genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  119  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35856513--35856559	19	2.4	19	89	10	69	42	0	23	34	1.54
35862299--35862346	9	5.6	9	85	2	55	54	0	2	43	1.12
35862310--35862346	11	3.2	12	81	11	51	56	0	0	43	0.99
35864269--35864325	17	3.6	17	68	18	59	19	42	28	10	1.84
35866393--35866539	53	2.7	53	86	4	197	21	25	19	34	1.96
35866405--35866585	55	3.4	53	81	6	195	22	24	18	34	1.96
35867837--35868093	47	5.5	45	73	14	168	22	29	19	28	1.98
35867823--35868093	94	2.9	90	74	13	262	22	29	19	28	1.98
35869316--35869435	47	2.6	47	89	0	186	24	21	15	38	1.92
35869358--35869567	95	2.3	94	74	12	202	23	24	17	35	1.95
35872561--35872910	47	7.3	47	89	3	502	28	31	8	30	1.88
35872561--35872910	49	7.3	49	90	3	518	28	31	8	30	1.88
35877488--35877581	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
35883687--35883765	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
35883678--35883764	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
35886133--35886308	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
35886130--35886300	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
35887864--35888067	39	5.2	39	90	0	300	25	19	26	28	1.99
35892293--35892359	34	2.0	34	88	5	100	31	22	17	28	1.97
35892295--35892368	34	2.2	34	80	4	87	35	22	14	27	1.94
35895729--35895919	39	4.9	39	90	0	292	24	20	28	26	1.99
35895737--35895953	78	2.8	78	84	4	224	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35901387--35901594	40	5.2	40	83	2	231	25	27	22	25	2.00
35909487--35909694	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
35911525--35911700	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
35911522--35911693	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
35915759--35915930	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
35915751--35915926	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
35918309--35918397	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
35918309--35918388	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
35918320--35918397	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
35921351--35921522	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
35921343--35921518	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
35927463--35927638	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
35927460--35927631	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
35931341--35931478	14	9.9	14	77	3	91	37	8	18	35	1.81
35931301--35931478	28	6.4	28	72	5	128	38	10	16	34	1.83
35933151--35933224	29	2.6	29	84	4	96	27	14	32	25	1.95
35940301--35940373	29	2.5	29	88	4	103	26	16	31	26	1.96
35941475--35941510	13	2.8	13	91	0	54	25	16	33	25	1.96
35943052--35943115	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
35943307--35943448	24	6.0	24	90	5	200	26	21	22	28	1.99
35943498--35943558	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
35943601--35943648	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35944889--35945421	27	19.8	27	86	4	612	40	9	22	27	1.85
35945372--35945648	27	10.3	27	85	2	249	32	8	20	38	1.83
35945373--35945648	80	3.4	80	77	7	263	32	8	20	38	1.83
35945498--35945665	27	6.3	26	86	4	167	32	7	19	41	1.78
35946644--35946705	31	2.0	31	100	0	124	35	6	25	32	1.82
35947521--35947576	27	2.1	27	89	0	85	41	17	21	19	1.91
35947525--35947604	27	2.9	26	81	5	70	42	17	18	21	1.89
35948779--35948872	28	3.2	28	76	14	80	27	24	23	24	2.00
35948779--35948849	33	2.1	34	86	2	99	25	25	22	26	2.00
35950128--35950217	37	2.4	37	90	3	146	26	13	26	33	1.93
35953781--35953829	25	2.0	25	95	0	89	26	22	22	28	1.99
35957656--35957703	24	2.0	24	100	0	96	41	8	16	33	1.78
35958840--35959005	24	7.0	24	84	4	203	27	21	21	28	1.99
35958839--35959005	47	3.5	48	85	4	205	27	21	21	29	1.99
35958854--35959005	71	2.1	71	89	3	225	27	21	21	29	1.98
35959064--35959140	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
35959060--35959142	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
35959060--35959131	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
35959508--35959821	156	2.0	156	95	0	565	23	30	16	28	1.96
35960623--35960908	27	10.6	27	85	3	342	40	8	22	28	1.83
35963858--35964023	24	7.0	24	86	4	221	26	22	22	27	1.99
35963857--35964023	47	3.5	48	86	4	223	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35963858--35964023	71	2.3	71	89	3	244	26	22	22	27	1.99
35964082--35964158	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
35964078--35964160	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
35964078--35964149	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
35964197--35964244	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
35964527--35964840	156	2.0	156	98	0	601	23	31	16	28	1.96
35965578--35965649	27	2.7	27	77	0	81	29	8	22	40	1.83
35965642--35965927	27	10.6	27	85	3	324	40	8	22	29	1.82
35969847--35970011	60	2.7	61	82	9	187	26	18	26	29	1.98
35969885--35969990	28	3.7	27	73	21	81	26	18	28	26	1.98
35970424--35970463	15	2.7	15	100	0	80	37	5	20	37	1.74
35972646--35972715	34	2.0	35	86	5	97	21	14	15	48	1.80
35977677--35977852	46	3.8	45	77	10	185	21	19	28	29	1.98
35977673--35977844	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
35982139--35982302	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
35982139--35982336	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
35988884--35989047	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
35988884--35989081	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
35990362--35990602	47	5.1	47	90	0	365	32	11	29	27	1.91
35990421--35990492	22	3.0	25	66	25	73	33	11	26	29	1.91
35990483--35990558	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
35990757--35990901	37	3.9	37	91	0	227	22	18	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35992170--35992334	40	4.1	40	91	1	242	27	21	26	24	1.99
35996261--35996540	47	6.0	47	90	0	425	32	11	28	27	1.91
35996332--35996408	22	3.4	22	69	22	68	29	11	28	29	1.92
35996702--35996846	37	3.9	37	91	0	227	23	18	32	25	1.97
36001592--36001683	40	2.4	39	83	7	116	35	36	11	15	1.84
36002877--36002930	27	2.0	26	85	3	72	22	20	18	38	1.93
36008075--36008210	73	1.9	67	85	8	182	19	27	20	31	1.97
36008178--36008237	27	2.3	26	88	2	84	23	23	18	35	1.96
36009012--36009130	17	6.9	17	74	8	98	18	42	24	14	1.87
36009012--36009130	51	2.3	51	84	7	143	18	42	24	14	1.87
36009020--36009130	34	3.3	34	86	9	147	19	44	22	13	1.86
36015608--36015671	32	2.0	33	84	9	87	29	21	20	28	1.98
36018911--36019026	29	4.0	28	83	3	124	26	16	28	28	1.97
36018924--36019035	58	1.9	58	85	3	154	26	16	28	27	1.97
36019132--36019171	18	2.2	18	95	0	71	20	7	45	27	1.78
36021559--36021654	40	2.5	38	80	9	113	37	35	11	15	1.84
36027821--36027922	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
36034035--36034204	46	3.7	46	77	16	188	21	21	28	28	1.99
36034032--36034202	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
36040045--36040229	40	4.6	40	81	3	228	25	23	27	23	2.00
36044869--36044943	29	2.6	29	80	2	87	21	33	17	28	1.96
36052829--36052906	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36059492--36059529	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
36064446--36064621	46	3.8	46	78	12	207	21	20	28	29	1.98
36064443--36064613	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
36069875--36070049	46	3.8	45	80	6	208	21	21	28	29	1.98
36072692--36072882	27	7.1	27	80	5	181	40	17	13	27	1.88
36072670--36072871	54	3.8	54	79	5	187	42	17	14	25	1.87
36072679--36072873	81	2.4	82	81	6	238	42	17	13	26	1.86
36074542--36074787	40	6.2	40	92	1	388	27	26	23	23	2.00
36076162--36076187	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
36077241--36077316	3	25.0	3	89	10	111	64	0	35	0	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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