genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  300  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92805187--92805421	71	3.3	71	100	0	470	35	17	28	19	1.94
92807752--92807911	29	5.5	29	81	4	171	26	16	30	25	1.97
92822079--92822253	47	3.7	47	88	0	197	34	26	12	26	1.91
92827555--92827595	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
92831897--92831933	18	2.1	18	100	0	74	62	10	5	21	1.48
92838676--92838807	23	5.8	22	77	1	120	25	22	19	32	1.97
92838676--92838808	46	2.9	44	80	7	142	24	22	19	33	1.97
92838677--92838808	45	2.9	46	83	5	135	25	21	19	33	1.97
92846688--92846860	46	3.7	46	74	13	156	30	28	18	23	1.98
92846739--92846882	46	3.1	46	72	16	136	29	27	19	22	1.98
92849263--92849311	15	3.4	15	86	5	66	59	12	18	10	1.60
92849273--92849320	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
92852644--92852717	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
92852701--92852776	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
92860520--92860593	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
92860577--92860651	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
92860520--92860651	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
92863227--92863398	93	1.8	93	89	0	272	27	29	21	22	1.99
92863219--92863394	46	3.8	46	76	12	180	28	28	21	22	1.99
92867240--92867293	28	1.9	28	88	0	81	29	24	25	20	1.99
92869635--92869797	85	1.9	84	80	7	186	28	28	19	24	1.98
92874271--92874321	25	2.0	25	81	7	59	13	33	0	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92881758--92881914	42	3.7	42	80	2	163	28	24	15	31	1.95
92882727--92882755	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
92888088--92888164	37	2.1	37	100	0	154	23	24	15	36	1.94
92897604--92897721	43	2.8	42	78	8	130	27	28	17	26	1.98
92897698--92897912	95	2.2	96	83	4	256	30	26	15	26	1.96
92897695--92897912	48	4.6	48	82	5	253	30	26	16	26	1.96
92910993--92911076	40	2.1	40	97	0	159	52	16	21	9	1.72
92914159--92914328	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
92930192--92930285	43	2.2	43	82	3	109	31	23	11	32	1.91
92935583--92935774	27	7.1	27	83	0	231	33	20	19	26	1.97
92935911--92935995	27	3.2	27	77	8	93	22	20	20	37	1.94
92937812--92937863	22	2.4	22	96	0	95	28	7	3	59	1.43
92938477--92938555	40	2.0	40	82	0	95	39	17	12	30	1.87
92941106--92941190	43	2.0	42	86	2	116	34	10	11	43	1.76
92941390--92941420	15	2.1	15	100	0	62	38	12	16	32	1.86
92941929--92942019	42	2.1	42	87	2	137	23	18	29	28	1.98
92944018--92944079	31	2.0	31	93	0	106	38	0	45	16	1.47
92946497--92946555	29	2.0	29	83	6	75	32	0	3	64	1.10
92946511--92946545	16	2.1	18	89	10	56	31	0	5	62	1.18
92946513--92946576	21	3.0	21	81	9	67	32	1	1	64	1.13
92946522--92946588	25	2.7	26	82	13	72	31	4	1	62	1.24
92946513--92946580	5	13.4	5	72	18	52	33	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92946536--92946591	23	2.3	23	88	11	78	30	5	0	64	1.16
92946634--92946705	24	2.9	27	74	16	82	33	4	0	62	1.14
92946640--92946726	23	3.6	24	73	17	72	35	5	0	58	1.22
92946622--92946750	50	2.6	50	77	17	126	34	6	0	59	1.22
92946634--92946728	26	3.7	26	71	16	74	35	5	0	58	1.20
92946671--92946749	43	1.9	41	82	10	99	34	5	0	60	1.18
92949497--92949599	29	3.6	28	85	5	127	27	26	16	30	1.97
92957579--92957680	29	3.5	29	84	5	118	28	25	15	30	1.96
92964401--92964584	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
92964443--92964629	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
92972502--92972685	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
92972544--92972730	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
92981506--92982056	205	2.7	206	89	2	829	31	17	21	29	1.97
92982009--92982102	40	2.3	40	81	1	107	32	15	26	24	1.96
92983768--92983835	21	3.5	20	72	20	65	33	1	1	63	1.13
92983766--92983800	16	2.1	18	89	10	56	31	0	5	62	1.18
92983777--92983843	25	2.7	26	82	13	72	31	4	1	62	1.24
92983768--92983835	5	13.4	5	72	18	52	33	1	1	63	1.13
92983825--92983980	65	2.4	66	79	11	169	35	7	0	57	1.26
92983890--92983980	26	3.6	26	75	14	84	34	4	0	61	1.16
92983772--92983935	75	2.2	73	73	15	158	33	5	0	60	1.24
92984136--92984179	22	2.0	22	87	12	65	31	4	6	56	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92989026--92989118	43	2.2	42	84	5	116	40	21	10	26	1.86
92989260--92989424	23	7.1	23	88	4	251	28	21	21	27	1.99
92989258--92989424	47	3.6	47	90	2	266	28	22	21	28	1.99
92989483--92989539	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
92989471--92989541	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
92989476--92989530	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
92989578--92989625	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
92990786--92990842	27	2.1	27	83	6	71	21	22	22	33	1.97
92990904--92990955	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
92990912--92991106	27	7.1	27	75	8	126	33	8	18	39	1.81
92991058--92991403	27	12.8	27	84	3	385	39	8	25	27	1.84
92991400--92991498	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
92991392--92991496	54	2.0	53	81	9	124	30	10	21	37	1.87
92991058--92991403	81	4.3	81	91	1	516	39	8	25	27	1.84
92991409--92991513	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
92996131--92996349	45	4.9	45	85	2	284	26	28	21	24	1.99
92998428--92998506	36	2.2	36	97	2	149	20	35	7	36	1.81
93004785--93004828	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
93008980--93009023	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
93011891--93012110	40	5.4	40	85	6	293	26	26	23	23	2.00
93011891--93012110	83	2.7	80	86	4	300	26	26	23	23	2.00
93015672--93015834	39	4.2	39	91	0	254	23	33	20	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93021844--93022025	77	2.3	80	83	11	232	24	21	27	25	2.00
93021843--93022025	40	4.7	40	86	8	243	24	21	27	26	2.00
93029841--93030021	76	2.3	80	82	12	223	24	22	27	25	2.00
93029840--93030021	40	4.7	40	85	9	234	24	21	27	25	2.00
93031620--93031683	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
93031792--93031892	27	3.7	26	79	7	103	19	23	18	37	1.94
93036258--93036298	21	2.0	20	85	4	55	31	0	19	48	1.49
93038079--93038103	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
93040549--93040708	29	5.5	29	81	4	171	25	30	16	26	1.97
93048435--93048564	57	2.3	58	85	4	165	26	31	16	26	1.96
93048406--93048564	29	5.5	29	81	5	171	25	30	16	26	1.97
93051745--93051782	18	2.1	18	95	0	67	36	5	21	36	1.76
93057543--93057710	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
93063114--93063139	9	2.9	9	100	0	52	53	23	0	23	1.46
93063320--93063553	117	2.0	117	91	0	378	28	28	20	23	1.99
93066131--93066157	7	3.9	7	100	0	54	29	29	0	40	1.57
93072110--93072165	27	2.1	27	100	0	112	41	16	14	28	1.87
93075308--93077035	878	2.0	878	93	0	2951	31	22	13	32	1.92
93081222--93081266	8	5.6	8	91	0	72	42	15	24	17	1.88
93081212--93081268	16	3.5	16	87	2	78	42	17	24	15	1.88
93081495--93081561	28	2.4	28	82	0	80	19	14	37	28	1.91
93084046--93084083	12	3.2	12	96	0	67	13	26	42	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93089351--93089384	17	2.0	17	94	0	59	41	8	11	38	1.73
93090066--93090098	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
93104712--93104836	46	2.7	46	91	1	198	21	21	26	30	1.98
93112208--93112330	46	2.7	46	90	0	192	22	20	26	30	1.98
93114091--93114143	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
93117147--93117222	36	2.1	36	95	0	134	18	13	28	39	1.88
93123101--93123152	20	2.7	19	75	16	54	53	0	3	42	1.19
93128455--93128504	11	4.6	11	80	14	52	2	16	10	72	1.21
93128447--93128504	21	2.7	20	73	21	55	1	17	8	72	1.18
93137975--93138072	49	2.0	49	100	0	196	38	22	10	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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