genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  57  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15217513--15217562	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
15217782--15217839	3	19.0	3	96	3	107	32	0	0	67	0.91
15220935--15220971	15	2.5	15	90	0	56	21	0	13	64	1.27
15220950--15220995	9	5.1	9	83	0	56	8	0	23	67	1.18
15220961--15221000	9	4.4	9	90	0	53	10	0	22	67	1.20
15222255--15222428	46	3.8	46	77	10	192	21	21	28	28	1.99
15222249--15222421	93	1.9	93	91	0	283	21	21	28	27	1.99
15237254--15237424	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
15245274--15245444	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
15251117--15251196	22	3.6	22	78	9	90	36	20	18	25	1.95
15259244--15259312	36	1.9	36	100	0	138	26	28	18	26	1.98
15262502--15262562	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
15262716--15262741	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
15262836--15263055	41	5.4	41	85	0	289	35	26	20	17	1.95
15263199--15263238	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
15264101--15264132	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
15264119--15264164	10	4.3	10	79	15	56	56	0	0	43	0.99
15265724--15265769	18	2.6	18	77	22	60	23	8	23	43	1.82
15267447--15267519	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
15268688--15268745	26	2.3	26	82	8	66	6	15	1	75	1.09
15275341--15275413	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
15276582--15276637	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15277793--15277838	23	2.0	23	91	4	76	21	17	10	50	1.77
15283120--15283275	28	5.5	30	80	10	166	31	14	26	28	1.94
15283149--15283275	28	4.5	28	88	9	188	32	14	25	27	1.94
15283120--15283276	84	1.9	84	87	2	235	31	14	26	28	1.94
15283445--15283479	17	2.2	15	90	10	52	31	0	34	34	1.58
15289584--15289743	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
15289584--15289743	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
15294380--15294577	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
15294446--15294563	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
15294414--15294577	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
15304256--15304318	23	2.7	24	90	5	101	36	1	38	23	1.65
15305669--15305746	27	2.9	27	86	3	95	17	23	23	35	1.95
15316432--15316496	27	2.4	27	89	0	94	27	15	16	40	1.89
15316475--15316948	27	17.7	27	83	6	471	31	7	20	40	1.80
15316473--15316948	161	3.0	158	82	5	544	31	7	20	40	1.81
15316449--15316948	188	2.7	187	85	3	646	31	8	20	40	1.81
15325005--15325039	17	2.1	17	100	0	70	51	11	11	25	1.71
15328548--15328649	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
15336405--15336506	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
15340905--15341020	43	2.6	45	76	14	132	25	22	18	34	1.96
15340953--15341079	68	1.9	68	83	6	168	26	25	16	30	1.97
15343696--15343740	22	2.1	21	83	4	54	26	2	17	53	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15347769--15347909	40	3.5	40	90	2	205	24	25	24	25	2.00
15352479--15352545	34	2.0	33	88	5	100	41	10	1	46	1.47
15353492--15353555	29	2.2	29	94	0	110	21	35	26	15	1.94
15353774--15354310	292	1.8	292	97	0	1011	38	24	6	30	1.81
15354851--15355060	48	4.7	44	73	14	151	29	25	18	27	1.98
15354928--15355060	48	2.8	48	87	0	185	30	25	18	25	1.98
15363587--15363770	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
15363627--15363815	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
15371688--15371871	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
15371728--15371916	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
15374873--15374903	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
15377256--15377280	10	2.5	10	100	0	50	48	20	32	0	1.50
15377275--15377394	50	2.5	49	83	5	147	38	14	21	25	1.91
15386223--15386385	71	2.3	70	98	1	317	19	27	17	35	1.94
15394477--15394502	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15401649--15401710	33	1.9	32	83	3	79	20	20	20	37	1.95
15403191--15403316	46	2.7	46	92	2	200	28	27	22	21	1.99
15403738--15403798	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
15412940--15413031	42	2.2	43	80	5	107	30	19	22	27	1.98
15422118--15422243	63	2.0	63	98	0	243	28	23	15	32	1.95
15427316--15427413	24	4.0	24	91	1	160	32	4	42	20	1.71
15435147--15435244	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15435146--15435255	24	4.6	23	90	3	148	36	5	38	20	1.75
15435363--15435402	21	1.9	21	85	10	55	7	27	0	65	1.20
15438061--15438231	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
15438053--15438233	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
15440245--15440403	43	3.7	42	72	10	126	31	25	18	23	1.98
15448207--15448359	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
15456061--15456213	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
15468982--15469136	43	3.6	43	78	12	158	25	17	25	30	1.97
15469855--15469897	11	4.1	10	85	11	59	18	2	27	51	1.59
15470323--15470461	42	3.3	42	85	0	179	21	25	28	24	1.99
15477955--15477985	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15477952--15477991	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
15478177--15478431	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
15478224--15478421	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
15483650--15483680	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15483647--15483686	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
15483871--15484124	55	4.8	54	80	8	256	21	25	17	35	1.95
15483917--15484114	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
15491198--15491228	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15491195--15491234	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
15491420--15491672	54	4.8	53	80	9	218	21	25	17	34	1.96
15491467--15491662	107	1.8	108	86	5	290	23	26	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15495637--15495745	43	2.6	42	81	11	123	26	17	22	33	1.96
15496467--15496509	11	4.1	10	85	11	59	18	2	27	51	1.59
15498968--15499358	196	2.0	196	88	1	577	25	23	15	35	1.94
15503230--15503347	52	2.4	51	80	11	129	42	5	1	50	1.37
15503308--15503376	35	2.0	35	91	5	113	44	7	0	47	1.30
15503342--15503512	94	1.8	94	96	0	315	36	11	4	46	1.61
15508723--15508770	24	2.0	24	100	0	96	37	12	4	45	1.61
15516373--15516548	46	3.8	46	78	15	191	22	20	28	28	1.98
15516369--15516540	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
15523104--15523153	25	2.0	25	100	0	100	44	4	16	36	1.66
15523175--15523214	17	2.4	17	86	0	53	37	5	2	55	1.35
15523568--15523662	34	2.8	34	91	1	147	25	22	24	28	1.99
15524054--15524166	54	2.1	54	83	3	138	20	15	22	41	1.90
15524070--15524167	27	3.6	27	77	2	99	19	17	23	39	1.92
15524161--15524396	27	8.7	27	86	0	319	36	13	16	34	1.88
15526814--15526870	30	1.9	30	88	0	87	33	10	24	31	1.89
15527305--15527460	81	1.9	82	84	6	210	28	21	27	23	1.99
15529205--15529429	63	3.6	63	81	3	231	19	25	26	28	1.99
15530089--15530140	22	2.3	23	86	3	70	73	0	19	7	1.07
15530133--15530212	40	2.0	40	95	0	142	53	3	16	26	1.59
15536530--15536599	36	1.9	36	94	0	122	22	22	34	20	1.97
15536620--15536669	26	1.9	26	87	0	73	18	20	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15536671--15536717	20	2.3	20	88	0	76	10	19	29	40	1.85
15536671--15536727	20	2.8	20	83	0	51	12	21	29	36	1.90
15536753--15536801	26	1.9	26	91	4	82	14	20	26	38	1.91
15539844--15539943	23	4.2	23	69	14	69	67	5	2	26	1.22
15539869--15539955	40	2.1	42	79	12	101	62	5	3	28	1.35
15551188--15551281	6	15.3	6	75	16	86	47	14	18	19	1.82
15551197--15551281	37	2.3	37	89	0	134	48	14	18	18	1.81
15551419--15551476	27	2.1	28	87	9	84	34	24	20	20	1.97
15552059--15552282	27	8.3	27	83	0	250	25	16	18	38	1.92
15552059--15552289	54	4.3	54	87	0	309	26	16	18	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410