genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.338.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  338  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104486936--104487010	27	2.8	27	87	2	98	37	20	22	20	1.94
104487168--104487232	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
104487676--104487852	27	6.6	27	93	0	237	23	19	19	37	1.94
104487837--104488237	27	14.9	27	79	6	152	34	7	21	35	1.83
104487845--104488030	81	2.3	81	85	0	255	40	7	22	30	1.81
104487848--104488044	54	3.6	54	85	0	232	39	7	21	31	1.81
104488053--104488231	81	2.2	81	79	2	189	30	8	21	39	1.84
104488107--104488238	54	2.4	54	86	2	176	32	8	19	39	1.82
104488107--104488231	27	4.6	27	84	5	155	31	8	20	40	1.81
104490159--104490224	6	10.8	6	75	15	64	48	15	16	19	1.81
104490173--104490245	31	2.4	31	92	0	119	49	13	16	20	1.79
104490390--104490463	27	2.8	27	83	2	96	36	20	24	18	1.95
104490622--104490686	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
104491140--104491279	27	5.2	27	91	0	199	26	19	16	37	1.92
104491271--104491457	27	6.9	27	82	4	173	37	7	23	31	1.83
104491140--104491309	81	2.1	81	80	2	180	28	17	17	36	1.93
104491274--104491457	54	3.4	54	88	0	269	38	7	23	30	1.82
104491274--104491457	81	2.3	81	89	1	271	38	7	23	30	1.82
104491274--104491484	81	2.6	81	85	1	253	36	7	24	32	1.82
104491434--104491690	27	9.6	27	80	6	155	31	8	20	40	1.82
104491437--104491689	54	4.7	54	81	1	206	31	8	19	40	1.82
104491533--104491711	27	6.6	27	86	0	250	31	7	19	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104498108--104498155	9	5.6	9	79	16	57	18	2	0	79	0.84
104498113--104498195	5	15.4	5	74	20	62	18	4	1	75	1.04
104498113--104498203	24	3.7	25	77	14	91	18	4	1	75	1.02
104498108--104498203	6	15.8	6	74	14	72	18	4	1	76	1.01
104498108--104498203	12	8.5	11	77	13	81	18	4	1	76	1.01
104498108--104498203	49	2.0	48	82	10	115	18	4	1	76	1.01
104501035--104501067	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
104504276--104504375	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
104504276--104504382	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
104504278--104504394	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
104504378--104504689	27	11.6	27	88	0	363	27	21	8	41	1.82
104504587--104504843	27	9.4	27	78	7	117	35	18	9	36	1.83
104504561--104504733	81	2.1	81	79	2	186	30	19	9	40	1.84
104504897--104504961	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
104506204--104506254	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
104506301--104506589	24	12.2	24	88	2	415	29	22	21	26	1.99
104506301--104506589	47	6.1	47	90	1	461	29	22	21	26	1.99
104506299--104506593	95	3.1	95	92	1	484	29	23	21	26	1.99
104506737--104506820	42	2.0	42	88	4	125	26	10	20	42	1.84
104506844--104506907	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
104511068--104511092	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
104519266--104519294	14	2.0	15	93	6	51	55	3	41	0	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104519623--104519660	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
104521277--104521330	27	2.0	27	100	0	108	48	25	7	18	1.74
104527597--104527634	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
104528092--104528130	17	2.3	17	100	0	78	23	15	23	38	1.92
104529273--104529331	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
104531685--104531747	31	2.0	31	93	0	108	44	4	23	26	1.73
104532063--104532132	20	3.5	20	82	9	72	28	4	0	67	1.10
104532103--104532134	14	2.4	14	90	10	50	28	3	0	68	1.04
104540170--104540320	25	6.0	25	71	20	75	35	21	22	19	1.96
104540193--104540277	25	3.5	23	79	12	91	32	22	22	22	1.98
104544499--104544557	20	3.0	20	87	0	91	37	10	20	32	1.86
104544608--104544726	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
104544608--104544726	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
104544918--104544981	31	2.1	31	93	0	110	40	15	20	23	1.90
104544935--104545042	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
104546547--104546815	48	5.6	48	80	3	281	27	19	30	23	1.98
104558600--104558769	27	6.3	26	85	5	214	34	18	21	25	1.96
104558570--104558769	81	2.5	81	87	3	278	36	19	19	24	1.95
104566518--104566556	19	2.1	19	100	0	78	58	15	10	15	1.62
104566984--104567013	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
104567640--104567715	30	2.6	31	75	10	88	56	2	1	39	1.21
104572370--104572400	14	2.2	14	94	0	53	22	9	32	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104577421--104577481	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
104579610--104579665	25	2.3	24	82	11	69	48	5	0	46	1.25
104582326--104582468	57	2.5	56	79	6	162	30	20	19	28	1.97
104594706--104594744	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
104595563--104595623	16	3.8	15	75	12	50	47	1	0	50	1.10
104596298--104596332	14	2.5	14	90	9	54	42	0	0	57	0.99
104596243--104596346	37	2.7	40	71	21	98	48	0	1	50	1.12
104603441--104603470	14	2.1	15	93	6	53	20	13	13	53	1.72
104607798--104607934	42	3.2	42	79	9	118	26	16	21	35	1.95
104613006--104613032	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
104623639--104623666	11	2.5	11	100	0	56	0	28	14	57	1.38
104623997--104624080	6	14.0	6	86	5	116	78	1	1	19	0.88
104626182--104626433	68	3.8	64	76	9	199	29	15	30	24	1.96
104626250--104626372	64	1.9	64	84	5	165	29	14	31	24	1.95
104632225--104632253	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
104632958--104633019	31	2.0	31	100	0	124	32	22	32	12	1.92
104636053--104636222	31	5.5	31	92	0	268	29	25	17	28	1.97
104636428--104636534	25	4.4	24	84	5	135	26	21	23	28	1.99
104636441--104636534	25	3.8	25	88	1	136	26	21	25	26	1.99
104636565--104636595	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
104637328--104637439	27	4.2	27	73	13	81	24	22	18	34	1.96
104637461--104637568	27	3.9	27	81	11	112	32	5	17	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104637446--104637594	27	5.4	27	78	3	109	31	6	18	43	1.76
104655096--104655182	45	1.9	45	95	0	156	35	25	13	25	1.93
104655115--104655186	21	3.3	21	66	17	56	36	23	15	25	1.94
104657018--104657094	28	2.5	31	79	12	88	50	7	2	38	1.45
104664603--104664632	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
104666032--104666058	13	2.1	13	100	0	54	22	7	40	29	1.81
104668701--104668734	17	1.9	18	88	5	52	47	23	0	29	1.52
104669113--104669159	2	24.5	2	89	8	71	46	0	2	51	1.13
104669148--104669216	28	2.4	27	81	13	77	50	10	4	34	1.56
104673030--104673058	14	2.0	15	93	6	51	75	6	3	13	1.13
104673308--104673448	24	5.9	21	65	26	59	61	2	4	31	1.29
104673316--104673367	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
104673340--104673384	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
104673317--104673384	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
104673434--104673476	20	2.2	19	88	12	61	48	4	0	46	1.22
104674942--104676285	44	30.6	44	83	3	1438	28	26	13	31	1.94
104679899--104679985	42	2.1	42	97	0	165	17	26	21	34	1.95
104686214--104686247	17	1.9	18	88	5	52	47	23	0	29	1.52
104686697--104686770	29	2.6	29	75	12	73	39	14	4	41	1.65
104690809--104690870	27	2.2	29	77	11	67	50	3	3	43	1.34
104690998--104691070	10	7.5	10	72	15	55	63	0	4	32	1.14
104690998--104691051	28	1.9	28	85	7	74	62	0	5	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104690997--104691073	28	2.6	28	71	24	70	62	0	3	33	1.14
104690997--104691072	20	3.9	21	73	20	67	61	0	3	34	1.14
104691119--104691158	20	2.1	19	86	13	55	50	5	0	45	1.23
104697710--104697775	23	2.8	24	86	9	82	39	0	0	60	0.97
104697710--104697777	32	2.1	34	86	5	95	38	0	0	61	0.96
104697725--104697830	32	3.2	33	77	11	92	51	0	0	47	1.07
104698988--104699084	30	3.6	27	90	8	144	16	7	10	65	1.44
104699835--104699868	17	2.1	16	88	5	50	32	0	14	52	1.42
104701203--104701264	21	2.9	21	74	11	63	48	1	3	46	1.28
104701275--104701355	7	11.0	7	75	19	76	69	0	1	29	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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