genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164652--27164813	86	1.9	85	85	8	222	26	17	24	31	1.97
27164652--27164821	43	4.0	42	79	13	186	25	17	24	31	1.97
27172231--27172334	43	2.4	43	79	4	104	27	15	24	32	1.95
27175881--27175918	20	1.9	19	89	5	58	21	13	26	39	1.89
27176367--27176408	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
27176790--27176905	55	2.1	54	85	4	160	25	30	22	22	1.99
27177671--27177987	46	6.8	45	74	9	210	23	29	20	27	1.99
27177671--27177887	49	4.6	46	74	10	154	24	30	19	25	1.98
27180815--27180864	22	2.2	23	79	13	59	56	4	0	40	1.18
27180821--27180868	22	2.2	20	82	13	60	56	4	0	39	1.19
27184841--27184895	20	2.8	20	83	5	58	58	9	1	30	1.40
27184849--27184914	19	3.4	19	81	8	71	54	7	1	36	1.38
27192122--27192179	10	5.5	11	78	10	50	1	36	0	62	1.06
27197607--27197739	47	2.8	47	97	0	248	24	13	22	39	1.90
27207734--27207803	24	2.8	24	82	8	79	34	21	10	34	1.87
27212181--27212258	40	2.0	40	86	0	111	19	14	33	33	1.91
27218692--27218919	46	5.0	46	89	1	314	38	15	24	21	1.92
27222755--27222835	40	2.0	40	87	0	117	18	14	32	34	1.91
27225565--27225659	31	2.8	32	72	18	84	35	18	6	38	1.77
27226408--27226437	15	2.0	15	93	0	51	36	10	20	33	1.86
27231170--27231208	20	2.0	19	85	5	51	38	2	17	41	1.64
27231259--27231394	38	3.5	38	80	11	152	20	18	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27235847--27235977	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
27235847--27235977	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
27239892--27239916	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
27242812--27243019	40	5.2	40	84	2	249	24	21	27	26	1.99
27244425--27244495	3	24.0	3	97	2	135	67	0	0	32	0.91
27245296--27245344	20	2.4	21	82	3	64	77	4	6	12	1.09
27246072--27246709	177	3.6	176	86	1	873	27	21	20	30	1.98
27246365--27246461	44	2.2	43	76	5	104	25	23	22	27	2.00
27246211--27246662	88	5.1	86	65	13	245	27	21	21	29	1.98
27246079--27246717	354	1.8	355	88	1	978	27	20	20	30	1.98
27251349--27251392	12	3.8	12	83	16	58	11	2	4	81	0.92
27251363--27251419	18	2.9	19	73	21	55	15	0	7	77	0.98
27251349--27251422	27	2.7	26	78	19	80	13	1	5	79	0.96
27251363--27251421	26	2.2	27	85	8	77	15	0	6	77	0.96
27251363--27251419	12	4.5	12	77	16	53	15	0	7	77	0.98
27256723--27256890	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
27269176--27269205	7	4.1	7	95	4	51	86	0	0	13	0.57
27269165--27269203	8	4.8	8	84	15	53	84	0	2	12	0.72
27269445--27269478	14	2.3	15	90	5	52	58	8	0	32	1.29
27270384--27270428	24	1.9	23	82	13	56	13	4	17	64	1.44
27270640--27270671	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
27270641--27270679	16	2.4	16	91	0	60	43	20	17	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27279492--27279567	40	1.9	40	86	0	107	17	14	32	35	1.90
27287848--27287874	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27300834--27300875	22	1.9	22	85	9	59	28	19	21	30	1.97
27304119--27304219	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
27304148--27304223	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
27311938--27312038	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
27311967--27312042	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
27320973--27321006	16	2.0	17	88	11	52	5	14	20	58	1.57
27322455--27322504	26	1.9	26	91	0	82	16	26	24	34	1.95
27322461--27322517	26	2.2	26	84	6	71	17	22	22	36	1.94
27325451--27325601	40	3.8	40	78	10	146	23	27	23	25	2.00
27339634--27339704	27	2.7	26	78	6	70	36	22	14	26	1.92
27342893--27342984	48	1.9	48	84	0	121	25	26	11	36	1.90
27346932--27346997	19	3.1	21	72	16	57	34	7	7	50	1.59
27347566--27347613	21	2.2	21	85	7	60	58	0	0	41	0.98
27355420--27355454	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
27355738--27355819	41	2.0	41	100	0	164	29	4	17	48	1.67
27359582--27359624	19	2.3	19	91	0	68	37	2	13	46	1.57
27360997--27361046	23	2.2	23	89	7	75	32	8	10	50	1.65
27361885--27361910	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27364506--27364668	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
27372078--27372195	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27372046--27372209	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
27379107--27379224	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
27379075--27379238	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
27391166--27391395	50	4.6	49	79	10	225	30	25	17	26	1.97
27398573--27398750	50	3.6	48	82	7	205	31	26	16	25	1.96
27401928--27401997	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
27401929--27402037	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
27417627--27417652	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27420531--27420572	2	21.0	2	90	0	66	45	0	2	52	1.13
27421177--27421241	24	2.7	26	83	11	84	32	29	15	23	1.95
27421179--27421338	24	6.7	24	67	8	83	33	28	13	24	1.93
27423240--27423271	15	2.1	15	100	0	64	12	18	21	46	1.82
27430639--27430782	39	3.7	40	89	0	202	22	22	31	23	1.99
27430655--27430820	79	2.1	79	79	4	174	24	21	30	23	1.99
27432148--27432176	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
27434833--27434931	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
27442842--27442940	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
27451730--27451757	10	2.8	10	100	0	56	39	21	7	32	1.80
27454425--27454475	6	8.5	6	82	0	57	17	1	5	74	1.11
27454419--27454472	18	3.1	17	84	7	63	18	1	7	72	1.17
27454425--27454475	24	2.1	24	85	7	68	17	1	5	74	1.11
27459469--27459607	30	4.7	29	80	9	129	33	12	27	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27459467--27459609	60	2.4	60	75	14	152	33	12	27	26	1.92
27462248--27462342	42	2.3	42	86	0	136	16	24	36	22	1.94
27463128--27463170	18	2.3	19	84	11	54	0	18	2	79	0.85
27464216--27464292	40	1.9	40	89	0	118	15	14	33	36	1.88
27476639--27476721	43	1.9	43	90	4	132	26	32	19	21	1.97
27480644--27480798	43	3.6	43	91	3	258	30	32	24	11	1.91
27480791--27481010	38	5.8	38	89	4	313	30	25	22	21	1.99
27480791--27480997	75	2.8	76	89	3	312	31	25	21	21	1.98
27494320--27494396	38	2.0	38	92	0	127	23	22	15	38	1.92
27495786--27495981	30	6.5	30	78	4	189	42	12	22	22	1.86
27495760--27496008	90	2.8	89	80	5	243	40	13	22	22	1.89
27495819--27496008	60	3.2	59	74	7	195	41	13	22	22	1.89
27495765--27496006	30	8.1	29	74	7	112	40	13	22	22	1.89
27495765--27495994	120	1.9	119	88	2	345	40	13	22	23	1.90
27498151--27498209	31	1.9	31	96	0	109	22	15	22	40	1.90
27507579--27507609	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
27510586--27510628	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
27513095--27513215	60	2.0	60	91	0	197	26	21	17	34	1.95
27518837--27519000	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27518837--27519034	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
27525873--27526036	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
27525873--27526070	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27527550--27527698	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
27527591--27527698	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
27532529--27532571	8	5.5	8	86	8	54	27	23	0	48	1.51
27532524--27532571	23	2.1	23	84	7	62	31	20	0	47	1.50
27537503--27537626	63	2.0	63	90	0	194	28	19	23	29	1.98
27544435--27544466	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27546088--27546131	17	2.6	17	85	0	61	59	2	6	31	1.36
27549320--27549458	44	3.1	44	65	22	99	27	19	15	38	1.91
27549295--27549459	90	1.8	90	86	0	240	27	20	14	38	1.91
27550197--27550280	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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