genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18780976--18781079	42	2.5	42	85	0	145	43	23	18	15	1.87
18789439--18789549	23	4.8	23	80	15	106	27	19	15	37	1.92
18789439--18789548	45	2.4	46	83	6	134	27	20	15	37	1.92
18792245--18792294	26	1.9	26	100	0	100	48	4	8	40	1.51
18792825--18792868	11	3.6	12	82	11	54	27	2	13	56	1.49
18792888--18792937	13	3.6	14	71	15	50	34	8	12	46	1.70
18797470--18797644	46	3.8	46	81	10	223	20	21	29	28	1.98
18797466--18797636	93	1.8	92	94	1	306	20	21	30	27	1.98
18800596--18800664	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
18800587--18800674	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
18803060--18803235	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
18803056--18803227	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
18805182--18805308	27	4.7	27	82	3	159	40	22	7	29	1.82
18805263--18805512	27	9.3	27	85	2	270	36	19	18	25	1.94
18808914--18808977	27	2.4	28	78	7	78	37	25	18	18	1.94
18808957--18809253	27	11.0	27	88	0	387	25	20	18	35	1.95
18809245--18809505	27	9.7	27	77	8	140	31	8	21	39	1.83
18809293--18809505	54	3.9	54	79	6	225	30	8	21	39	1.83
18809293--18809514	81	2.7	82	84	1	268	30	8	21	39	1.83
18809300--18809505	27	7.6	27	86	0	178	29	8	21	40	1.82
18811104--18811173	25	2.8	25	93	0	113	25	21	25	27	1.99
18811378--18811591	27	8.0	27	86	1	279	25	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18811379--18811591	81	2.6	81	88	3	315	25	18	19	36	1.95
18811586--18811644	27	2.2	27	84	3	75	37	10	11	40	1.76
18811639--18811789	27	5.6	27	84	3	187	28	8	20	42	1.81
18811612--18811803	54	3.6	54	81	4	199	30	9	20	39	1.84
18811582--18811803	81	2.8	81	80	6	245	31	9	20	39	1.83
18811782--18811924	27	5.3	27	96	0	241	39	8	22	30	1.83
18811664--18811911	81	3.1	80	81	4	248	34	8	22	35	1.84
18817303--18817353	21	2.4	21	86	0	66	39	11	19	29	1.87
18817399--18817483	25	3.4	25	91	1	136	29	23	22	24	1.99
18817399--18817497	25	4.0	24	88	5	101	29	24	21	25	1.99
18817689--18817770	31	2.7	31	88	3	123	29	18	24	28	1.98
18817775--18817810	17	2.1	17	100	0	72	25	11	30	33	1.90
18820017--18820184	40	4.2	40	75	6	160	25	21	28	25	1.99
18834024--18834123	42	2.4	42	72	5	103	31	17	20	32	1.95
18836727--18836826	50	2.0	50	96	0	182	26	20	20	34	1.96
18839210--18839341	24	5.5	24	92	0	203	25	17	22	34	1.96
18847098--18847184	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
18847098--18847206	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
18847098--18847206	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
18849671--18849715	24	2.0	23	82	8	56	37	8	28	24	1.86
18855862--18855917	27	2.1	27	83	3	69	33	23	21	21	1.97
18856158--18856237	27	3.0	26	87	3	97	37	21	21	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18857727--18857765	19	2.1	19	100	0	78	53	15	0	30	1.42
18857875--18857977	37	2.8	37	95	0	188	26	32	19	22	1.97
18858022--18858874	48	17.8	48	92	0	1400	30	27	6	35	1.82
18861924--18862244	40	8.0	40	90	0	453	25	27	21	25	1.99
18864276--18864802	48	10.8	48	88	4	777	31	26	6	35	1.81
18864276--18864804	195	2.7	198	90	3	822	31	26	6	35	1.81
18867157--18867720	27	21.0	27	86	1	774	25	19	19	35	1.95
18867713--18867836	27	4.7	27	70	11	94	29	11	20	38	1.87
18867723--18867836	26	4.3	26	73	6	95	30	12	19	37	1.88
18871887--18872053	83	2.0	83	96	0	307	20	12	11	55	1.68
18881908--18881972	32	2.0	32	100	0	130	43	18	3	35	1.66
18882749--18882784	18	2.0	19	89	10	58	30	41	11	16	1.83
18894099--18894150	17	2.9	18	85	5	79	46	15	19	19	1.85
18894099--18894152	18	3.1	18	86	5	83	44	14	20	20	1.86
18894495--18894571	27	2.8	28	80	9	79	40	20	14	24	1.90
18898469--18898619	40	3.8	40	76	10	139	26	23	27	21	1.99
18898468--18898651	40	4.6	39	76	8	131	26	23	27	22	1.99
18898508--18898696	80	2.4	81	77	4	186	23	23	30	22	1.99
18905070--18905098	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
18905085--18905354	72	3.8	72	92	2	429	30	17	18	33	1.94
18905748--18905846	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
18906577--18906614	11	3.4	11	92	7	67	73	7	2	15	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18907216--18907261	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
18907363--18907407	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
18907622--18907694	33	2.3	30	82	11	92	36	5	2	54	1.38
18912972--18913010	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
18918621--18918960	47	7.6	47	77	11	374	29	14	24	32	1.94
18918660--18918828	85	2.0	85	94	0	293	28	14	25	31	1.94
18918621--18918960	132	2.6	132	90	1	529	29	14	24	32	1.94
18918800--18918998	85	2.3	85	93	0	353	28	15	25	30	1.95
18918621--18919005	132	3.0	126	86	6	429	29	14	24	31	1.95
18925572--18925611	21	1.9	21	89	0	62	45	10	15	30	1.78
18927536--18927755	49	4.7	47	72	9	162	24	27	19	28	1.99
18927581--18927751	93	1.8	92	86	3	245	24	26	20	28	1.99
18928433--18928483	20	2.7	19	82	14	54	39	21	0	39	1.54
18935538--18935579	21	2.0	21	100	0	84	61	19	9	9	1.53
18936302--18936418	45	2.6	45	91	0	189	29	29	21	20	1.98
18945251--18945403	67	2.3	67	78	11	170	21	28	17	32	1.96
18948636--18948677	18	2.3	18	100	0	84	35	23	0	40	1.55
18956408--18956439	14	2.4	14	90	10	50	25	9	25	40	1.85
18956405--18956593	50	3.7	50	80	2	171	25	16	26	31	1.96
18956563--18956686	50	2.5	50	83	9	146	25	13	30	29	1.94
18956517--18956686	51	3.4	50	82	6	148	25	16	28	29	1.97
18960909--18961077	43	4.0	42	74	12	148	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18960909--18961077	85	2.0	85	81	6	200	31	25	18	24	1.98
18968584--18968669	43	2.0	43	86	4	120	29	26	20	23	1.99
18979478--18979504	13	2.1	13	100	0	54	51	37	0	11	1.37
18982542--18982643	29	3.6	29	81	4	109	27	33	15	23	1.95
18982875--18982910	8	4.5	8	85	0	54	19	22	13	44	1.86
18982867--18982910	16	2.8	16	89	0	61	15	22	15	45	1.85
18984244--18984281	16	2.4	16	86	8	51	50	26	15	7	1.72
18984496--18984636	28	5.0	29	85	4	189	26	15	31	26	1.96
18984496--18984636	56	2.5	57	89	2	212	26	15	31	26	1.96
18985315--18985345	11	2.8	11	95	0	53	32	0	12	54	1.38
18987598--18987726	40	3.2	39	79	7	134	25	18	25	30	1.98
18988230--18988282	15	3.6	15	84	2	63	18	1	39	39	1.62
18988225--18988294	22	3.2	22	81	4	79	20	1	35	42	1.61
18988225--18988294	7	9.6	7	77	9	59	20	1	35	42	1.61
18988317--18988369	7	7.4	7	87	4	79	28	1	30	39	1.67
18988459--18988518	7	8.2	8	73	15	51	15	0	38	46	1.45
18988467--18988529	28	2.2	29	97	2	119	17	0	36	46	1.49
18988433--18988514	36	2.3	37	79	10	98	19	1	35	43	1.59
18988542--18988574	7	4.7	7	100	0	66	27	0	72	0	0.85
18990206--18990243	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
18991514--18991779	9	30.7	9	71	14	127	46	14	1	36	1.56
18991513--18991779	48	5.3	48	75	11	250	46	14	1	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18991526--18991641	30	3.7	30	77	14	135	48	12	1	37	1.52
18991517--18991641	64	1.9	65	93	3	216	48	13	1	36	1.53
18991594--18991687	39	2.4	39	89	0	143	46	14	3	35	1.61
18993892--18994099	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
18993892--18994098	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
19001946--19002153	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
19001946--19002152	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
19008935--19008993	31	1.9	31	96	0	109	16	3	22	57	1.54
19009065--19009202	42	3.3	41	79	6	134	30	31	17	21	1.96
19011154--19011352	29	7.0	29	84	5	235	24	15	32	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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