Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  22  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5753819--5753881
18
3.7
18
85
12
96
39
12
12
34
1.82
5753819--5753881
33
1.9
33
96
0
117
39
12
12
34
1.82
5755303--5755366
31
2.1
31
87
0
92
25
25
15
34
1.95
5755559--5755700
24
6.0
24
88
5
191
26
21
22
29
1.99
5755584--5755699
23
5.0
23
92
3
178
27
20
23
28
1.99
5755558--5755701
47
3.0
47
88
4
209
26
20
22
30
1.98
5755747--5755830
20
4.2
20
95
0
150
32
21
11
34
1.90
5755752--5755826
11
7.4
11
68
17
63
30
20
13
36
1.91
5755874--5755921
25
1.9
25
91
0
78
25
14
25
35
1.94
5757084--5757169
27
3.2
27
74
0
82
29
6
25
38
1.82
5757147--5757379
27
8.6
27
84
7
285
41
10
20
27
1.85
5757147--5757379
81
2.9
81
87
3
319
41
10
20
27
1.85
5760473--5760614
24
6.0
24
89
5
200
26
21
22
28
1.99
5760498--5760613
23
5.0
23
93
3
187
27
21
23
27
1.99
5760472--5760615
47
3.0
47
89
4
218
26
21
22
29
1.99
5760659--5760748
20
4.6
20
92
2
146
32
22
11
34
1.89
5760784--5760831
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
5762049--5762281
27
8.6
27
85
5
301
41
9
21
27
1.84
5762050--5762312
81
3.2
80
84
3
296
39
9
22
28
1.86
5763543--5763610
21
3.2
21
69
22
61
45
8
11
33
1.72
5764415--5764522
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
5771432--5771539
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5777195--5777236
21
2.0
21
85
0
57
38
0
21
40
1.53
5777444--5777500
27
2.1
27
100
0
114
31
24
19
24
1.98
5777726--5777816
25
3.8
24
74
21
75
17
25
23
34
1.96
5780414--5780547
37
3.4
38
79
7
135
32
24
17
24
1.97
5786314--5786361
22
2.2
22
82
14
55
62
6
6
25
1.42
5787357--5787480
57
2.2
55
85
2
167
33
16
17
32
1.92
5790598--5790655
26
2.2
26
93
0
98
36
24
5
34
1.78
5791532--5791571
2
20.0
2
94
0
71
52
0
0
47
1.00
5792107--5792151
19
2.2
22
88
11
69
82
0
0
17
0.68
5792107--5792152
6
6.6
7
80
16
51
82
0
0
17
0.67
5792066--5792132
16
4.0
16
74
16
64
67
2
0
29
1.06
5792121--5792151
6
5.0
6
92
7
53
83
0
0
16
0.64
5792122--5792152
13
2.4
13
100
0
62
87
0
0
12
0.55
5792157--5792184
7
4.0
7
100
0
56
42
0
0
57
0.99
5792271--5792298
9
3.1
9
100
0
56
78
0
10
10
0.96
5794642--5794833
40
4.8
40
75
6
167
25
28
21
25
1.99
5798351--5798381
15
2.0
16
93
6
55
51
3
6
38
1.44
5799763--5800017
43
6.0
43
81
5
268
25
18
26
29
1.98
5804435--5804474
14
2.7
15
80
7
55
37
7
0
55
1.29
5818120--5818450
35
9.5
35
85
1
389
30
12
26
30
1.93
5818119--5818448
138
2.4
138
83
1
419
31
12
26
30
1.93
5818120--5818450
173
1.9
174
84
1
450
30
12
26
30
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5825541--5825581
13
3.2
13
89
6
57
41
14
9
34
1.79
5827626--5827672
24
2.0
24
100
0
94
57
8
4
29
1.48
5831806--5831843
17
2.2
17
86
9
51
21
34
34
10
1.87
5832291--5832324
6
5.7
6
92
0
59
29
14
17
38
1.90
5834429--5834608
46
3.9
46
94
0
306
23
24
14
37
1.92
5836735--5836782
11
4.2
11
79
10
51
62
2
0
35
1.07
5837323--5837672
41
8.5
41
90
2
515
19
19
24
36
1.95
5844158--5844459
41
7.3
41
89
3
428
19
20
23
36
1.95
5845589--5845703
27
4.3
27
80
10
128
20
23
20
35
1.96
5849682--5849768
27
3.2
27
88
9
133
34
24
24
17
1.96
5852658--5852699
21
2.0
22
85
4
59
26
4
28
40
1.76
5855804--5855844
11
3.7
11
80
0
55
19
14
9
56
1.66
5855881--5855944
30
2.1
31
88
8
96
28
3
9
59
1.44
5856027--5856065
18
2.2
18
86
9
53
20
0
15
64
1.30
5856067--5856100
12
2.8
12
90
0
50
67
0
0
32
0.91
5868043--5868146
20
5.8
18
70
24
60
53
2
2
40
1.30
5868502--5868611
26
4.2
25
90
4
148
35
3
23
37
1.73
5868827--5868996
27
6.3
27
90
0
259
18
24
24
32
1.97
5868827--5869020
54
3.6
54
90
1
273
18
23
23
34
1.96
5868827--5869020
27
7.2
26
85
6
226
18
23
23
34
1.96
5872978--5873087
26
4.2
25
90
4
148
35
3
23
37
1.73
5874259--5874288
16
1.9
15
93
6
51
53
23
20
3
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5874704--5874924
27
8.2
27
89
1
300
19
24
21
34
1.96
5877350--5877402
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
5878883--5878990
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
5880638--5880677
20
2.0
22
85
14
59
32
30
12
25
1.92
5885940--5886047
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
5888231--5888348
43
2.7
43
89
3
175
33
22
14
29
1.93
5891995--5892025
16
1.9
16
93
0
53
74
9
6
9
1.23
5894559--5894583
12
2.1
12
100
0
50
52
0
16
32
1.44
5894748--5894776
3
10.0
3
92
7
51
68
0
0
31
0.89
5895827--5895869
22
2.0
22
81
9
52
74
2
0
23
0.93
5898732--5898771
18
2.4
16
87
8
53
62
0
0
37
0.95
5902219--5902384
3
54.3
3
80
11
169
63
3
3
30
1.26
5904233--5904454
44
5.0
43
66
8
124
30
19
20
28
1.97
5904205--5904454
88
2.8
88
85
2
349
31
19
20
28
1.97
5904467--5904972
86
5.8
86
72
10
316
25
22
21
30
1.99
5904461--5904976
130
4.0
130
86
2
685
25
22
21
30
1.98
5911670--5911807
3
45.3
3
74
9
102
60
2
5
32
1.31
5911675--5911807
38
3.5
38
78
5
117
60
1
5
33
1.28
5917277--5917349
34
2.1
34
94
0
128
47
0
9
42
1.36
5923733--5923767
17
2.1
17
88
0
52
45
0
0
54
0.99
5924539--5924577
9
4.4
9
87
6
62
56
0
0
43
0.99
5924506--5924578
17
4.2
17
74
13
69
54
2
1
41
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5924615--5924640
13
2.0
13
100
0
52
46
0
0
53
1.00
5924737--5924799
30
2.1
30
100
0
126
47
6
15
30
1.71
5925436--5925716
71
3.9
70
76
9
273
41
3
2
51
1.32
5925505--5925616
27
4.2
28
68
16
67
40
1
3
54
1.28
5925643--5925681
17
2.3
17
95
0
69
56
0
0
43
0.99
5925683--5925722
20
2.0
21
85
5
55
37
5
0
57
1.21
5927923--5927949
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
5928447--5928498
17
3.0
17
82
2
50
69
7
3
19
1.29
5928547--5928790
3
83.3
3
71
19
142
60
0
6
32
1.27
5928538--5928793
38
6.7
38
72
17
151
60
0
6
32
1.27
5930130--5930175
18
2.5
19
82
10
60
13
0
43
43
1.43
5931104--5931211
26
4.2
26
87
2
155
32
6
24
37
1.81
5931104--5931211
52
2.1
52
91
0
171
32
6
24
37
1.81
5947448--5947520
36
2.0
36
100
0
146
32
2
16
47
1.61
5948110--5948148
18
2.2
17
86
4
51
30
23
0
46
1.53
5948997--5949050
21
2.6
21
100
0
108
24
12
18
44
1.85
5952484--5952560
31
2.6
30
78
10
86
40
10
11
37
1.76
5955202--5955260
2
30.5
2
86
6
86
45
0
3
50
1.18
5955958--5955982
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
5956834--5956889
2
28.0
2
96
0
103
50
1
0
48
1.11
5958398--5958473
33
2.3
33
100
0
152
31
17
13
38
1.88
5964546--5964571
4
6.5
4
100
0
52
0
26
23
50
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5967868--5968097
114
2.0
114
98
0
442
40
18
20
20
1.92
5970878--5970916
18
2.1
18
85
4
51
48
7
12
30
1.69
5978302--5979492
476
2.5
468
87
3
1672
39
17
14
28
1.89
5979541--5979748
70
3.0
70
91
2
321
40
14
16
27
1.88
5983153--5983324
75
2.4
74
84
11
216
31
11
23
33
1.90
5983158--5983322
35
4.6
35
84
9
174
31
11
23
33
1.90
5990654--5990824
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
5990657--5990822
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
6006260--6006359
32
3.2
32
71
12
93
50
1
5
44
1.30
6007493--6007536
23
1.9
23
86
9
63
68
2
2
27
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410