genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  54  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14175495--14175873	54	7.0	53	75	9	274	38	13	18	29	1.89
14175509--14175873	162	2.3	161	81	4	412	39	13	18	29	1.88
14175509--14175875	108	3.4	107	79	7	393	39	13	18	28	1.89
14177652--14177881	48	4.8	49	72	13	185	26	19	25	28	1.99
14181407--14181446	19	2.1	19	85	0	53	32	2	5	60	1.32
14184179--14184285	51	2.0	53	84	8	139	17	22	21	38	1.93
14184414--14184471	18	3.2	18	78	9	64	32	17	17	32	1.93
14188387--14188495	48	2.3	47	81	9	132	38	18	15	27	1.91
14190032--14190083	26	2.0	26	96	0	95	30	13	7	48	1.71
14190543--14190626	39	2.1	41	84	4	109	32	21	16	29	1.95
14196468--14196612	40	3.6	39	78	3	112	24	23	28	23	2.00
14196468--14196658	39	4.8	40	77	7	176	24	24	28	23	1.99
14196468--14196651	79	2.3	81	81	10	211	23	24	28	23	2.00
14204143--14204221	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
14211279--14211317	20	2.0	20	89	0	60	12	25	15	46	1.81
14211404--14211445	17	2.3	18	88	8	59	40	2	2	54	1.26
14213314--14213499	40	4.7	40	86	5	225	27	26	20	25	1.99
14220716--14220749	17	2.1	16	88	5	50	17	8	8	64	1.47
14221718--14222091	188	2.0	188	97	0	712	33	5	18	43	1.73
14226312--14226371	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
14228886--14228983	21	4.7	21	89	0	124	46	19	19	14	1.83
14229387--14229440	27	2.0	27	100	0	108	55	11	3	29	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14237104--14237150	24	1.9	24	86	4	67	31	4	0	63	1.13
14237759--14237791	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
14238317--14238360	23	1.9	23	86	9	63	63	13	0	22	1.29
14238790--14238814	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14242666--14242915	40	6.3	41	86	3	291	26	26	22	24	2.00
14245361--14245396	16	2.1	18	90	10	58	61	2	0	36	1.11
14245881--14245970	28	3.3	27	73	9	85	32	18	11	37	1.86
14270008--14270055	23	2.1	23	100	0	96	33	27	16	22	1.96
14270141--14270211	23	3.0	24	76	12	74	42	22	19	15	1.89
14271714--14271824	51	2.2	52	82	8	138	44	14	2	38	1.59
14271918--14271966	20	2.5	20	87	12	75	57	2	0	40	1.10
14272458--14272498	15	2.5	17	80	11	50	17	48	12	21	1.79
14277452--14277711	40	6.6	39	80	6	267	25	23	26	23	2.00
14277451--14277711	119	2.2	119	84	5	334	25	23	26	24	2.00
14277452--14277711	79	3.3	79	80	6	280	25	23	26	23	2.00
14285536--14285796	40	6.6	39	81	6	285	25	23	26	24	2.00
14285537--14285801	79	3.3	80	80	7	256	25	23	26	25	2.00
14285535--14285796	119	2.2	119	83	6	327	25	23	26	25	2.00
14287864--14288071	40	5.2	40	81	2	193	25	23	25	25	2.00
14287866--14288071	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	25	2.00
14290801--14290884	42	2.0	42	90	0	132	44	13	11	30	1.79
14290916--14290955	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14295606--14295645	19	2.2	18	90	4	62	40	15	5	40	1.68
14304468--14304591	43	2.9	42	75	8	117	29	15	23	31	1.95
14311256--14311636	183	2.1	183	88	1	566	28	23	24	23	2.00
14311734--14311774	20	2.0	20	86	9	57	21	7	4	65	1.37
14312984--14313044	31	2.0	31	83	0	77	44	9	8	37	1.68
14314488--14314528	18	2.3	19	79	12	50	43	4	2	48	1.37
14317245--14317277	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
14317595--14317621	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14319591--14319819	47	4.9	47	77	13	215	27	18	29	23	1.98
14319590--14319816	94	2.4	94	84	5	296	27	18	29	23	1.98
14328663--14328692	10	2.9	10	95	5	51	66	0	0	33	0.92
14328684--14328718	17	2.1	17	94	0	61	45	2	0	51	1.16
14328838--14328887	12	4.2	11	80	14	55	28	4	2	66	1.21
14333194--14333237	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
14333449--14333489	21	2.0	21	90	0	64	43	9	9	36	1.71
14334258--14334296	12	3.1	12	88	7	51	17	0	5	76	0.96
14336647--14336737	35	2.6	35	75	0	92	46	16	10	26	1.80
14340985--14341081	19	5.3	18	83	9	56	35	11	15	38	1.83
14340995--14341092	19	5.2	19	88	7	146	35	10	17	36	1.84
14341004--14341072	36	1.9	36	96	0	129	34	10	15	39	1.82
14343015--14343057	21	2.0	21	100	0	86	41	4	23	30	1.74
14359961--14360183	122	1.9	119	79	4	252	41	10	17	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14362092--14362315	40	5.6	40	83	8	285	26	26	22	24	2.00
14362092--14362315	83	2.8	80	85	6	292	26	26	22	24	2.00
14362910--14362937	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14377667--14377762	41	2.3	41	81	0	111	21	39	21	16	1.92
14378376--14378405	15	2.0	15	93	0	51	30	53	3	13	1.56
14392055--14392084	12	2.4	13	94	5	53	0	20	0	80	0.72
14395589--14395628	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
14395947--14395971	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
14396003--14396034	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14397868--14397919	9	5.8	9	74	0	50	40	3	25	30	1.73
14397867--14397917	18	2.8	18	84	0	66	39	3	25	31	1.74
14400861--14400905	6	7.5	6	100	0	90	33	0	51	15	1.44
14405319--14405356	18	2.1	18	90	5	58	65	0	21	13	1.26
14410784--14410892	49	2.2	49	85	3	139	24	30	17	27	1.97
14410912--14411036	46	2.7	46	86	7	155	24	31	16	28	1.96
14410956--14411124	46	3.7	46	84	3	198	23	28	18	29	1.98
14412516--14412559	22	2.0	23	82	13	56	25	2	20	52	1.58
14415558--14415588	12	2.7	11	95	5	53	61	9	0	29	1.28
14418752--14418788	18	2.0	19	89	5	58	37	0	10	51	1.37
14420323--14420407	44	1.9	45	87	2	127	48	14	9	28	1.74
14425223--14425272	17	2.9	17	87	0	64	30	0	4	66	1.10
14432621--14432653	16	2.0	17	88	5	50	33	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14439124--14439190	25	2.7	25	79	6	66	13	19	14	52	1.75
14441083--14441829	3	249.0	3	67	14	203	61	2	7	28	1.36
14441070--14441153	40	2.2	39	79	12	93	65	2	4	27	1.25
14441873--14441941	27	2.6	27	82	8	72	63	1	5	28	1.26
14441885--14441941	12	4.4	13	77	16	64	64	1	5	28	1.25
14443541--14443579	16	2.7	15	88	11	55	56	5	0	38	1.22
14443546--14443579	16	2.1	16	94	0	59	58	5	0	35	1.22
14445182--14445655	132	3.6	131	82	2	560	35	18	18	27	1.95
14445181--14445657	261	1.8	263	89	1	753	35	18	18	27	1.95
14446636--14446665	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14449511--14449539	14	2.0	15	93	6	51	17	27	0	55	1.42
14452182--14452222	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
14457056--14457109	16	3.4	16	89	0	81	29	18	3	48	1.65
14460279--14460375	46	2.1	47	98	1	187	52	8	4	35	1.50
14462429--14462501	25	3.0	24	84	6	92	19	24	21	34	1.96
14463753--14463805	21	2.5	21	78	0	70	18	24	22	33	1.97
14465579--14465645	5	13.4	5	100	0	134	40	0	0	59	0.97
14466653--14466760	42	2.6	42	88	2	148	22	20	26	30	1.98
14466680--14466764	42	2.0	42	97	0	161	20	18	28	32	1.96
14466943--14466995	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
14470682--14470715	17	2.0	17	88	11	52	55	2	5	35	1.39
14473403--14473430	13	2.2	13	100	0	56	0	0	85	14	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14482675--14482715	19	2.2	19	90	0	64	75	7	14	2	1.12
14484791--14484962	93	1.8	93	91	4	285	29	30	19	20	1.97
14484784--14484959	46	3.8	46	77	14	182	30	30	19	19	1.97
14484835--14484978	46	3.1	44	73	15	123	29	29	19	21	1.98
14486484--14487158	335	2.0	339	87	4	964	21	28	24	24	1.99
14489957--14490037	25	3.4	25	63	16	64	58	23	2	16	1.50
14489938--14490071	45	3.0	45	86	0	142	57	21	2	17	1.53
14490046--14490106	30	2.0	30	100	0	122	57	22	3	16	1.54
14491972--14492060	28	3.2	28	91	0	151	17	38	19	24	1.93
14491976--14492051	13	5.5	13	69	22	57	14	36	21	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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