genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62042641--62042691	17	2.9	17	82	2	57	15	5	1	76	1.07
62044727--62044785	30	2.0	30	93	0	100	33	16	22	27	1.95
62044807--62044938	46	2.9	46	77	17	141	28	19	29	22	1.98
62057834--62058281	111	4.1	111	94	1	785	34	9	14	41	1.78
62057834--62058281	219	2.0	220	93	1	781	34	9	14	41	1.78
62058669--62058706	16	2.4	16	86	8	51	65	0	0	34	0.93
62065076--62065176	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
62067246--62067626	96	3.9	97	87	2	489	30	18	26	24	1.98
62067247--62067624	48	7.7	50	80	7	418	30	18	26	24	1.98
62076243--62076299	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
62076722--62076897	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
62076719--62076890	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
62080591--62080873	48	5.9	47	72	9	205	27	18	27	26	1.98
62080591--62080875	96	2.9	96	84	2	365	27	18	28	25	1.98
62091835--62092004	93	1.8	93	92	0	286	20	20	29	29	1.98
62091839--62092010	46	3.7	46	76	16	183	20	20	28	29	1.98
62097463--62097608	24	6.2	24	94	3	251	28	20	21	29	1.98
62097463--62097609	71	2.1	71	96	0	267	27	20	22	29	1.98
62097463--62097608	47	3.1	48	93	3	251	28	20	21	29	1.98
62097721--62097768	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
62098887--62098920	18	1.9	17	94	5	59	64	8	17	8	1.47
62106293--62106323	14	2.2	14	94	0	53	70	25	0	3	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62121789--62121972	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62121829--62122017	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62125759--62125788	15	2.0	15	93	0	51	13	36	6	43	1.70
62132785--62133001	96	2.3	96	94	3	375	34	6	28	30	1.83
62132785--62133001	49	4.5	49	91	3	361	34	6	28	30	1.83
62134183--62134250	31	2.2	31	91	0	109	30	11	33	23	1.91
62134136--62134297	78	2.1	78	91	0	261	32	10	32	25	1.90
62134133--62134488	141	2.7	125	77	11	325	33	8	30	26	1.87
62134214--62134505	47	6.2	47	90	0	404	33	8	31	27	1.86
62138994--62139063	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
62147023--62147092	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
62148660--62148940	50	5.6	50	79	2	251	32	26	16	24	1.96
62148646--62148938	101	2.9	98	77	4	289	32	26	16	24	1.96
62153247--62153464	40	5.5	40	88	1	305	26	27	22	23	1.99
62153273--62153468	80	2.5	80	93	0	338	26	28	21	23	1.99
62158513--62158735	47	4.7	47	87	3	293	28	30	8	33	1.86
62158513--62158735	96	2.3	94	85	3	293	28	30	8	33	1.86
62162172--62162338	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
62170194--62170361	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
62175579--62175795	40	5.5	40	93	2	341	24	29	23	23	1.99
62177932--62178062	29	4.6	29	81	3	131	25	32	17	24	1.97
62182922--62183063	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62182961--62183089	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
62186222--62186296	15	5.0	15	79	6	80	10	16	14	58	1.62
62194632--62194783	40	3.8	40	94	2	254	23	23	28	24	1.99
62194594--62194783	80	2.4	79	86	6	253	22	24	28	23	1.99
62202647--62202877	40	5.8	40	87	2	304	24	22	29	23	1.99
62207914--62207974	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62211073--62211280	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
62211073--62211279	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
62213525--62213666	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
62213563--62213692	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
62224118--62224161	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
62224256--62224286	15	2.1	15	100	0	62	41	0	0	58	0.98
62224991--62225019	11	2.5	12	88	11	51	0	31	0	68	0.89
62227470--62227502	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
62229945--62230011	18	3.7	18	70	7	55	5	32	0	61	1.20
62229942--62230011	36	1.9	36	88	0	104	5	34	0	60	1.21
62230925--62230963	20	1.9	21	84	5	53	28	17	30	23	1.97
62236130--62236398	56	4.8	56	90	2	378	32	23	16	27	1.96
62236133--62236398	114	2.4	112	88	1	388	33	23	15	27	1.95
62238592--62238660	34	2.0	34	100	0	138	28	20	5	44	1.74
62239163--62239325	39	4.2	39	90	0	254	26	29	21	22	1.99
62239145--62239323	78	2.3	79	87	1	229	25	29	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62245931--62246118	39	4.8	40	87	2	156	27	30	21	20	1.98
62245930--62246118	78	2.4	78	85	3	231	27	30	21	20	1.98
62245964--62246126	39	4.2	39	91	0	254	27	30	22	20	1.98
62258472--62258538	35	1.9	35	96	0	125	31	29	0	38	1.58
62262358--62262618	49	5.5	48	77	11	233	26	18	29	25	1.98
62262358--62262618	96	2.8	94	82	11	263	26	18	29	25	1.98
62262310--62262618	49	6.6	47	74	16	216	28	18	28	24	1.98
62263770--62263808	21	1.9	20	89	5	60	12	33	30	23	1.92
62267151--62267210	30	2.0	30	83	0	75	40	10	20	30	1.85
62267536--62267811	48	5.7	47	77	9	254	30	22	27	20	1.98
62267539--62267761	96	2.3	96	86	4	299	30	21	26	21	1.98
62267536--62267809	144	1.9	144	82	4	347	30	21	27	20	1.98
62270102--62270343	40	6.2	40	92	4	377	23	20	27	28	1.99
62270102--62270343	76	3.1	79	90	5	366	23	20	27	28	1.99
62270096--62270328	116	2.0	117	93	0	396	23	19	27	30	1.98
62278114--62278319	40	5.2	40	95	0	342	22	21	27	28	1.99
62284878--62285195	48	6.6	47	77	7	291	28	19	28	23	1.98
62284876--62285195	96	3.3	96	80	6	326	28	19	29	23	1.98
62284878--62285195	144	2.2	144	82	5	367	28	19	28	23	1.98
62289954--62290171	40	5.5	40	94	1	350	22	23	28	24	1.99
62295378--62295544	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
62306106--62306323	29	7.6	29	91	1	294	27	15	31	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62308516--62308540	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
62309234--62309363	42	3.1	42	93	0	215	24	17	24	33	1.97
62319630--62319761	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
62324504--62324541	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
62326843--62327064	40	5.6	40	77	2	160	20	25	24	29	1.99
62326883--62327064	80	2.3	80	81	1	204	20	25	24	28	1.99
62342029--62342211	40	4.6	40	83	7	230	26	28	20	24	1.99
62342029--62342211	79	2.3	80	83	7	230	26	28	20	24	1.99
62346011--62346139	42	3.1	42	90	1	197	25	20	21	31	1.98
62347673--62347736	30	2.1	32	86	11	91	34	9	7	48	1.64
62347853--62347990	43	3.3	42	78	8	138	31	16	23	28	1.96
62347853--62347972	41	2.9	42	80	10	138	30	16	25	28	1.97
62350061--62350093	14	2.4	14	94	0	57	51	9	6	33	1.58
62355208--62355356	40	3.7	40	86	3	183	24	27	21	26	1.99
62358200--62358372	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
62358193--62358368	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
62361586--62361752	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
62369550--62369715	40	4.2	40	80	3	167	24	27	22	25	2.00
62377364--62377505	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
62377403--62377515	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
62379521--62379600	25	3.2	25	83	0	106	27	15	25	32	1.95
62379719--62379772	25	2.2	25	89	0	81	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62381085--62381148	27	2.4	26	71	7	65	28	23	18	29	1.98
62384224--62384250	14	1.9	14	100	0	54	51	18	7	22	1.70
62385776--62385836	26	2.3	26	85	0	77	36	26	18	19	1.94
62388733--62388978	49	4.9	50	79	4	264	29	25	17	27	1.97
62389625--62389684	30	2.0	30	87	6	86	28	25	8	38	1.84
62399793--62400159	48	7.6	47	83	8	366	27	17	27	27	1.97
62399793--62400114	98	3.3	97	83	6	402	27	17	27	27	1.98
62399793--62400162	196	1.9	194	82	6	471	27	17	27	27	1.97
62406412--62406549	6	22.8	6	80	15	160	49	14	17	18	1.80
62406412--62406574	61	2.7	60	90	2	238	49	14	17	19	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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