genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32570214--32570265	26	2.0	27	84	3	70	69	3	5	21	1.26
32574113--32574210	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
32574113--32574203	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
32574113--32574226	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
32576253--32576365	27	4.2	26	81	10	129	38	23	22	15	1.92
32576253--32576365	54	2.1	54	85	3	147	38	23	22	15	1.92
32579396--32579428	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
32579838--32579943	27	3.9	26	86	7	140	16	24	22	35	1.95
32579838--32579945	54	2.0	54	89	3	164	16	24	22	37	1.94
32581107--32581144	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
32581917--32581975	30	2.0	30	90	3	93	32	22	6	38	1.80
32590684--32591278	220	2.7	220	92	0	987	33	18	21	26	1.96
32591219--32591509	78	3.7	78	88	2	406	33	18	22	25	1.97
32591541--32591725	45	4.1	45	87	1	264	29	14	30	25	1.94
32591543--32591711	89	1.9	89	92	0	284	27	13	31	26	1.94
32592084--32592154	35	2.0	36	91	2	117	39	8	14	38	1.76
32592076--32592166	19	4.9	19	86	8	134	38	9	15	36	1.81
32592127--32592189	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
32592456--32592493	19	2.1	18	90	5	58	36	0	0	63	0.95
32598117--32598299	39	4.7	40	80	9	207	25	22	25	26	2.00
32598118--32598332	78	2.7	78	79	9	190	26	21	25	26	2.00
32602567--32602735	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32609901--32610069	40	4.2	40	78	4	164	23	26	21	28	1.99
32613801--32613971	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
32621823--32621993	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
32630047--32630114	34	2.0	34	100	0	136	38	5	29	26	1.80
32633087--32633293	40	5.2	40	83	5	235	25	27	22	25	2.00
32633087--32633293	79	2.6	78	83	7	247	25	27	22	25	2.00
32636287--32636445	56	2.9	56	82	8	166	20	17	33	28	1.95
32651630--32651712	29	2.9	29	92	1	132	33	24	19	22	1.97
32652937--32653000	32	2.0	32	93	0	110	34	17	23	25	1.96
32653666--32653711	23	2.0	23	86	0	65	63	13	4	19	1.46
32655754--32655850	28	3.4	28	75	13	108	29	14	24	30	1.95
32655754--32655878	57	2.2	56	89	1	187	29	14	26	29	1.95
32655775--32655886	28	4.0	28	76	11	120	31	15	26	26	1.96
32657998--32658097	51	2.0	51	84	4	130	34	26	17	23	1.96
32660132--32660177	21	2.2	22	77	18	53	36	19	21	21	1.95
32660138--32660179	21	2.0	21	86	9	59	35	19	21	23	1.96
32660251--32660302	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
32660897--32660950	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
32660969--32661069	52	1.9	52	93	0	175	25	21	17	34	1.96
32660980--32661082	27	3.9	27	87	5	156	26	20	17	35	1.94
32670142--32670259	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
32670110--32670273	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32681114--32681160	25	1.9	24	91	4	76	27	14	21	36	1.93
32682981--32683119	60	2.3	59	81	8	156	26	27	20	25	1.99
32683112--32683166	19	2.9	19	80	0	65	34	21	16	27	1.95
32684464--32684501	18	2.2	18	86	13	53	73	0	15	10	1.09
32690212--32690383	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	28	1.98
32690216--32690390	46	3.8	46	76	13	178	20	21	29	29	1.98
32694187--32694326	29	4.9	29	85	2	158	27	15	30	27	1.96
32696271--32696503	27	8.6	27	85	0	295	39	20	8	31	1.82
32696271--32696556	81	3.5	80	81	7	292	39	20	8	31	1.82
32696271--32696556	27	10.6	27	78	8	235	39	20	8	31	1.82
32696878--32696957	27	3.0	26	85	8	108	17	23	22	36	1.95
32697117--32697182	12	5.4	12	78	10	71	18	16	16	48	1.82
32697101--32697168	31	2.2	31	86	5	93	19	17	16	47	1.83
32712597--32712894	40	7.4	40	85	3	354	24	22	27	25	2.00
32724936--32725099	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
32726451--32726730	50	5.8	49	76	7	232	24	29	19	26	1.99
32726449--32726730	145	1.9	148	81	3	347	24	29	19	26	1.99
32732311--32733153	27	31.2	27	84	4	950	27	22	9	40	1.84
32733159--32733352	54	3.6	54	84	2	246	36	16	19	27	1.93
32733159--32733354	27	7.3	27	86	0	221	35	17	19	27	1.94
32733496--32733526	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
32733553--32733635	27	3.1	26	86	5	94	20	20	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32733723--32733781	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
32733931--32734016	27	3.3	26	79	7	66	18	23	20	37	1.94
32733946--32734019	27	2.8	27	83	6	80	20	25	18	35	1.96
32734136--32734256	25	4.7	25	81	12	138	19	17	15	47	1.82
32734160--32734315	6	25.8	6	73	18	128	18	16	14	50	1.79
32734160--32734315	30	5.4	30	81	13	191	18	16	14	50	1.79
32734215--32734334	30	4.0	30	83	7	100	17	18	14	50	1.79
32736300--32736373	26	2.8	25	80	12	67	31	27	8	33	1.86
32736325--32737332	27	37.4	27	86	4	1225	26	22	10	40	1.85
32737337--32737532	54	3.6	54	85	2	259	35	18	19	26	1.95
32737345--32737530	81	2.3	81	87	0	255	35	18	19	26	1.95
32737337--32737532	27	7.3	27	84	0	230	35	18	19	26	1.95
32737675--32737705	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
32737732--32737814	27	3.1	26	84	5	94	20	21	20	37	1.95
32737902--32737960	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
32738127--32738198	27	2.7	26	82	6	81	16	26	20	36	1.94
32738316--32738496	6	29.8	6	72	16	133	20	16	13	49	1.79
32738377--32738443	25	2.8	24	90	2	98	17	17	14	49	1.80
32738316--32738496	85	2.1	85	93	0	308	20	16	13	49	1.79
32739387--32739518	43	3.1	44	86	4	189	26	15	25	33	1.95
32740069--32740100	16	2.0	16	100	0	64	31	6	25	37	1.81
32741399--32741437	8	5.1	8	81	12	55	33	0	25	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32741399--32741443	22	2.0	22	100	0	90	31	0	26	42	1.56
32744981--32745043	31	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
32745250--32745375	23	5.4	24	91	6	206	27	22	20	29	1.98
32745257--32745376	47	2.6	47	96	2	217	28	20	21	29	1.98
32745433--32745489	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
32745421--32745491	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
32745426--32745480	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
32745528--32745574	24	2.0	24	91	0	76	25	14	25	34	1.94
32761779--32761947	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
32769287--32769389	29	3.6	27	78	5	89	29	32	16	22	1.96
32775113--32775140	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
32775113--32775147	18	1.9	18	88	0	52	20	5	0	74	1.02
32782620--32782706	24	3.6	24	98	0	165	21	17	26	34	1.95
32782620--32782733	24	4.8	25	91	5	94	26	17	23	32	1.97
32782620--32782728	48	2.3	48	88	3	157	24	17	24	33	1.96
32798440--32798481	21	2.0	21	100	0	84	28	9	19	42	1.82
32802456--32802496	18	2.3	18	91	0	64	17	7	7	68	1.36
32814817--32815103	48	6.0	48	80	4	319	25	30	17	26	1.97
32814817--32815103	144	2.0	144	83	5	366	25	30	17	26	1.97
32825460--32825589	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
32828613--32828637	13	1.9	13	100	0	50	48	8	20	24	1.76
32831243--32831427	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32831244--32831435	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
32831243--32831460	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
32832226--32833376	574	2.0	576	98	0	2225	33	15	21	29	1.94
32839870--32840054	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
32839871--32840062	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
32839870--32840087	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
32842998--32843300	47	6.3	49	90	4	417	32	7	30	29	1.85
32843150--32843225	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
32845515--32845562	25	1.9	25	100	0	96	25	31	20	22	1.98
32845465--32845610	73	2.0	73	84	0	193	21	27	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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