genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15552069--15552289	81	2.7	81	85	0	289	27	16	17	38	1.91
15552274--15552614	27	12.6	27	82	5	298	29	8	22	38	1.84
15552328--15552614	27	10.6	27	86	1	310	29	9	22	39	1.85
15556475--15556658	40	4.6	40	93	1	298	27	26	21	25	2.00
15556402--15556658	80	3.2	80	84	3	304	26	25	21	25	2.00
15564648--15564902	40	6.4	40	85	4	302	27	26	20	25	1.99
15564657--15564889	118	2.0	117	83	2	297	27	26	19	25	1.99
15571650--15571788	39	3.6	38	81	3	152	24	26	23	25	2.00
15571650--15571840	40	4.8	40	79	5	183	24	26	23	25	2.00
15571687--15571836	79	1.9	80	83	6	198	24	26	22	27	1.99
15576019--15576083	28	2.3	28	89	0	103	24	13	21	40	1.90
15577450--15577534	28	3.1	28	81	3	102	29	12	24	32	1.93
15580778--15581138	27	13.4	27	87	1	481	34	19	21	23	1.96
15582988--15583147	42	3.8	42	79	0	185	28	16	24	30	1.97
15582995--15583151	85	1.9	84	84	1	215	29	17	24	28	1.97
15588383--15588608	90	2.4	92	79	15	234	25	28	17	29	1.97
15588383--15588656	94	3.0	92	75	11	256	25	27	17	29	1.98
15591092--15591116	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
15593381--15593620	130	1.8	130	81	2	293	30	20	16	32	1.94
15593427--15593712	130	2.2	129	80	5	310	26	18	19	34	1.95
15599680--15599730	21	2.4	21	90	6	77	37	9	19	33	1.85
15603498--15603557	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15603600--15603651	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
15608824--15608849	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15609584--15609729	27	5.4	27	86	0	193	25	21	18	34	1.96
15609584--15609729	54	2.7	54	88	0	220	25	21	18	34	1.96
15615370--15615420	21	2.4	21	93	0	84	37	9	19	33	1.85
15619175--15619246	34	2.1	34	87	2	101	31	22	18	27	1.97
15623325--15623393	34	2.1	33	88	2	102	28	24	18	27	1.98
15627204--15627232	5	5.8	5	100	0	58	20	79	0	0	0.74
15629225--15629411	49	3.8	49	79	10	204	29	19	26	24	1.99
15636964--15637199	27	8.6	27	80	4	139	41	18	13	27	1.87
15636953--15637199	54	4.5	54	75	7	201	40	18	14	26	1.89
15636985--15637210	54	4.1	54	75	12	208	39	18	15	26	1.90
15641859--15642015	42	3.7	42	72	6	127	29	18	22	29	1.97
15648290--15648484	20	9.8	20	83	2	214	39	25	20	15	1.91
15648504--15648529	9	2.9	9	100	0	52	23	42	23	11	1.86
15660155--15660210	25	2.3	25	84	3	69	30	5	5	58	1.42
15665888--15666053	56	3.0	56	80	8	205	32	25	14	27	1.95
15676975--15677418	222	2.0	222	95	0	807	25	35	20	19	1.96
15682537--15682651	29	4.0	29	80	2	126	26	14	28	29	1.95
15687067--15687144	29	2.7	29	80	5	79	26	14	28	30	1.95
15687557--15688078	262	2.0	255	91	2	846	25	14	30	28	1.95
15688485--15688518	18	1.9	18	88	5	52	38	11	14	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15691413--15691477	34	1.9	33	84	9	87	20	24	26	29	1.99
15696780--15696954	46	3.8	46	77	10	203	22	20	27	29	1.98
15696776--15696947	93	1.8	93	93	0	299	22	20	28	28	1.99
15699868--15699924	30	1.9	29	89	3	87	10	15	17	56	1.67
15702647--15702911	92	2.9	93	84	1	361	22	20	26	30	1.98
15702700--15702863	47	3.5	47	64	6	127	23	17	26	32	1.96
15704882--15705033	40	3.8	40	80	5	155	23	22	28	25	1.99
15712842--15712994	40	3.8	40	81	4	164	23	22	28	25	2.00
15720943--15721020	24	3.2	24	90	3	113	34	3	41	20	1.71
15722450--15722555	54	2.0	53	88	1	158	19	22	19	37	1.94
15722459--15722559	27	3.8	26	81	6	112	19	23	18	37	1.94
15725464--15725624	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
15725406--15725624	87	2.5	87	82	2	244	26	33	15	25	1.95
15727917--15727967	5	9.6	5	79	12	57	70	0	25	3	1.04
15727917--15727974	10	5.5	11	82	10	68	72	0	24	3	1.00
15728787--15728878	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
15729032--15729093	25	2.5	25	86	5	81	24	25	29	20	1.99
15729772--15729829	29	2.0	29	100	0	116	31	13	24	31	1.94
15730050--15730135	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
15730113--15730294	27	6.8	27	78	8	176	28	9	20	41	1.83
15730001--15730294	53	5.5	53	74	10	193	30	10	19	40	1.85
15730114--15730261	80	1.9	79	89	1	233	28	7	20	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15730293--15730490	81	2.4	81	87	1	263	39	8	22	28	1.84
15730293--15730478	27	6.9	27	85	2	230	39	8	22	30	1.83
15730336--15730510	81	2.2	81	86	0	242	39	9	21	30	1.84
15733636--15733723	40	2.2	40	90	8	135	27	28	21	22	1.99
15740745--15740832	40	2.2	40	91	4	142	26	28	22	22	1.99
15741851--15741891	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
15749040--15749636	89	6.7	89	74	7	271	31	17	21	29	1.96
15749040--15749654	44	13.7	44	76	7	450	31	17	22	29	1.96
15748862--15749654	133	5.9	132	75	8	500	31	17	21	29	1.96
15748859--15749654	229	3.5	226	81	4	840	31	17	21	29	1.96
15749417--15749697	133	2.1	133	78	7	293	30	17	23	28	1.97
15749867--15749929	27	2.4	26	72	15	67	66	15	11	6	1.42
15750239--15750276	13	3.1	13	81	11	53	2	21	0	76	0.91
15750704--15750746	22	2.0	22	85	0	59	13	6	13	65	1.46
15751059--15751097	16	2.5	16	84	15	55	17	2	2	76	1.01
15751059--15751102	16	2.8	15	81	18	54	18	2	2	77	0.98
15751180--15751228	3	16.7	3	79	12	57	28	4	2	65	1.22
15751181--15751227	23	2.0	23	84	8	60	29	4	2	63	1.25
15754559--15754668	51	2.2	51	89	0	175	31	22	13	31	1.93
15754649--15754688	20	2.0	20	100	0	80	25	35	15	25	1.94
15754602--15754739	71	1.9	71	94	0	240	28	24	15	31	1.95
15754784--15754883	24	4.0	24	80	10	119	25	20	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15754772--15754890	52	2.3	52	86	0	184	26	21	13	37	1.91
15776063--15776163	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
15776063--15776245	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
15784170--15784353	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
15785799--15785982	40	4.6	40	84	2	226	26	20	26	27	1.99
15789564--15789598	17	2.1	17	100	0	70	25	17	5	51	1.67
15806189--15806334	51	2.9	51	87	6	208	27	24	14	33	1.94
15806358--15806475	52	2.3	53	91	4	195	25	22	14	37	1.92
15806358--15806473	24	4.4	27	78	15	136	25	23	14	37	1.93
15809655--15809687	7	4.9	7	92	7	59	87	0	0	12	0.53
15810563--15810686	59	2.1	59	96	1	232	38	20	6	34	1.78
15811772--15811972	23	8.7	23	78	5	201	30	24	20	23	1.98
15811782--15811959	46	3.9	46	87	2	234	30	25	19	24	1.98
15811782--15811972	69	2.8	69	83	6	226	30	25	20	23	1.99
15817000--15817162	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
15817000--15817193	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
15823931--15824093	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
15823931--15824124	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
15830452--15830635	40	4.7	40	86	6	234	25	21	27	26	2.00
15830454--15830668	118	1.8	118	80	7	258	26	21	26	25	1.99
15838548--15838733	40	4.7	40	89	5	245	25	21	26	26	1.99
15838548--15838766	80	2.8	80	81	11	254	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15844642--15844676	17	2.1	17	100	0	70	37	17	11	34	1.85
15855237--15855262	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
15869524--15869733	94	2.2	93	82	4	251	19	23	21	35	1.96
15869713--15869797	22	3.9	22	82	0	98	18	32	21	27	1.97
15872980--15873181	95	2.1	95	90	1	316	19	19	21	39	1.93
15875097--15875130	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15876311--15876349	14	2.8	14	92	7	62	38	7	20	33	1.81
15876941--15876984	22	2.0	22	81	0	52	47	4	0	47	1.22
15882834--15882908	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
15882892--15882965	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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