Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  356  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109839824--109839854
15
2.1
15
100
0
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12
1.84
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3
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0
0
33
0.92
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5
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0
1.00
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1.31
109843489--109843549
32
1.9
32
86
0
86
6
1
42
49
1.38
109844323--109844476
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2.9
54
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3
256
38
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14
29
1.89
109857524--109857606
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27.3
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2
157
66
0
0
33
0.92
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2.1
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1.00
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3.5
40
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0
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14
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0
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53
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13
20
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6.6
48
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4
255
23
26
20
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1.99
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1.9
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31
13
13
41
1.83
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2.4
14
95
5
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0
0
12
0.53
109905244--109905276
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92
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59
87
0
0
12
0.53
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5.9
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79
15
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2
2
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5.7
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53
87
2
0
10
0.65
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3.5
13
86
13
55
83
2
2
12
0.82
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15
1.9
15
100
0
58
86
0
0
13
0.58
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87
2
0
10
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3.6
7
100
0
50
88
0
12
0
0.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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48
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0
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20
30
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21
1.9
21
89
0
62
57
0
5
37
1.21
109913497--109913525
14
2.0
15
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6
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34
0
27
37
1.57
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340
2.0
340
97
0
1287
35
11
18
34
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24
2.2
25
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10
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20
20
16
41
1.90
109919251--109919306
24
2.3
24
84
6
69
17
25
21
35
1.95
109923876--109923934
30
1.9
30
86
3
82
47
3
20
28
1.66
109924174--109924229
24
2.5
22
88
5
76
33
0
3
62
1.12
109924174--109924233
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5.3
11
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75
33
0
5
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1.17
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4.0
40
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24
26
22
2.00
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2.3
80
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26
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27
22
2.00
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4.0
40
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151
26
24
26
22
2.00
109935841--109936028
80
2.3
80
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12
206
26
23
27
22
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109937421--109937742
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7.0
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1
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24
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138
2.2
138
88
1
460
40
14
24
20
1.90
109938423--109938560
42
3.3
42
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2
141
34
15
22
27
1.95
109939529--109939648
51
2.4
51
86
0
168
26
20
13
39
1.90
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15
1.9
16
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53
23
0
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5
7.8
5
84
15
55
0
22
2
75
0.93
109954556--109954595
14
2.6
16
88
11
57
0
22
2
75
0.93
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2.2
25
100
0
110
34
29
16
20
1.94
109966674--109966707
17
2.1
16
88
5
50
52
20
0
26
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
109967580--109967656
29
2.7
29
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64
2
2
29
1.20
109967535--109967666
49
2.7
48
79
15
121
65
3
2
29
1.20
109967845--109967902
19
3.0
20
82
10
75
31
12
0
56
1.35
109967845--109967916
20
3.6
19
83
5
81
31
11
0
56
1.34
109967846--109967910
19
3.4
18
79
10
67
32
12
0
55
1.37
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5
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1
0
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1.00
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100
0
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0
0
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1
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29
20
20
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20
23
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29
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1.8
93
92
0
288
29
29
21
19
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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17
26
29
1.98
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2.4
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3
288
25
18
27
29
1.98
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35
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1.93
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12
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1.93
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139
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0
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0
19
46
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.98
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2.3
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2
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21
23
20
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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56
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10
6.0
10
84
11
79
68
1
8
21
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410