48944347	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
48948591--48948740	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
48948615--48948798	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
48956597--48956723	66	1.9	64	82	7	157	31	18	29	20	1.96
48961027--48961154	66	1.9	65	85	6	177	32	17	29	20	1.96
48966772--48966837	30	2.2	30	94	0	114	22	24	31	21	1.98
48974376--48974472	37	2.6	37	100	0	194	24	32	17	24	1.97
48974506--48975510	48	21.0	48	92	0	1629	31	25	6	36	1.81
48975439--48975469	13	2.4	13	94	0	53	41	25	0	32	1.56
48978816--48979007	40	4.8	40	96	1	332	25	27	20	26	1.99
48980191--48980277	37	2.4	37	98	0	165	26	32	18	22	1.97
48980314--48981798	48	31.0	48	92	0	2364	31	26	6	36	1.81
48992304--48992566	40	6.6	40	82	8	290	25	26	22	25	2.00
48992304--48992566	79	3.3	79	86	4	343	25	26	22	25	2.00
48995931--48996319	47	8.3	47	92	0	598	27	29	8	34	1.87
48998471--48998955	239	2.0	241	82	5	579	31	21	12	34	1.92
49004707--49005165	238	1.9	240	81	5	563	32	20	12	34	1.91
49011347--49011609	79	3.3	80	83	4	311	25	26	22	25	2.00
49011347--49011610	40	6.7	39	78	8	266	26	26	22	25	2.00
49014847--49014881	17	1.9	19	88	11	56	42	0	5	51	1.25
49019290--49019359	35	2.0	35	97	0	131	8	35	0	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49021030--49021104	37	2.0	37	97	0	141	29	25	6	38	1.81
49027061--49027182	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
49027284--49027400	49	2.4	49	97	0	216	29	32	9	29	1.88
49030928--49031153	29	7.8	29	96	1	409	24	31	16	26	1.96
49033232--49033353	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
49033455--49033571	49	2.4	49	97	0	216	29	32	9	29	1.88
49042207--49042238	16	2.0	16	100	0	64	18	18	31	31	1.95
49046353--49046523	93	1.8	93	91	2	281	29	29	20	21	1.98
49046347--49046518	46	3.7	46	77	13	183	29	29	19	21	1.98
49047274--49047356	41	2.0	41	100	0	166	42	16	14	26	1.87
49056461--49056503	20	2.1	20	82	4	50	53	13	25	6	1.65
49064949--49065172	40	5.6	40	86	2	290	32	26	21	19	1.97
49072893--49073110	40	5.5	39	84	3	240	33	27	20	18	1.96
49072893--49073110	80	2.7	80	87	0	285	33	27	20	18	1.96
49072887--49073110	120	1.9	119	83	2	288	33	27	20	19	1.96
49081707--49081744	17	2.2	17	90	0	58	26	10	5	57	1.53
49084680--49084712	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
49087574--49087648	27	2.8	27	89	0	105	20	21	20	38	1.93
49087628--49087678	26	2.0	26	84	0	66	15	15	25	43	1.86
49092285--49092448	48	3.5	48	75	9	140	25	18	30	26	1.98
49092347--49092436	44	2.0	44	82	4	110	25	17	31	25	1.97
49096598--49096657	31	2.0	30	84	12	79	46	1	15	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49099086--49099146	30	2.0	31	83	3	79	40	6	19	32	1.77
49099565--49099740	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
49099562--49099732	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
49104399--49104566	40	4.2	40	83	3	187	26	27	20	25	1.99
49104389--49104566	80	2.2	80	82	3	207	26	27	20	25	1.99
49111076--49111283	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
49111078--49111283	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
49115771--49115897	40	3.2	40	85	2	166	25	27	20	25	1.99
49115771--49115933	40	4.1	40	80	6	159	26	27	20	25	1.99
49115771--49115933	80	2.0	80	82	4	195	26	27	20	25	1.99
49121740--49121915	46	3.8	46	77	14	182	20	22	28	28	1.98
49121737--49121908	93	1.8	93	93	0	299	20	22	29	27	1.99
49124540--49124733	50	3.9	49	79	6	203	27	27	18	26	1.98
49124551--49124737	101	1.9	99	85	4	259	28	27	17	26	1.98
49126859--49126923	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
49126859--49126927	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
49129247--49129513	39	6.8	39	89	1	392	22	25	28	23	2.00
49133564--49133628	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
49133564--49133632	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
49139201--49139267	34	2.0	33	83	13	84	32	22	23	20	1.98
49140953--49141023	35	2.0	35	91	0	115	40	2	16	39	1.64
49140957--49141014	19	3.2	19	69	14	50	44	1	15	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49143270--49143329	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
49144071--49144269	27	7.4	27	87	1	274	23	20	19	36	1.95
49144075--49144269	54	3.6	54	93	1	304	23	21	18	36	1.95
49145213--49145322	54	2.0	54	91	0	175	30	30	10	29	1.90
49150053--49150078	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
49150787--49150931	27	5.4	27	85	1	193	24	19	19	37	1.94
49150786--49150931	53	2.7	53	88	3	195	23	19	19	37	1.94
49154643--49154680	19	2.0	19	85	10	51	71	0	26	2	1.00
49154643--49154680	18	2.1	19	85	5	51	71	0	26	2	1.00
49156004--49156293	40	7.2	40	88	3	424	26	21	25	25	2.00
49155987--49156293	80	3.8	80	92	1	483	27	22	25	25	2.00
49159923--49160056	29	4.7	28	81	5	135	24	14	34	26	1.94
49160317--49160368	26	2.0	26	85	3	70	48	23	17	11	1.79
49163440--49163632	81	2.4	82	84	1	237	32	26	15	25	1.95
49163440--49163632	41	4.8	41	83	3	230	32	26	15	25	1.95
49171828--49171900	29	2.5	29	86	4	94	26	16	34	23	1.95
49175811--49175977	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
49183780--49183946	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
49185812--49185887	38	2.0	38	97	0	143	44	13	6	35	1.69
49188386--49188458	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
49189629--49189684	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
49196283--49196355	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49197526--49197581	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
49207705--49207885	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
49207735--49207885	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
49207735--49207885	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
49215781--49215963	40	4.6	39	90	1	258	22	31	22	23	1.99
49215811--49215963	79	1.9	79	93	2	263	23	31	21	23	1.98
49221854--49221911	30	1.9	30	100	0	116	25	36	10	27	1.89
49223938--49224050	38	2.9	39	90	4	183	22	32	22	23	1.98
49226203--49226243	19	2.1	20	90	4	66	4	26	12	56	1.56
49228631--49228699	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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