genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  224  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68785131--68785530	94	4.3	94	91	0	656	26	30	12	31	1.92
68789317--68789433	25	4.7	25	84	4	130	29	22	23	25	1.99
68792753--68792791	14	3.0	13	82	10	53	17	10	10	61	1.55
68799488--68799778	39	7.5	39	90	5	432	19	21	28	29	1.98
68799488--68799778	77	3.8	78	88	6	432	19	21	28	29	1.98
68804603--68804629	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
68805658--68805900	38	6.3	38	90	3	364	18	22	30	29	1.97
68807324--68807466	40	3.6	40	92	3	218	24	22	27	25	2.00
68815020--68815161	40	3.6	40	92	2	216	25	22	27	24	2.00
68817758--68817794	18	2.1	19	90	10	60	35	27	8	29	1.85
68821606--68821660	18	3.1	18	100	0	110	60	5	10	23	1.51
68824826--68824865	21	1.9	21	90	10	64	30	7	22	40	1.81
68826626--68826720	40	2.4	41	82	7	106	28	31	15	24	1.96
68834841--68835011	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.98
68834836--68835008	46	3.7	46	80	13	219	29	27	20	21	1.98
68838156--68838225	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
68838156--68838237	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
68842316--68842350	15	2.3	15	100	0	70	31	0	14	54	1.40
68843996--68844020	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
68851604--68851758	27	5.7	27	83	8	163	26	22	9	41	1.85
68851604--68851774	54	3.2	54	86	5	229	27	23	9	39	1.85
68851604--68851758	81	1.9	81	86	2	222	26	22	9	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68851737--68851935	27	7.3	27	75	10	138	40	20	8	31	1.82
68851599--68851774	81	2.2	81	80	2	210	28	22	9	39	1.86
68851953--68852030	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
68852842--68852902	25	2.4	25	89	5	88	29	24	21	24	1.99
68853059--68853150	42	2.2	42	88	0	130	28	13	21	36	1.91
68853174--68853252	31	2.5	31	100	0	158	27	18	26	26	1.98
68856246--68856417	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
68856270--68856453	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
68859245--68859314	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
68859245--68859326	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
68867144--68867213	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
68867144--68867225	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
68871871--68871972	30	3.4	30	80	2	107	24	34	22	18	1.96
68873086--68873129	20	2.2	21	80	12	56	18	15	6	59	1.58
68875655--68875724	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
68883590--68883659	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
68888895--68889144	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
68893677--68893808	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
68895760--68895843	42	2.0	42	95	0	150	28	30	3	36	1.74
68900798--68900945	70	2.1	70	93	0	251	35	12	16	35	1.87
68901321--68901470	44	3.5	44	77	13	159	22	20	25	32	1.98
68904167--68904229	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68913899--68913942	14	2.9	15	80	13	54	31	6	22	38	1.81
68923054--68923243	29	6.6	29	90	1	265	25	15	32	26	1.96
68934534--68934691	70	2.3	69	85	5	203	34	10	17	37	1.85
68939651--68939677	13	2.1	13	100	0	54	51	29	0	18	1.46
68940390--68940484	47	2.0	47	93	0	163	30	16	16	35	1.92
68946615--68946644	16	1.9	16	93	6	53	40	23	0	36	1.55
68946854--68947084	49	4.6	50	70	8	150	33	24	14	26	1.94
68946849--68947031	100	1.8	100	86	2	269	32	24	15	27	1.96
68949774--68950034	40	6.6	40	91	1	400	22	20	30	26	1.98
68953347--68953377	15	2.1	15	100	0	62	74	12	6	6	1.21
68963088--68963217	23	5.7	23	79	3	127	30	25	17	26	1.97
68963120--68963217	46	2.1	46	90	3	153	29	25	19	25	1.98
68963687--68963748	29	2.1	29	82	5	72	38	24	4	32	1.76
68966290--68966476	101	1.9	100	88	1	284	28	25	20	25	1.99
68966283--68966524	50	4.8	50	72	4	164	31	26	16	25	1.96
68979731--68979790	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
68987188--68987245	27	2.2	26	81	3	62	36	20	22	20	1.95
68987215--68987356	67	2.1	67	85	5	185	31	22	27	18	1.97
68990027--68990125	28	3.5	29	82	6	114	30	26	15	28	1.96
68995794--68995848	20	2.8	20	84	10	71	34	9	18	38	1.82
68995898--68996010	52	2.2	51	96	1	208	27	21	24	26	1.99
68995898--68996010	26	4.4	26	90	1	174	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68998995--68999128	37	3.6	37	94	0	241	23	32	17	25	1.97
68999162--68999935	48	16.0	48	92	1	1197	31	27	6	34	1.82
69009422--69009524	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
69017456--69017558	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
69019231--69019285	20	2.8	20	84	10	71	34	9	18	38	1.82
69019335--69019447	52	2.2	51	96	1	208	27	21	24	26	1.99
69019335--69019447	26	4.4	26	90	1	174	27	21	24	26	1.99
69020427--69020536	42	2.6	42	73	12	109	33	19	18	29	1.95
69027916--69027971	29	2.0	28	92	3	94	25	21	21	32	1.98
69029050--69029084	17	2.1	17	94	0	61	17	28	40	14	1.88
69032687--69032742	29	2.0	28	89	3	85	19	16	28	35	1.93
69035827--69035934	24	4.5	24	81	2	92	25	30	16	26	1.97
69045261--69045529	40	6.7	40	89	1	405	24	22	27	25	2.00
69053265--69053539	119	2.3	120	91	0	444	25	22	27	24	2.00
69053265--69053532	40	6.7	40	90	2	423	25	22	27	25	2.00
69060046--69060152	35	2.8	38	89	10	175	33	11	25	29	1.90
69060107--69060459	49	7.4	49	88	7	541	34	8	26	30	1.86
69060107--69060459	100	3.7	97	88	8	555	34	8	26	30	1.86
69060298--69060423	39	3.0	39	80	18	162	33	6	27	32	1.82
69060332--69060459	48	2.7	48	91	4	215	32	8	27	31	1.87
69060246--69060423	87	2.0	90	93	3	308	33	7	26	32	1.84
69060528--69060614	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69062485--69062756	40	6.8	40	94	0	454	27	20	25	26	1.99
69063499--69063601	41	2.5	41	80	10	113	27	24	25	23	2.00
69063539--69063622	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
69066403--69066707	49	6.4	49	88	8	477	34	7	26	31	1.84
69066414--69066727	88	3.3	99	85	10	470	33	8	27	30	1.86
69066544--69066621	39	2.0	39	100	0	156	33	5	28	33	1.79
69066775--69066861	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
69071783--69072046	119	2.2	121	87	3	383	25	22	27	24	2.00
69071783--69072050	40	6.7	40	87	2	387	25	22	27	25	2.00
69071783--69072083	119	2.5	118	81	5	363	25	21	26	25	2.00
69079133--69079166	9	3.8	9	96	0	59	50	0	26	23	1.50
69088171--69088355	40	4.7	40	82	7	209	24	21	27	26	1.99
69088224--69088378	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	26	1.99
69098288--69099538	627	2.0	626	90	2	1956	30	13	23	33	1.92
69111115--69111301	40	4.7	39	78	4	167	27	22	25	24	2.00
69111117--69111270	80	1.9	79	89	2	229	27	22	26	24	1.99
69111117--69111302	80	2.3	79	82	9	225	26	22	25	24	2.00
69111115--69111333	120	1.8	120	80	3	262	26	22	25	25	2.00
69114777--69114833	20	2.8	20	86	2	78	28	19	40	12	1.87
69114882--69114939	26	2.2	26	87	0	89	20	27	32	18	1.97
69117069--69117108	17	2.4	17	82	0	53	20	2	2	75	1.04
69119536--69119592	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69129503--69129685	40	4.6	40	88	4	273	25	22	27	24	2.00
69129503--69129685	79	2.3	79	89	5	273	25	22	27	24	2.00
69134262--69134340	25	3.2	25	80	3	79	24	22	18	34	1.97
69134299--69134356	25	2.3	25	85	5	82	29	22	18	29	1.98
69140402--69140511	31	3.5	31	92	2	177	28	28	16	27	1.97
69140710--69140777	23	2.8	24	84	13	86	26	23	25	25	2.00
69140710--69140777	25	2.8	25	84	13	88	26	23	25	25	2.00
69141587--69141648	27	2.3	27	80	5	72	20	22	19	37	1.95
69141705--69141790	27	3.1	27	73	17	77	36	8	15	40	1.77
69141793--69141951	54	2.9	54	84	3	196	28	8	20	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410