genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  217  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66489237--66489354	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66489205--66489368	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66503083--66503234	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
66508890--66508938	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
66519873--66519957	27	3.1	27	86	8	111	36	23	23	16	1.94
66521376--66521422	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
66525605--66525644	21	1.9	21	85	10	55	52	15	27	5	1.63
66532424--66532457	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
66542855--66542968	28	4.0	27	78	6	102	28	14	28	28	1.96
66545580--66545677	51	1.9	51	85	0	133	31	26	17	24	1.97
66545638--66545722	43	2.0	43	92	0	143	30	25	18	24	1.98
66545649--66545794	43	3.4	42	80	1	112	33	26	15	24	1.95
66548705--66548794	29	3.1	29	90	1	128	31	27	12	28	1.93
66549007--66549041	16	2.2	16	89	0	52	8	8	20	62	1.49
66549724--66549784	4	15.2	4	100	0	122	75	0	0	24	0.80
66551666--66551696	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66551663--66551702	20	2.0	20	90	0	62	37	20	0	42	1.52
66551927--66552142	55	4.0	54	80	6	249	21	25	17	36	1.95
66559066--66559243	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
66563332--66563499	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
66579912--66579982	28	2.5	28	88	4	99	29	15	25	29	1.96
66581883--66581920	2	19.0	2	88	0	58	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66582810--66582856	25	1.9	25	82	4	60	42	4	8	44	1.54
66585070--66585099	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
66608909--66609058	39	3.8	39	84	6	178	26	23	26	23	2.00
66616274--66616385	38	2.9	38	88	5	145	24	26	22	26	2.00
66616243--66616423	40	4.6	40	81	6	172	23	25	22	27	2.00
66624343--66624511	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
66633609--66633725	42	2.7	43	82	3	130	21	14	28	35	1.93
66633632--66633725	43	2.2	42	84	5	127	21	14	28	35	1.93
66638299--66638490	56	3.4	56	91	2	307	34	21	13	29	1.92
66640728--66640923	98	2.0	98	100	0	392	33	24	17	24	1.96
66643053--66643246	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
66643082--66643153	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
66643127--66643202	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
66643089--66643383	94	3.1	94	83	9	300	34	10	27	28	1.90
66643216--66643399	47	3.8	48	87	7	291	35	7	25	31	1.83
66643546--66643654	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
66646693--66646933	49	4.9	49	84	5	277	26	17	24	31	1.97
66646693--66646913	100	2.2	99	82	2	264	26	17	24	31	1.97
66652640--66652772	49	2.6	50	81	8	153	25	20	25	28	1.99
66652640--66652820	50	3.6	50	79	7	170	25	18	26	29	1.98
66666408--66666463	28	2.0	28	92	0	94	30	19	25	25	1.98
66666698--66666767	32	2.2	32	81	0	77	35	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66666746--66666830	27	3.1	27	71	6	73	42	20	18	18	1.90
66667192--66667348	27	5.8	27	71	5	102	33	12	13	40	1.82
66667207--66667363	54	2.9	54	83	0	206	34	10	14	40	1.80
66667216--66667362	27	5.5	26	77	3	123	34	10	13	41	1.78
66671277--66671359	37	2.2	37	84	0	103	21	30	19	28	1.98
66671478--66671727	47	5.3	47	94	0	401	28	30	8	33	1.86
66671528--66671606	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
66673574--66673691	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66673542--66673705	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66681147--66681264	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66681115--66681278	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
66687527--66687645	43	2.8	43	81	2	114	27	15	25	31	1.95
66688998--66689164	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
66696991--66697120	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
66696991--66697157	40	4.2	40	77	6	151	23	26	23	25	2.00
66700926--66700999	22	3.5	23	70	19	79	31	28	0	40	1.57
66700926--66701007	41	2.0	41	100	0	164	34	26	0	39	1.57
66703623--66703838	47	4.6	47	79	7	269	29	28	18	23	1.98
66703578--66703838	140	1.9	140	91	0	432	29	29	19	22	1.98
66712829--66712938	39	2.8	39	95	0	202	22	30	24	22	1.99
66721281--66721354	29	2.6	28	87	8	96	24	16	32	27	1.96
66724096--66724342	40	6.2	40	80	2	266	24	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66724096--66724304	80	2.6	79	93	3	348	23	27	22	26	2.00
66731524--66731674	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66731561--66731690	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66737610--66737696	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
66737760--66738338	49	12.2	49	81	10	406	29	30	9	30	1.88
66737745--66738351	98	5.9	98	77	14	511	29	30	9	31	1.88
66737870--66738123	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
66737919--66738074	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
66737765--66738349	178	3.1	187	84	8	720	29	29	9	31	1.88
66737767--66738349	227	2.5	237	87	5	837	29	30	9	31	1.88
66738004--66738349	49	7.1	49	92	0	541	28	29	9	32	1.89
66744046--66744196	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66744083--66744212	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66750179--66750354	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
66750176--66750347	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
66758365--66758612	40	6.2	40	80	1	257	25	27	22	25	2.00
66758385--66758612	120	1.9	120	85	1	314	23	27	22	26	2.00
66758365--66758612	80	3.1	80	88	1	338	25	27	22	25	2.00
66762267--66762308	2	21.0	2	85	0	57	50	4	2	42	1.36
66762950--66763023	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
66764648--66764816	48	3.6	47	79	4	171	25	26	19	28	1.99
66768806--66768906	28	3.5	30	83	6	127	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66768832--66768910	29	2.8	28	77	12	81	30	13	25	30	1.94
66771051--66771106	29	1.9	29	92	0	94	23	23	21	32	1.98
66777633--66777762	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
66780376--66780548	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
66780376--66780545	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
66787945--66788117	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
66787942--66788112	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
66791052--66791222	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
66799152--66799322	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
66801955--66802129	49	3.5	48	82	6	224	26	17	26	29	1.98
66801950--66802136	100	1.9	100	94	2	331	26	18	26	28	1.98
66807414--66807508	40	2.4	41	84	7	115	27	17	27	27	1.98
66815466--66815525	27	2.2	27	87	3	84	40	15	18	26	1.90
66816885--66816998	54	2.1	54	83	0	138	30	19	8	41	1.82
66816912--66817070	54	2.9	54	81	0	192	30	20	8	40	1.83
66816912--66817042	27	4.9	27	90	0	190	28	19	9	43	1.81
66817020--66817266	27	9.2	27	82	2	255	40	21	7	29	1.81
66816867--66817083	81	2.7	81	72	0	218	34	20	8	37	1.82
66817022--66817296	81	3.4	81	84	4	331	40	21	8	29	1.82
66817020--66817294	54	5.1	51	74	12	189	40	21	8	29	1.82
66817305--66817356	27	1.9	27	84	7	70	36	15	13	34	1.87
66817410--66817495	27	3.2	27	84	11	106	34	20	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66818299--66818481	26	7.2	26	86	1	248	28	20	22	28	1.99
66818298--66818481	52	3.6	52	90	3	279	28	21	22	28	1.99
66818681--66818757	31	2.5	31	91	0	127	31	18	23	27	1.97
66820953--66821006	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
66820992--66821040	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
66820996--66821034	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
66820992--66821033	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
66823174--66823538	46	8.0	46	90	2	538	40	14	23	21	1.90
66823174--66823538	137	2.7	138	90	2	574	40	14	23	21	1.90
66823169--66823533	183	2.0	184	90	2	583	40	14	23	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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