genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  173  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53137957--53137996	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
53138182--53138436	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
53138229--53138426	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
53139031--53140383	678	2.0	675	96	0	2501	35	19	13	31	1.90
53141694--53141723	9	3.2	9	95	4	51	86	0	13	0	0.57
53141691--53141726	11	3.2	11	88	4	54	80	0	19	0	0.71
53147144--53147278	27	5.0	27	86	0	180	34	19	21	24	1.96
53147791--53147853	22	2.9	22	76	9	74	19	23	23	33	1.97
53148111--53148216	6	17.3	6	74	14	83	20	18	12	48	1.80
53148117--53148178	25	2.5	25	83	0	79	22	20	11	45	1.83
53154018--53154075	30	1.9	30	86	6	82	27	27	10	34	1.89
53156514--53156797	40	7.1	40	88	0	399	23	20	28	27	1.99
53164947--53165214	47	5.7	46	80	8	267	27	19	29	23	1.98
53164952--53165209	140	1.8	140	86	4	378	28	18	29	23	1.98
53166311--53166351	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
53166564--53166680	58	2.0	58	98	0	225	23	9	29	38	1.86
53170054--53170106	26	2.0	26	96	0	97	24	7	24	43	1.80
53172662--53172793	47	2.8	45	82	11	151	28	19	28	22	1.98
53178008--53178033	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
53179082--53179260	38	4.7	38	86	4	229	21	22	26	29	1.99
53179082--53179260	75	2.3	74	84	6	223	21	22	26	29	1.99
53179258--53179387	43	3.0	43	90	3	208	13	25	30	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53180976--53181253	94	3.0	94	96	0	493	30	10	19	39	1.85
53181282--53181345	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
53188810--53189186	94	4.0	94	94	1	648	30	11	19	39	1.86
53188810--53189186	189	2.0	188	93	1	648	30	11	19	39	1.86
53190964--53190998	10	3.5	10	100	0	70	37	0	31	31	1.58
53193700--53193743	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
53195565--53195633	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
53198013--53198056	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
53199868--53199936	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
53202317--53202360	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
53203157--53203186	15	1.9	16	93	6	53	30	26	3	40	1.72
53204175--53204246	28	2.7	27	91	6	119	44	25	9	20	1.82
53207702--53207883	38	4.8	37	85	6	224	21	21	25	30	1.98
53207702--53207883	75	2.4	75	86	4	242	21	21	25	30	1.98
53207702--53207861	38	4.2	38	88	4	236	21	22	25	30	1.99
53207876--53207957	43	1.9	43	92	0	137	12	25	34	28	1.92
53208552--53208586	10	3.5	10	100	0	70	37	0	31	31	1.58
53213082--53213167	43	2.0	43	86	0	118	20	16	31	31	1.95
53214733--53214781	19	2.5	20	87	9	75	30	18	40	10	1.84
53221469--53221635	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53221469--53221635	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53222461--53222506	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53229476--53229642	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53229476--53229642	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53230468--53230513	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53243873--53244123	49	5.1	49	98	0	457	34	9	26	29	1.87
53244197--53244278	37	2.2	36	93	4	137	20	20	34	24	1.97
53246419--53246617	42	4.7	43	85	1	240	25	17	24	32	1.97
53252547--53252719	46	3.7	46	79	10	199	23	20	26	29	1.99
53252544--53252715	93	1.8	93	92	0	290	23	20	26	28	1.99
53266302--53266458	43	3.7	42	85	2	188	24	17	26	31	1.97
53269125--53269334	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
53277475--53277641	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
53285477--53285644	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
53285493--53285642	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
53288273--53288301	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
53290772--53290805	17	2.0	17	100	0	68	35	17	17	29	1.93
53313044--53313107	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
53313299--53313441	24	6.0	24	86	7	184	25	23	22	28	1.99
53313299--53313440	47	3.0	48	86	7	182	26	23	22	28	1.99
53313492--53313555	20	3.2	20	88	0	101	31	21	10	35	1.88
53313594--53313641	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
53316472--53316542	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
53316526--53316703	27	6.6	27	84	1	232	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53316526--53316703	54	3.3	54	95	0	302	40	20	8	30	1.82
53316530--53316733	81	2.5	81	84	3	241	39	20	10	30	1.85
53316686--53316747	27	2.3	27	94	0	106	38	16	17	27	1.91
53317369--53317437	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
53320732--53320767	18	1.9	18	88	5	54	61	8	0	30	1.26
53320240--53320916	358	1.9	358	92	1	1135	33	19	21	25	1.97
53322712--53323038	48	6.8	48	76	3	230	26	23	19	29	1.98
53322760--53323043	96	2.9	96	82	3	356	26	23	18	30	1.98
53322761--53323037	144	1.9	144	80	4	317	26	23	19	31	1.98
53328115--53328140	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
53328601--53328770	27	6.3	27	81	4	148	31	13	17	38	1.88
53328644--53328927	27	10.6	27	81	7	301	30	10	20	38	1.86
53329222--53329305	28	3.0	28	85	1	105	23	33	14	28	1.94
53333947--53334095	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
53333988--53334095	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
53341251--53341399	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
53341292--53341399	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
53347034--53347242	40	5.2	40	83	2	233	18	30	17	33	1.94
53347060--53347200	20	7.2	20	68	11	94	16	30	18	34	1.93
53349657--53349861	39	5.3	39	83	6	238	21	27	24	25	1.99
53353025--53353118	29	3.2	29	96	0	170	30	15	27	25	1.96
53353021--53353155	58	2.3	58	83	3	166	27	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53360940--53361022	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
53360936--53361070	58	2.3	58	82	6	159	28	15	31	25	1.96
53367631--53367690	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
53378584--53378715	48	2.8	48	88	2	167	22	31	19	25	1.98
53382178--53382229	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
53392485--53392553	27	2.5	28	90	2	104	28	14	27	28	1.95
53397242--53397283	11	3.8	11	87	0	57	47	14	23	14	1.80
53400377--53400543	40	4.2	41	81	5	173	25	26	22	26	2.00
53400393--53400543	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
53401364--53401409	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53411656--53411822	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53419652--53419818	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
53420638--53420683	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53421671--53421840	46	3.7	46	77	10	202	29	28	20	21	1.98
53421679--53421852	93	1.9	93	92	0	294	28	28	21	22	1.99
53424041--53424090	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
53424052--53424099	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
53427025--53427196	93	1.8	93	91	2	283	27	29	21	21	1.99
53427017--53427191	46	3.8	45	78	10	192	28	28	21	21	1.99
53427068--53427211	46	3.1	45	73	12	112	29	27	20	22	1.99
53435230--53435453	48	4.7	48	84	1	243	23	29	20	26	1.99
53444332--53444409	41	1.9	41	84	5	104	71	1	17	8	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53445890--53445938	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53446759--53446925	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
53453904--53453952	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53454771--53454921	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
53465962--53466069	40	2.8	37	81	14	121	24	24	29	22	1.99
53471172--53471209	19	2.0	19	100	0	76	31	5	10	52	1.58
53472594--53472620	11	2.5	11	100	0	54	48	29	0	22	1.51
53481894--53482075	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
53481894--53482075	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
53497169--53497209	21	2.0	21	90	0	64	31	14	29	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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