genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  123  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37025308--37025401	48	2.0	48	87	4	136	23	21	21	34	1.97
37025273--37025401	27	5.0	27	75	13	128	24	20	20	34	1.96
37032746--37032844	28	3.5	28	82	9	121	29	24	16	30	1.96
37047879--37047916	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
37053017--37053184	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
37053017--37053184	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
37060805--37060972	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
37060805--37060972	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
37066810--37066847	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
37074346--37074409	27	2.3	27	94	2	110	28	23	12	35	1.91
37074541--37074652	27	4.2	26	79	7	116	16	24	22	36	1.94
37074544--37074650	54	2.0	54	85	3	144	17	24	20	37	1.94
37081162--37081332	93	1.8	93	94	2	308	28	29	21	21	1.98
37081154--37081329	46	3.8	46	80	14	218	29	28	20	21	1.98
37096573--37096883	39	8.0	39	95	0	523	23	29	25	21	1.99
37100047--37100102	24	2.3	25	75	9	62	1	26	1	69	1.08
37105234--37105360	54	2.4	54	86	4	168	24	22	19	33	1.97
37105231--37105371	27	5.2	27	85	0	147	25	20	19	34	1.96
37105416--37105833	27	15.5	27	77	5	274	32	7	21	38	1.81
37105420--37105833	81	5.1	81	76	4	363	32	7	21	38	1.82
37105878--37105969	27	3.4	27	83	0	112	40	7	22	29	1.82
37107439--37107472	17	1.9	18	94	5	61	88	0	8	2	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37108475--37108505	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
37108648--37108815	27	6.2	27	85	0	201	25	20	19	35	1.96
37108648--37108815	81	2.1	81	87	2	239	25	20	19	35	1.96
37108648--37108815	54	3.1	54	88	0	228	25	20	19	35	1.96
37108837--37108943	55	2.0	54	81	5	126	31	9	19	39	1.84
37108864--37108943	27	2.9	27	81	5	90	31	8	20	40	1.83
37108952--37109361	27	15.0	27	72	13	180	26	17	19	36	1.94
37109109--37109630	54	9.5	55	71	12	192	29	12	19	38	1.88
37108860--37109630	81	9.4	81	70	13	260	28	13	19	37	1.90
37108726--37109314	249	2.4	250	87	6	854	28	15	19	36	1.92
37108670--37109497	276	3.0	276	82	6	992	28	14	19	37	1.92
37109228--37109361	27	5.0	27	85	0	187	23	21	18	35	1.95
37109364--37109638	27	10.2	27	80	4	252	31	8	20	39	1.83
37109462--37109678	27	8.1	26	78	10	179	29	10	21	38	1.87
37109658--37109739	27	3.1	26	83	11	87	40	12	21	25	1.88
37109670--37109761	27	3.4	27	85	5	114	40	8	23	27	1.84
37113258--37113332	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
37115515--37115676	27	6.0	27	87	0	216	23	20	20	35	1.96
37115705--37115847	54	2.6	54	83	7	130	29	10	20	39	1.86
37115728--37115980	27	9.4	27	81	6	196	28	9	21	40	1.84
37115728--37116013	54	5.3	55	79	7	275	28	10	20	40	1.85
37115728--37116008	81	3.5	79	78	8	278	28	9	21	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37115777--37116020	27	9.1	26	78	9	233	27	10	22	39	1.86
37116000--37116079	27	3.0	26	83	8	90	41	7	21	30	1.80
37115775--37116022	107	2.3	107	83	6	306	28	10	22	39	1.86
37116012--37116095	27	3.1	27	89	0	114	41	7	21	29	1.79
37117553--37117582	8	3.8	8	95	0	51	90	0	6	3	0.56
37118756--37118836	27	3.0	27	85	0	108	24	22	18	34	1.96
37118888--37119087	27	7.4	25	73	14	132	29	9	21	40	1.84
37118888--37119087	54	3.7	53	76	7	179	29	9	21	40	1.84
37118888--37119129	81	3.0	79	80	9	231	28	10	21	38	1.87
37119018--37119127	27	4.1	26	73	13	89	28	13	22	35	1.92
37119119--37119237	27	4.4	27	86	0	148	42	8	19	30	1.81
37120793--37120880	44	2.0	44	86	4	124	22	20	27	29	1.99
37127288--37127430	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
37127289--37127470	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
37135284--37135427	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
37135285--37135467	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
37156485--37156602	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
37156453--37156616	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
37164540--37164690	39	3.9	39	92	2	241	23	22	31	21	1.98
37164540--37164690	77	1.9	79	90	2	243	23	22	31	21	1.98
37185196--37185380	60	2.9	60	81	9	174	36	16	3	43	1.66
37185196--37185344	60	2.4	61	84	4	185	39	16	4	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37186292--37186463	40	4.3	40	77	5	179	24	19	27	28	1.99
37186294--37186447	80	1.9	80	84	2	202	24	18	27	29	1.98
37186691--37186732	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
37193091--37193262	40	4.3	40	85	5	233	23	22	27	26	1.99
37193489--37193530	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
37193819--37193855	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
37202507--37202592	43	2.0	43	97	0	163	23	22	20	33	1.97
37205137--37205339	40	5.1	40	90	2	257	23	24	27	24	2.00
37210711--37210760	25	2.0	25	84	4	64	40	12	10	38	1.76
37216016--37216067	22	2.4	22	83	6	70	23	28	32	15	1.95
37217134--37217186	25	2.1	26	96	3	99	66	7	11	15	1.44
37219502--37219571	6	11.7	6	81	4	79	75	0	5	18	0.99
37219528--37219576	12	4.1	12	94	0	80	79	0	6	14	0.91
37223975--37224118	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.99
37226493--37226572	30	2.7	30	78	7	90	55	15	18	11	1.69
37226493--37226563	15	4.7	15	81	6	81	56	12	19	11	1.66
37226495--37226572	15	5.2	15	78	9	70	55	15	17	11	1.69
37238584--37238647	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
37238841--37239054	24	9.0	24	90	3	308	27	21	22	28	1.99
37239113--37239169	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
37239109--37239171	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
37239208--37239255	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37240492--37240833	27	12.7	27	81	7	291	39	8	23	28	1.84
37240492--37240833	54	6.3	54	80	7	327	39	8	23	28	1.84
37240494--37240833	81	4.2	82	83	6	383	39	8	23	28	1.84
37242309--37242480	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
37242301--37242476	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
37244861--37244949	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37244861--37244940	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
37244872--37244949	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37247889--37248060	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
37247881--37248056	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
37248596--37248635	20	2.0	20	95	4	73	35	27	10	27	1.89
37252034--37252097	31	2.1	31	87	0	92	25	23	17	34	1.96
37252311--37252476	23	7.1	23	86	10	221	26	21	23	28	1.99
37252290--37252477	24	8.0	24	87	6	251	26	22	23	28	1.99
37252534--37252590	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
37252531--37252592	20	3.1	20	95	0	115	32	19	12	35	1.90
37252629--37252674	24	1.9	24	81	0	56	26	15	26	32	1.95
37255391--37255487	29	3.4	29	81	7	117	28	27	15	27	1.96
37259121--37259293	46	3.8	46	78	15	196	28	30	20	20	1.98
37259128--37259297	92	1.8	92	93	2	297	28	30	21	20	1.98
37271736--37271959	40	5.6	40	84	4	281	26	28	21	23	1.99
37271736--37271959	83	2.8	80	84	3	272	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37276080--37276111	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
37279087--37279259	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
37279084--37279254	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
37282206--37282249	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
37284651--37284821	46	3.7	46	73	13	161	23	19	26	30	1.98
37284647--37284816	93	1.8	92	91	1	277	22	19	27	30	1.98
37290685--37290748	33	2.0	32	84	3	83	35	18	21	23	1.95
37298193--37298244	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
37298666--37298718	25	2.1	26	89	3	81	24	15	30	30	1.95
37301773--37302004	40	5.8	40	80	7	193	24	26	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410