genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  235  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72604419--72604659	38	6.3	38	87	5	308	30	25	21	21	1.99
72608645--72608757	48	2.3	48	83	7	131	19	30	21	28	1.97
72610060--72610186	45	2.8	45	89	2	175	27	30	22	18	1.98
72610188--72610574	38	10.1	38	89	1	526	29	24	22	23	1.99
72616074--72616497	48	8.8	48	82	2	422	28	26	16	28	1.97
72616073--72616498	144	3.0	143	85	2	566	28	26	16	28	1.97
72616026--72616498	96	4.9	96	80	1	455	27	26	16	28	1.97
72618031--72618238	40	5.2	40	80	4	224	25	26	22	25	2.00
72618031--72618238	80	2.6	78	86	6	292	25	26	22	25	2.00
72623831--72623887	25	2.3	25	85	11	73	29	14	26	29	1.95
72625480--72625540	20	3.3	21	64	31	57	50	3	1	44	1.28
72633440--72633678	49	4.8	50	79	8	281	29	27	17	25	1.98
72633441--72633683	100	2.4	99	85	4	310	29	27	18	25	1.98
72638962--72639094	49	2.7	49	92	2	223	31	27	16	24	1.96
72639007--72639088	26	3.3	26	63	22	66	32	26	15	24	1.95
72640346--72640421	39	1.9	39	100	0	152	48	5	18	27	1.69
72640478--72640511	6	5.7	6	89	0	50	61	0	20	17	1.34
72643033--72643079	23	1.9	26	83	12	64	40	27	4	27	1.75
72643073--72643118	23	2.0	22	91	4	74	56	26	4	13	1.55
72645651--72645858	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72645651--72645856	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72649442--72649636	47	4.1	49	88	5	283	28	30	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72649457--72649636	96	1.9	96	92	0	306	28	29	8	33	1.87
72654213--72654383	93	1.8	93	96	2	317	29	28	19	21	1.98
72654205--72654380	46	3.8	46	80	14	227	30	28	19	21	1.97
72658291--72658390	29	3.4	29	90	0	146	27	31	14	28	1.95
72658291--72658407	29	4.0	29	90	0	144	27	30	14	27	1.95
72664487--72664541	25	2.2	25	83	0	65	32	27	3	36	1.74
72667444--72667631	55	3.5	53	74	5	153	19	22	19	37	1.94
72677146--72677363	40	5.5	40	88	2	298	25	27	23	23	2.00
72679242--72679287	23	2.0	22	87	4	65	58	26	0	15	1.37
72679997--72680118	42	2.8	42	85	6	147	32	21	17	28	1.96
72684784--72684817	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
72687552--72687603	20	2.6	20	82	14	63	76	3	1	17	1.02
72687554--72687603	6	7.7	6	85	14	64	78	4	2	16	1.00
72687552--72687603	26	2.0	27	88	3	79	76	3	1	17	1.02
72717087--72717156	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
72717164--72717270	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
72724092--72724161	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
72724169--72724275	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
72726597--72726777	48	3.8	48	79	4	204	34	27	18	18	1.95
72729956--72730012	26	2.2	26	90	6	89	45	22	17	14	1.84
72731447--72731595	40	3.7	40	90	3	237	24	27	22	24	2.00
72735668--72735840	45	3.8	46	80	13	196	21	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72735672--72735845	46	3.8	45	80	12	210	21	21	28	28	1.99
72738789--72738857	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
72738780--72738867	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
72741248--72741382	46	2.9	48	78	11	163	22	20	27	29	1.98
72742872--72742974	29	3.6	27	79	7	98	20	16	33	29	1.94
72750843--72751030	40	4.7	40	92	3	308	23	27	23	25	2.00
72754508--72754715	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
72754510--72754715	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
72762472--72762679	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
72762474--72762679	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
72766397--72766460	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
72770113--72770328	39	5.5	40	90	3	289	24	27	23	25	2.00
72770139--72770332	40	4.9	40	89	4	286	25	27	21	25	1.99
72770139--72770332	79	2.5	79	88	3	284	25	27	21	25	1.99
72783084--72783201	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72783052--72783215	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72789708--72789873	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
72789708--72789857	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
72796838--72796886	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72797708--72797874	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
72807310--72807412	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
72814882--72814984	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72818331--72818363	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
72819205--72819244	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
72824261--72824301	21	2.0	20	85	4	55	41	0	0	58	0.98
72824249--72824292	17	2.6	18	82	10	58	40	0	0	59	0.98
72824315--72824356	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
72824319--72824355	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
72825604--72825632	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
72831599--72831650	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
72834056--72834134	38	2.1	38	97	0	149	29	17	25	27	1.98
72835425--72835574	43	3.5	43	77	8	153	30	24	16	28	1.96
72842610--72842687	29	2.7	29	81	0	93	21	32	17	28	1.96
72845900--72845981	25	3.2	26	64	25	66	25	15	28	30	1.96
72845900--72846080	50	3.6	50	83	3	186	24	15	28	32	1.95
72845987--72846125	50	2.8	50	82	7	167	25	15	28	30	1.96
72847962--72848007	18	2.6	18	85	0	65	13	17	45	23	1.83
72849002--72849033	5	6.4	5	100	0	64	21	0	0	78	0.76
72856110--72856207	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
72872239--72872411	43	4.1	41	77	5	148	28	15	25	31	1.95
72875030--72875275	40	6.2	40	87	3	307	27	23	26	22	2.00
72883091--72883336	40	6.2	40	89	1	314	27	23	26	22	2.00
72889175--72889242	35	1.9	35	100	0	136	26	25	17	30	1.97
72899028--72899070	19	2.2	20	91	4	70	46	2	4	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72901276--72901430	42	3.7	42	86	5	197	29	26	18	26	1.98
72903310--72903422	39	2.9	39	80	5	138	32	3	15	47	1.63
72903516--72903547	14	2.3	14	100	0	64	28	6	31	34	1.82
72916887--72916986	51	2.0	51	84	7	132	34	30	15	21	1.93
72920714--72920740	12	2.2	12	100	0	54	33	44	14	7	1.73
72922474--72922520	19	2.6	18	77	16	53	14	23	2	59	1.46
72927802--72928015	28	7.5	28	73	7	171	30	28	17	23	1.97
72927802--72927987	29	6.5	29	76	9	159	31	29	16	23	1.96
72927802--72928017	57	3.8	57	91	0	324	30	28	17	23	1.97
72928027--72928261	40	5.9	40	93	1	393	26	27	22	23	1.99
72933192--72933246	22	2.7	20	77	8	65	34	5	16	43	1.71
72942978--72943324	49	7.1	49	98	0	658	34	11	26	27	1.91
72943393--72943479	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
72946013--72946095	43	1.9	43	83	9	107	30	30	16	22	1.96
72950534--72950588	27	2.0	27	96	0	101	29	7	30	32	1.84
72957199--72957352	43	3.6	43	77	6	159	33	21	18	27	1.96
72961728--72961866	44	3.2	42	79	12	122	35	25	15	23	1.94
72963808--72963837	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72966541--72966738	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
72966607--72966724	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72966575--72966738	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72969027--72969068	12	3.4	12	78	15	50	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72969027--72969076	24	2.1	24	88	7	75	64	0	2	34	1.05
72970361--72970425	31	2.1	31	88	5	96	46	7	9	36	1.65
72975372--72975470	49	2.0	49	94	0	171	29	19	18	33	1.95
72978175--72978277	29	3.6	27	79	7	98	20	16	33	29	1.94
72985964--72986066	29	3.6	27	76	7	89	20	15	33	30	1.94
72994933--72995150	40	5.5	40	91	2	334	23	22	28	25	1.99
73003172--73003388	40	5.5	40	91	3	325	23	23	28	24	2.00
73005457--73005559	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
73005696--73005943	48	5.1	48	93	1	379	29	27	6	35	1.82
73009700--73009769	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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