genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60302094--60302168	28	2.7	28	89	0	114	34	13	24	28	1.93
60302284--60302400	40	2.9	40	71	12	103	23	17	28	30	1.97
60304232--60304414	40	4.6	40	86	2	217	26	22	25	25	2.00
60304225--60304414	80	2.4	80	85	1	247	25	23	26	24	2.00
60304224--60304456	79	2.9	80	79	6	249	27	23	25	23	2.00
60312505--60312670	40	4.2	40	82	3	176	24	27	21	26	1.99
60315275--60315476	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60315274--60315425	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60323318--60323519	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60323317--60323468	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60331388--60331589	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
60331387--60331538	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
60334810--60334982	47	3.7	47	93	0	292	33	12	28	26	1.92
60335185--60335329	37	3.9	37	95	0	254	23	19	31	26	1.98
60338687--60338732	16	2.9	16	96	3	85	52	19	19	8	1.72
60339151--60339260	27	4.1	27	80	10	109	16	25	23	34	1.95
60339151--60339260	54	2.0	54	84	6	143	16	25	23	34	1.95
60341409--60341461	24	2.2	25	96	3	99	35	28	0	35	1.58
60342226--60342269	23	1.9	23	95	0	79	45	13	4	36	1.64
60344185--60344272	35	2.5	35	75	3	88	45	21	5	27	1.74
60344427--60344521	42	2.3	42	78	5	106	29	30	18	21	1.97
60345394--60345567	37	4.9	37	80	12	204	26	33	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60345457--60345515	29	2.0	29	100	0	118	30	33	13	22	1.92
60345420--60345552	66	2.0	66	94	0	230	27	34	15	22	1.94
60345612--60347103	48	31.0	48	92	1	2430	31	26	6	35	1.83
60352429--60352652	48	4.8	48	72	7	163	28	24	21	26	1.99
60355318--60355376	27	2.2	26	82	8	66	33	28	15	22	1.94
60356218--60356419	27	7.5	26	79	8	163	29	9	20	40	1.84
60356210--60356419	54	3.9	53	80	4	215	29	9	20	41	1.82
60356217--60356419	81	2.5	81	83	7	259	29	9	20	40	1.84
60361755--60361938	40	4.6	40	79	10	207	26	28	21	23	1.99
60361755--60361939	79	2.3	81	81	8	218	27	28	21	23	1.99
60363915--60364178	27	9.8	26	83	8	223	29	10	20	39	1.87
60363889--60364182	54	5.5	53	80	9	307	28	11	21	38	1.88
60363891--60364178	81	3.6	80	82	5	343	29	11	20	38	1.88
60364142--60364624	239	2.0	238	91	1	770	30	22	19	26	1.98
60367242--60367283	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
60369169--60369250	42	2.0	42	90	0	128	19	28	32	19	1.96
60371842--60371873	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
60371842--60371872	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
60376277--60376308	5	6.6	5	92	7	57	15	0	0	84	0.63
60376277--60376308	14	2.2	15	94	5	57	15	0	0	84	0.63
60377596--60377754	45	3.6	45	84	8	179	28	28	20	22	1.98
60378563--60378657	47	2.0	47	95	2	174	43	14	12	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60385151--60385322	45	3.9	45	86	5	210	27	28	19	23	1.99
60386129--60386224	47	2.0	47	95	0	174	41	14	13	30	1.84
60389174--60389278	44	2.5	42	84	6	122	24	20	25	29	1.99
60389174--60389321	43	3.4	44	77	8	142	27	18	25	28	1.98
60392313--60392432	43	2.8	42	75	16	120	31	18	24	25	1.97
60409076--60409325	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
60418976--60419100	38	3.3	38	100	0	250	28	14	26	31	1.95
60419696--60419920	40	5.6	40	80	8	235	24	24	27	23	2.00
60419696--60419956	80	3.3	79	83	4	303	25	24	26	23	2.00
60419696--60419920	120	1.9	121	86	6	323	24	24	27	23	2.00
60424432--60424632	40	5.1	39	80	9	185	26	20	25	27	1.99
60424428--60424613	80	2.3	81	80	10	213	25	20	25	27	1.99
60426683--60426865	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
60432164--60432269	44	2.4	43	80	7	117	26	16	26	31	1.96
60432164--60432283	43	2.8	44	79	9	140	25	15	25	32	1.96
60433963--60434122	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
60433963--60434122	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
60441176--60441304	29	4.6	27	89	6	132	27	24	13	34	1.94
60441176--60441333	30	5.5	30	86	9	204	27	25	13	32	1.94
60441176--60441333	57	2.8	57	87	6	205	27	25	13	32	1.94
60444776--60444936	38	4.1	38	78	11	121	29	32	24	13	1.93
60444790--60444949	83	2.0	78	87	6	230	28	33	24	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60444789--60444955	43	4.1	43	85	8	224	28	33	24	13	1.93
60453956--60454171	40	5.4	40	91	2	339	20	22	31	25	1.98
60453956--60454171	79	2.7	79	91	3	346	20	22	31	25	1.98
60453956--60454171	119	1.8	119	89	2	344	20	22	31	25	1.98
60454398--60454441	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
60457351--60457434	42	2.0	42	100	0	168	35	9	30	23	1.87
60459862--60459931	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
60459862--60459943	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
60465864--60466030	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
60473534--60473700	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
60475558--60475725	40	4.2	40	79	4	169	25	22	27	23	2.00
60482902--60483083	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
60483087--60483197	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
60485913--60486014	40	2.5	40	83	0	123	31	21	25	21	1.98
60491346--60491415	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
60491346--60491427	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
60496939--60497066	40	3.2	40	91	1	213	21	22	30	25	1.99
60497302--60497346	22	2.0	22	83	8	56	31	11	13	44	1.78
60502397--60502656	104	2.5	105	79	4	258	24	20	31	23	1.98
60502592--60502674	42	2.0	43	85	2	114	22	24	34	18	1.96
60502804--60502834	9	3.4	9	100	0	62	35	0	29	35	1.58
60502804--60502843	18	2.2	18	86	0	53	37	2	25	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60503671--60503704	15	2.3	15	94	0	59	0	14	20	64	1.28
60505570--60505670	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60513529--60513629	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60515986--60516064	39	2.0	39	90	0	122	45	25	3	25	1.70
60519343--60519510	40	4.2	40	81	6	171	25	22	26	25	2.00
60527348--60527514	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
60528427--60528585	29	5.5	29	87	5	214	27	25	13	32	1.94
60535640--60535799	29	5.5	30	86	8	213	27	25	13	33	1.93
60535640--60535799	59	2.8	57	87	4	214	27	25	13	33	1.93
60537967--60538136	93	1.8	93	94	0	304	28	28	21	21	1.99
60537962--60538134	46	3.7	46	79	13	210	28	27	21	21	1.99
60538557--60538615	29	2.0	29	86	0	82	32	25	5	37	1.78
60541574--60541682	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
60541889--60542082	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	32	1.90
60541982--60542053	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
60545180--60545231	20	2.6	20	87	0	77	23	34	28	13	1.92
60551890--60551934	11	4.1	11	82	0	54	15	2	13	68	1.30
60552716--60552821	20	5.1	20	65	20	56	50	1	0	46	1.18
60553799--60553844	7	6.6	7	94	0	83	28	28	2	41	1.68
60557037--60557110	37	2.0	37	94	0	130	31	51	0	17	1.46
60557089--60557124	18	2.0	18	88	0	54	25	55	0	19	1.43
60557511--60557547	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60557511--60557566	21	2.8	21	82	15	57	37	0	1	60	1.07
60557519--60557549	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
60558006--60558249	126	1.9	126	94	0	425	28	17	15	38	1.90
60560097--60560142	21	2.1	23	88	8	69	41	0	0	58	0.98
60560097--60560212	34	3.6	34	75	19	122	40	0	1	57	1.09
60560134--60560181	21	2.3	21	92	3	80	41	0	0	58	0.98
60560120--60560215	13	7.7	14	69	21	63	39	0	2	58	1.10
60560146--60560188	7	6.1	7	77	0	50	41	0	0	58	0.98
60560146--60560203	28	2.1	28	87	6	82	39	0	3	56	1.16
60560097--60560218	14	10.1	12	68	26	64	40	0	1	58	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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