genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  183  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55866523--55866572	13	3.8	13	78	0	55	10	22	46	22	1.81
55870771--55870997	46	4.8	50	78	15	268	28	29	20	21	1.98
55870771--55870997	93	2.4	93	97	0	427	28	29	20	21	1.98
55872773--55872900	40	3.2	40	82	2	141	27	22	26	23	2.00
55875971--55876059	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
55875971--55876050	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
55875982--55876059	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
55879043--55879210	46	3.6	46	78	13	209	29	29	20	20	1.98
55879038--55879214	93	1.9	93	96	0	327	28	30	19	20	1.97
55880846--55880909	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
55887978--55888037	27	2.3	26	82	2	66	20	23	21	35	1.96
55891632--55891700	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
55893084--55893121	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
55899386--55899448	27	2.4	28	91	5	96	20	9	25	44	1.82
55899396--55899452	27	2.1	27	100	0	114	17	12	22	47	1.81
55902706--55902806	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
55910640--55910740	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
55912768--55912877	6	17.8	6	71	15	73	49	12	18	20	1.79
55912798--55912877	31	2.6	31	81	0	106	48	12	17	21	1.80
55912768--55912855	37	2.4	37	86	0	122	47	12	19	20	1.81
55912762--55912877	37	3.3	36	72	14	107	50	12	18	19	1.78
55912996--55913055	27	2.3	26	85	2	75	36	18	23	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55913096--55913147	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
55913339--55913585	27	9.2	27	84	4	302	40	6	22	30	1.80
55913342--55913582	80	3.0	82	86	3	328	40	7	21	30	1.80
55913577--55913731	81	1.9	79	81	2	184	29	11	20	38	1.88
55913577--55913731	27	5.8	27	71	14	83	29	11	20	38	1.88
55913901--55913934	17	2.0	17	94	0	59	14	32	35	17	1.91
55925824--55925994	93	1.8	93	86	2	245	23	20	26	28	1.99
55935894--55935940	23	2.0	23	87	0	67	23	29	8	38	1.84
55937289--55937330	20	2.2	20	83	12	52	11	2	2	83	0.84
55938796--55938839	23	1.9	23	100	0	88	40	22	20	15	1.90
55939084--55939223	38	3.6	38	89	1	199	31	24	22	21	1.98
55942260--55942299	13	3.1	13	88	0	62	17	30	37	15	1.90
55948064--55948297	43	5.3	44	86	9	336	26	27	20	24	1.99
55948064--55948297	88	2.7	89	85	9	320	26	27	20	24	1.99
55959632--55959685	20	2.8	20	86	5	67	9	22	42	25	1.83
55963091--55963132	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
55963088--55963129	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
55968935--55969083	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
55968976--55969083	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
55978638--55978703	30	2.2	30	91	5	107	16	24	39	19	1.92
55979525--55980003	27	17.9	27	82	3	527	32	15	15	36	1.88
55979966--55980043	41	1.9	41	86	5	113	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55979936--55980071	68	2.0	68	84	2	175	32	16	14	36	1.89
55980004--55980239	27	8.7	27	86	0	312	32	14	13	38	1.86
55980004--55980266	54	4.9	54	84	5	210	32	15	14	37	1.88
55980249--55980301	27	2.0	27	88	0	79	41	16	15	26	1.88
55982363--55982577	27	8.1	27	80	4	240	31	15	15	37	1.89
55982594--55983556	27	35.9	27	86	3	1084	30	15	15	38	1.89
55982511--55982645	71	1.9	69	86	3	189	34	10	13	41	1.78
55983562--55983677	27	4.3	27	82	2	135	39	21	17	21	1.92
55984035--55984084	18	2.7	19	78	9	68	22	22	20	36	1.96
55985548--55985716	79	2.1	80	86	5	245	27	27	18	25	1.98
55985548--55985772	40	5.6	39	84	4	238	27	27	19	25	1.99
55993249--55993378	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
55996385--55996551	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
55997877--55997926	24	2.1	24	100	0	100	12	30	38	20	1.88
56003770--56003899	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
56007418--56007642	79	2.8	78	83	7	283	26	27	20	25	1.99
56007399--56007642	40	6.1	40	83	6	275	25	27	20	25	1.99
56012491--56012533	20	2.2	20	100	0	86	41	4	9	44	1.57
56012518--56012573	28	2.0	28	96	0	103	32	5	10	51	1.59
56014189--56014541	27	13.1	27	85	2	431	32	13	14	39	1.85
56014535--56014670	27	5.1	27	74	8	118	42	19	15	22	1.88
56014535--56014648	27	4.3	27	79	2	122	42	21	14	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56016667--56016856	27	7.0	27	86	2	247	31	14	15	39	1.87
56016853--56016923	27	2.6	27	81	0	88	46	22	14	16	1.83
56016853--56016967	27	4.3	26	73	6	79	44	20	16	18	1.87
56018997--56019108	27	4.1	27	84	2	129	31	16	12	40	1.85
56019102--56019198	27	3.6	27	87	0	113	41	19	17	21	1.91
56019162--56019213	27	2.0	27	84	3	70	34	21	23	21	1.97
56023346--56023377	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
56040480--56040504	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
56044792--56044842	26	2.0	26	88	0	75	23	19	17	39	1.92
56044792--56044932	27	5.3	27	71	4	90	24	17	19	38	1.93
56044927--56045221	27	11.0	27	89	2	396	41	15	12	29	1.84
56047272--56047369	27	3.6	27	85	0	106	21	16	20	41	1.90
56047363--56047474	27	4.1	27	84	2	145	40	12	16	31	1.85
56047363--56047474	54	2.1	54	88	3	163	40	12	16	31	1.85
56049505--56049619	27	4.3	27	71	6	90	18	16	20	44	1.87
56049616--56049805	27	7.0	27	86	2	247	39	15	14	31	1.87
56051826--56051940	27	4.3	27	79	0	122	20	14	21	42	1.88
56051934--56052313	27	14.1	27	85	1	483	39	14	14	32	1.86
56056140--56056240	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
56056169--56056244	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
56063937--56064037	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
56063966--56064041	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56070896--56070999	54	1.9	54	94	3	183	44	13	5	36	1.68
56070941--56070965	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
56072989--56073018	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
56084995--56085022	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56097021--56097202	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
56097021--56097202	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
56102640--56102770	46	2.8	46	83	6	140	26	16	30	25	1.97
56103476--56103507	7	4.6	7	100	0	64	12	0	28	59	1.34
56104380--56104449	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
56111340--56111364	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
56112243--56112312	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
56121180--56121398	46	4.6	48	74	11	152	28	19	28	23	1.98
56121324--56121440	50	2.4	49	82	7	130	26	17	29	26	1.97
56121429--56121478	25	2.0	25	88	3	75	32	24	24	20	1.98
56138258--56138387	40	3.2	40	81	6	158	22	24	29	23	1.99
56145207--56145390	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
56145247--56145435	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56153295--56153478	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
56153335--56153523	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56159788--56159969	78	2.3	81	83	6	221	23	27	24	24	2.00
56159779--56159969	40	4.8	39	79	6	179	23	28	24	24	2.00
56161481--56161579	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56171728--56171986	27	9.6	27	75	9	190	40	22	8	29	1.83
56171728--56172013	54	5.3	54	82	5	312	40	21	8	29	1.83
56171966--56172045	27	3.0	27	90	0	124	38	18	12	30	1.88
56171728--56172013	81	3.5	81	78	4	283	40	21	8	29	1.83
56180541--56180746	40	5.2	39	79	5	171	25	25	23	25	2.00
56180541--56180746	80	2.6	80	79	6	204	25	25	23	25	2.00
56183777--56183916	27	5.2	27	80	6	142	41	21	6	30	1.78
56183786--56183945	81	2.0	81	86	4	225	40	19	8	31	1.82
56183899--56183960	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
56183791--56183943	54	2.8	54	86	3	166	41	19	9	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410