genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  303  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93842503--93842887	54	7.1	54	75	5	285	31	9	19	38	1.84
93842616--93842846	80	2.9	79	86	1	302	29	8	19	41	1.81
93842503--93842887	27	14.3	27	77	6	217	31	9	19	38	1.84
93842838--93842968	27	4.9	27	90	0	190	40	9	21	29	1.84
93842811--93842968	54	2.9	54	84	0	199	37	8	22	31	1.85
93842797--93843006	81	2.6	81	73	0	213	34	8	21	34	1.84
93845183--93845208	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
93847611--93847637	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
93855605--93855774	93	1.8	93	88	2	261	27	27	22	21	1.99
93855597--93855772	46	3.8	45	75	14	162	28	27	22	21	1.99
93855648--93855791	46	3.1	45	72	12	123	29	28	20	21	1.98
93858247--93858283	15	2.5	15	91	8	58	27	0	27	45	1.54
93858288--93858363	20	3.8	20	71	10	64	15	2	36	44	1.61
93858275--93858360	41	2.1	41	86	0	118	19	3	31	45	1.67
93858288--93858363	7	11.1	7	76	10	68	15	2	36	44	1.61
93859589--93859643	25	2.1	27	83	6	69	9	41	0	49	1.34
93859589--93859646	27	2.1	27	80	3	62	8	44	0	46	1.34
93859848--93859882	10	3.5	10	92	0	52	11	2	34	51	1.53
93861212--93861314	42	2.4	42	83	4	127	27	23	21	28	1.99
93863611--93863639	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
93864398--93864621	43	5.2	43	78	4	218	24	18	25	31	1.98
93882400--93882486	45	1.9	45	95	0	156	34	26	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93883588--93883658	13	5.5	13	83	6	72	39	25	7	28	1.82
93883582--93883658	39	2.0	39	85	10	104	36	25	6	31	1.82
93888755--93888926	39	4.4	39	88	0	245	23	20	31	24	1.98
93902738--93902855	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
93902706--93902869	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
93904666--93904833	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
93931692--93931767	40	1.9	40	86	0	107	31	17	18	32	1.94
93931691--93931803	40	2.8	38	78	15	95	30	15	23	30	1.95
93941470--93941572	26	3.9	26	87	2	134	41	17	16	24	1.89
93941551--93941751	81	2.5	81	83	2	253	29	14	16	39	1.89
93941562--93941753	27	7.1	27	82	3	226	29	13	17	40	1.87
93942101--93942175	18	4.1	18	77	6	71	21	16	12	50	1.76
93945396--93945432	18	2.1	18	100	0	74	35	16	10	37	1.83
93946793--93946817	13	1.9	13	100	0	50	56	16	4	24	1.57
93948751--93948914	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
93948751--93948948	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
93956048--93956214	40	4.2	40	78	6	153	26	21	26	24	1.99
93962224--93962387	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
93962224--93962421	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
93965499--93965530	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
93969774--93969872	28	3.5	29	91	5	159	28	11	27	33	1.91
93977822--93977846	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93979095--93979148	12	4.6	11	90	4	54	77	0	3	18	0.91
93979105--93979149	6	7.5	6	94	0	81	82	0	2	15	0.77
93986319--93986467	40	3.8	39	81	5	156	28	22	26	21	1.99
93986313--93986499	40	4.8	38	76	10	146	28	21	26	22	1.99
93994190--93994338	40	3.8	39	81	5	156	28	22	26	21	1.99
93994184--93994370	40	4.8	38	76	10	146	28	21	26	22	1.99
94002086--94002153	26	2.6	26	85	0	91	16	23	22	38	1.93
94009326--94009456	40	3.3	40	77	2	138	25	23	26	23	2.00
94013027--94013103	26	3.0	26	82	0	100	19	15	20	44	1.87
94017390--94017492	54	1.9	54	82	7	129	23	30	20	26	1.99
94027836--94027879	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
94032237--94032269	13	2.5	13	95	0	57	33	21	0	45	1.52
94032332--94032361	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
94032429--94032472	14	3.1	14	90	0	70	25	34	0	40	1.56
94034991--94035164	46	3.8	45	78	10	190	21	20	28	29	1.98
94034987--94035158	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
94036985--94037168	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
94045025--94045208	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
94049207--94049275	15	4.6	15	79	0	75	11	15	13	59	1.61
94049198--94049285	30	3.0	30	84	1	106	10	15	15	57	1.64
94049207--94049286	15	5.4	14	72	10	61	10	16	13	60	1.59
94051672--94051845	46	3.8	45	80	10	208	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94051668--94051839	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
94055644--94055762	43	2.8	43	80	1	123	26	17	26	30	1.97
94055685--94055870	42	4.4	43	80	6	182	19	16	27	36	1.94
94055698--94055860	42	3.9	42	82	7	188	22	17	28	32	1.96
94060956--94061143	50	3.8	49	80	3	198	28	27	18	25	1.98
94066505--94066561	30	1.9	30	88	0	87	28	24	8	38	1.85
94076532--94076640	28	3.9	29	80	6	116	24	11	33	29	1.91
94076940--94077187	27	9.2	27	73	9	193	40	18	10	30	1.85
94076940--94077187	80	3.1	81	80	6	220	40	18	10	30	1.85
94076940--94077172	54	4.3	53	80	5	220	40	19	10	29	1.85
94082489--94082516	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
94084371--94084469	46	2.1	47	86	1	137	33	10	28	28	1.89
94084439--94084622	98	1.9	100	96	2	345	36	6	25	31	1.81
94084439--94084622	50	3.7	50	96	2	345	36	6	25	31	1.81
94084771--94084879	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
94086131--94086218	40	2.2	40	85	0	113	22	23	30	22	1.99
94086204--94086468	43	6.2	43	95	0	476	10	24	33	31	1.89
94090500--94090599	47	2.1	47	86	0	137	33	10	29	28	1.89
94090569--94090754	50	3.7	50	97	0	345	37	6	25	30	1.82
94090904--94091048	37	3.9	37	91	0	227	24	18	31	26	1.98
94095298--94095350	27	2.0	27	88	0	79	30	13	20	35	1.91
94095300--94095360	27	2.3	27	82	0	77	31	13	18	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94100032--94100062	16	2.0	15	93	6	53	45	22	0	32	1.53
94101137--94101174	19	2.0	20	84	5	51	34	0	60	5	1.19
94107918--94108118	41	4.9	41	75	12	139	33	25	14	25	1.94
94108001--94108097	39	2.5	38	85	9	124	34	26	14	24	1.94
94107957--94108119	40	4.1	40	80	5	159	33	25	14	26	1.94
94110016--94110169	43	3.6	42	82	10	161	31	24	19	25	1.98
94115385--94115477	42	2.2	43	82	5	118	29	25	19	25	1.99
94118611--94118714	44	2.4	42	80	12	129	25	18	23	33	1.96
94118614--94118745	44	3.0	42	77	10	124	25	17	22	34	1.96
94122856--94123022	40	4.2	40	90	5	243	25	27	23	23	2.00
94122856--94123022	79	2.1	80	87	6	243	25	27	23	23	2.00
94130193--94130380	40	4.7	40	92	3	317	25	27	22	24	2.00
94130170--94130376	80	2.6	80	90	4	323	25	27	22	24	2.00
94134217--94134321	45	2.3	45	83	6	131	32	20	24	21	1.98
94134344--94134512	47	3.6	47	95	1	295	35	14	24	25	1.93
94134485--94134698	54	4.0	54	80	5	200	37	15	23	22	1.93
94134491--94134687	55	3.6	54	82	4	227	37	16	23	21	1.93
94134491--94134698	53	3.9	54	82	4	222	37	16	24	22	1.94
94141543--94141766	46	4.8	44	75	14	200	21	29	20	28	1.98
94142093--94142168	30	2.5	30	97	0	143	27	22	14	35	1.93
94143333--94143371	19	2.1	19	100	0	78	25	10	15	48	1.76
94147369--94147398	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94147856--94148038	83	2.2	82	83	7	228	33	26	13	26	1.94
94147857--94148060	42	4.9	42	86	3	238	33	25	13	27	1.94
94154213--94154237	11	2.3	11	100	0	50	8	0	8	84	0.79
94155420--94155462	18	2.6	17	82	13	54	20	0	23	55	1.43
94163784--94163842	29	2.0	29	96	0	109	25	0	22	52	1.47
94165167--94165211	23	2.0	23	95	0	81	40	17	20	22	1.92
94174003--94174049	24	2.1	21	84	11	58	38	0	2	59	1.09
94183258--94183286	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
94184582--94184617	9	4.0	9	92	0	63	36	33	8	22	1.84
94190687--94190732	22	2.1	22	87	0	65	23	8	4	63	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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