Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  391  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118702188--118702216
2
14.5
2
100
0
58
0
48
0
51
1.00
118702746--118702813
30
2.3
29
85
5
91
57
11
5
25
1.56
118706627--118706713
31
2.8
31
85
0
120
26
17
28
27
1.97
118706782--118706907
49
2.6
49
85
6
152
29
13
26
30
1.94
118711584--118711618
17
2.1
17
100
0
70
60
5
11
22
1.52
118711663--118711697
17
2.1
17
100
0
70
60
5
11
22
1.52
118711562--118711719
79
2.0
79
100
0
316
39
7
18
34
1.80
118714332--118714373
21
2.0
22
95
4
77
71
14
2
11
1.24
118724925--118724960
17
2.1
17
90
10
56
66
0
0
33
0.92
118729412--118729446
12
2.8
13
86
4
54
22
2
0
74
0.95
118729414--118729455
17
2.4
17
81
18
50
26
2
0
71
0.98
118737271--118737314
17
2.5
18
82
17
65
50
0
9
40
1.34
118743338--118743431
47
2.0
47
100
0
188
46
19
14
19
1.84
118751117--118751152
17
2.2
16
95
5
63
33
25
0
41
1.55
118755001--118755054
22
2.5
22
81
6
65
38
0
0
61
0.96
118756511--118756574
14
4.8
13
74
12
58
28
0
0
71
0.86
118756543--118756574
16
1.9
17
93
6
57
21
0
0
78
0.76
118756868--118756922
16
3.2
17
80
15
60
40
0
5
54
1.23
118756872--118756989
60
2.0
60
83
9
152
38
0
7
54
1.29
118757248--118757285
17
2.3
16
90
4
58
42
0
5
52
1.24
118757349--118758356
297
3.4
296
94
2
1711
34
2
11
51
1.52
118760156--118760198
21
2.0
23
86
9
63
55
2
6
34
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118760231--118760290
11
5.2
11
75
16
50
60
5
3
31
1.35
118760224--118760300
25
3.0
25
75
11
75
58
5
2
33
1.34
118760980--118761007
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99
118762189--118762365
68
2.6
65
82
5
185
37
16
16
28
1.91
118762668--118762778
54
2.0
54
81
8
127
38
18
16
27
1.91
118762867--118763114
71
3.5
71
82
3
334
31
22
16
30
1.96
118762965--118763365
160
2.5
160
98
0
766
32
20
17
28
1.96
118763141--118763274
71
1.9
71
88
0
205
29
23
17
30
1.97
118775687--118775729
21
2.0
23
86
9
63
55
2
6
34
1.39
118775762--118775821
11
5.2
11
75
16
50
60
3
3
33
1.30
118775755--118775831
25
3.0
25
75
11
75
58
3
2
35
1.30
118776513--118776540
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99
118777998--118778039
6
7.0
6
83
0
57
21
33
42
2
1.66
118777979--118778039
12
5.1
12
79
0
68
21
31
42
4
1.74
118778150--118778266
33
3.5
33
82
1
135
18
41
8
30
1.81
118778224--118778372
66
2.3
65
80
3
165
10
45
16
27
1.80
118778272--118778370
32
3.1
32
86
5
137
8
47
18
26
1.76
118778530--118778579
20
2.4
21
96
3
93
32
4
6
58
1.41
118781463--118781497
14
2.5
14
85
0
52
40
11
2
45
1.55
118783123--118783154
16
1.9
17
93
6
57
78
12
9
0
0.97
118783124--118783162
21
1.9
20
85
15
53
76
10
12
0
1.01
118783275--118783333
14
4.3
14
79
12
59
69
0
0
30
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118784261--118784376
60
1.9
59
84
8
155
25
0
6
68
1.13
118794869--118794917
18
2.8
17
73
11
53
53
2
0
44
1.12
118802002--118802037
18
2.0
18
100
0
72
33
22
11
33
1.89
118803117--118803154
9
4.2
9
83
9
51
47
5
0
47
1.24
118804200--118804234
18
1.9
18
94
0
61
40
22
8
28
1.84
118809827--118809859
15
2.2
15
100
0
66
30
18
39
12
1.87
118816274--118816366
48
1.9
48
97
0
177
25
23
21
29
1.99
118817134--118817181
24
2.0
24
84
8
62
45
27
4
22
1.70
118834581--118834648
4
15.5
4
90
3
64
0
22
0
77
0.76
118834581--118834655
5
15.4
5
87
12
88
1
21
0
77
0.85
118836163--118836212
11
4.5
11
76
0
55
64
2
6
28
1.28
118836163--118836211
22
2.2
22
85
0
71
65
2
6
26
1.27
118836171--118836212
22
1.9
22
95
0
75
61
0
7
30
1.22
118836931--118836956
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
118856599--118856627
13
2.1
14
93
6
51
34
0
0
65
0.93
118857951--118858007
29
1.9
30
82
10
73
54
10
5
29
1.56
118859069--118859102
17
2.1
16
88
5
50
26
0
0
73
0.83
118859845--118859889
16
2.9
15
84
12
56
28
0
2
68
1.01
118863860--118863910
8
6.6
8
84
8
70
54
0
1
43
1.11
118863860--118863910
15
3.3
15
89
5
75
54
0
1
43
1.11
118863860--118863911
23
2.3
23
83
6
70
53
0
3
42
1.19
118872898--118872922
12
2.1
12
100
0
50
52
0
8
40
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118878480--118878563
44
1.9
44
85
4
116
21
13
17
47
1.81
118885933--118886000
31
2.2
31
79
7
77
48
16
7
27
1.72
118885950--118886009
31
1.9
31
93
0
102
46
11
10
31
1.73
118889728--118889936
107
1.9
108
97
0
393
44
5
8
41
1.59
118893908--118893941
16
2.1
17
88
5
52
55
17
5
20
1.62
118901689--118901721
2
16.5
2
87
12
50
48
3
0
48
1.17
118905624--118905669
22
2.1
22
87
0
65
15
4
10
69
1.32
118905624--118905660
11
3.4
11
88
0
56
13
5
10
70
1.32
118907920--118907958
20
2.0
20
85
10
53
33
2
0
64
1.08
118910916--118910948
13
2.3
15
90
10
52
51
12
0
36
1.39
118912803--118912846
19
2.3
19
84
7
54
34
0
0
65
0.93
118919105--118919137
15
2.2
15
100
0
66
39
12
21
27
1.88
118921847--118921886
16
2.6
16
88
7
57
15
0
2
82
0.77
118922140--118922173
9
3.7
9
88
4
50
52
5
0
41
1.25
118928929--118928995
27
2.5
27
85
7
91
40
1
23
34
1.64
118930948--118931144
89
2.2
89
80
3
209
30
21
26
20
1.98
118932240--118932264
11
2.3
11
100
0
50
52
12
28
8
1.66
118933588--118933637
22
2.2
23
86
10
68
44
12
24
20
1.85
118936535--118936582
21
2.4
21
83
10
57
52
0
0
47
1.00
118936986--118937028
18
2.3
20
84
11
56
51
2
2
44
1.27
118938957--118939133
96
1.9
94
90
2
275
44
5
22
28
1.74
118939506--118939532
7
3.9
7
100
0
54
0
11
0
88
0.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118941086--118941128
21
2.1
20
82
4
50
32
6
20
39
1.80
118945494--118945670
41
4.4
41
80
7
161
35
24
14
25
1.94
118946846--118946891
10
4.6
10
86
5
58
69
2
4
23
1.17
118946840--118946891
20
2.5
20
78
9
61
69
1
3
25
1.16
118955246--118955270
12
2.1
12
100
0
50
40
8
16
36
1.77
118955266--118955299
18
1.9
18
88
5
52
58
0
11
29
1.33
118956018--118956067
10
5.0
10
78
9
57
70
4
6
20
1.25
118957266--118957309
21
2.0
23
82
13
56
4
25
2
68
1.20
118957373--118957410
5
7.6
5
100
0
76
60
0
0
39
0.97
118957426--118957462
14
2.5
15
86
8
58
83
0
0
16
0.64
118957426--118957462
19
1.9
19
94
0
65
83
0
0
16
0.64
118957426--118957462
5
7.6
5
90
6
58
83
0
0
16
0.64
118962547--118962627
30
2.7
30
86
3
101
33
23
16
27
1.95
118964696--118964739
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
118964759--118964800
13
2.9
14
80
13
50
54
0
0
45
0.99
118964763--118964799
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
118966610--118966667
26
2.2
27
78
9
66
55
3
0
41
1.17
118967549--118967626
7
10.1
7
75
19
59
73
0
2
24
0.96
118969973--118970034
31
2.0
31
87
0
88
25
17
16
40
1.90
118970088--118970134
16
3.0
15
74
20
51
34
0
0
65
0.93
118971713--118971833
62
1.9
63
81
1
145
49
7
13
29
1.69
118972242--118972304
18
3.5
17
76
10
54
61
6
0
31
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118972278--118972368
37
2.5
36
75
12
98
60
4
1
34
1.24
118972798--118972834
19
1.9
19
88
0
56
37
0
8
54
1.30
118972798--118972855
20
3.0
20
80
7
57
39
1
5
53
1.33
118976194--118976225
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
118980316--118980348
2
16.5
2
93
0
57
48
0
3
48
1.17
118981585--118981625
21
2.0
21
85
9
57
43
0
4
51
1.23
118981985--118982022
20
1.9
19
89
5
58
65
0
5
28
1.14
118996167--118996207
15
2.7
15
88
7
57
60
2
7
29
1.36
118996197--118996253
27
2.1
27
80
3
62
66
1
17
14
1.33
118997437--118997480
16
2.7
16
82
13
54
9
4
40
45
1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410