genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12564631--12564774	54	2.7	54	93	2	236	18	25	22	34	1.96
12564644--12564792	27	5.5	26	83	7	147	20	25	20	34	1.96
12567000--12567048	25	2.0	25	91	0	80	22	16	18	42	1.88
12567297--12567327	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
12572652--12572830	35	5.1	35	85	5	218	29	13	22	35	1.92
12577709--12577814	53	2.0	53	96	0	194	33	26	8	31	1.86
12577904--12578229	47	6.8	47	73	18	232	25	29	18	26	1.98
12585591--12585904	92	3.3	93	78	11	259	23	28	18	29	1.98
12600476--12600501	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
12600477--12600535	19	3.3	17	86	11	75	67	0	30	1	1.00
12600562--12600599	14	2.8	14	88	4	51	73	0	26	0	0.83
12600934--12600966	17	1.9	17	100	0	66	78	6	3	12	1.04
12601001--12601533	150	3.6	149	82	9	693	58	8	7	26	1.53
12601143--12601533	142	2.7	140	84	8	493	58	8	7	26	1.53
12601000--12601533	292	1.8	290	87	4	797	58	8	7	26	1.53
12603583--12603629	18	2.6	18	80	6	51	29	31	29	8	1.87
12603767--12603880	33	3.5	32	81	2	129	24	45	13	16	1.83
12604282--12604365	26	3.1	26	75	18	98	47	14	2	35	1.57
12605809--12605854	23	2.0	23	95	0	83	28	21	19	30	1.98
12608131--12608163	16	2.1	16	100	0	66	63	12	0	24	1.28
12608057--12608189	42	3.3	42	76	10	154	51	12	4	32	1.59
12608147--12608214	25	2.7	26	95	2	120	48	10	7	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12608200--12608272	16	4.6	16	77	15	64	65	15	0	19	1.27
12608210--12608272	13	5.2	12	83	12	76	66	14	0	19	1.25
12608204--12608291	36	2.3	38	84	11	119	67	15	0	17	1.24
12608330--12608390	20	3.2	20	82	15	69	0	29	0	70	0.88
12608324--12608396	26	2.9	26	82	8	80	0	30	0	69	0.88
12619630--12619675	21	2.2	20	84	3	56	41	17	13	28	1.86
12619792--12619843	26	2.0	26	92	0	86	30	19	19	30	1.96
12620340--12620372	16	2.0	17	94	5	59	39	24	6	30	1.79
12621579--12621694	58	2.0	58	98	0	223	41	17	9	31	1.81
12623405--12623612	40	5.2	40	84	2	249	25	26	22	25	2.00
12625599--12625682	42	2.0	42	97	0	159	28	16	10	44	1.81
12627825--12627868	2	24.0	2	82	17	60	50	0	0	50	1.00
12627949--12627999	18	2.7	18	85	11	59	76	1	21	0	0.88
12627958--12627999	20	2.0	21	86	4	59	78	0	21	0	0.75
12633682--12633741	30	2.0	29	87	3	84	38	6	25	30	1.81
12638569--12638642	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
12638626--12638701	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
12638569--12638701	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
12651834--12652043	40	5.2	40	88	3	294	23	23	27	26	2.00
12651838--12652043	83	2.5	80	89	5	290	22	23	27	25	2.00
12655945--12655980	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
12660091--12660188	28	3.5	28	72	5	90	25	15	32	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12660105--12660252	56	2.6	55	76	6	154	29	16	29	25	1.97
12660310--12660389	32	2.5	32	95	0	142	35	11	26	27	1.90
12662848--12663119	46	5.7	47	74	14	170	28	16	28	25	1.97
12662983--12663112	49	2.7	46	83	8	154	26	18	28	26	1.98
12662983--12663119	47	2.8	48	82	8	163	26	18	28	27	1.98
12667157--12667380	122	1.9	120	86	1	322	40	10	20	28	1.85
12675845--12675873	14	2.0	15	93	6	51	24	0	6	68	1.13
12682783--12682881	27	3.7	27	78	2	85	22	10	31	36	1.87
12682828--12682890	27	2.4	26	84	5	81	22	15	26	34	1.94
12682783--12682888	53	2.0	53	83	3	133	21	11	30	36	1.89
12688904--12689125	46	4.8	46	85	7	315	20	21	29	28	1.98
12691694--12691824	29	4.5	29	86	0	154	29	14	31	24	1.95
12694139--12694176	17	2.2	18	85	4	51	28	18	18	34	1.95
12693992--12694501	200	2.5	200	89	2	731	36	25	9	28	1.88
12701656--12701695	21	1.9	21	85	10	55	17	27	40	15	1.89
12702945--12703156	94	2.2	94	82	5	241	20	29	21	28	1.98
12703031--12703154	47	2.7	46	79	10	144	22	29	20	27	1.99
12714768--12714820	20	2.7	20	93	0	88	32	15	11	41	1.82
12715270--12715315	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
12720277--12720375	49	2.0	49	96	0	180	31	12	12	44	1.78
12724473--12724537	34	1.9	34	93	0	112	27	23	20	29	1.98
12725592--12725651	4	14.5	4	81	13	68	75	1	21	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12725647--12725718	3	24.0	3	100	0	144	66	0	33	0	0.92
12731785--12731851	33	2.0	34	85	8	93	23	26	20	28	1.99
12731785--12731932	34	4.2	34	78	16	104	27	25	20	27	1.99
12731826--12731926	34	2.7	39	79	17	131	28	26	19	24	1.99
12731846--12731923	34	2.3	35	93	4	140	32	25	17	24	1.97
12741148--12741195	15	3.1	15	77	19	53	33	20	0	45	1.52
12741565--12741644	24	3.4	22	75	11	70	36	23	23	16	1.94
12741576--12741719	24	5.9	24	68	10	78	33	22	26	17	1.96
12744361--12744445	26	3.4	25	74	7	84	21	21	18	38	1.93
12744474--12744543	26	2.7	26	95	0	122	15	24	21	38	1.92
12749548--12749643	48	2.0	48	100	0	192	37	8	12	41	1.73
12765528--12765603	37	2.1	37	100	0	152	18	30	18	32	1.95
12770264--12770300	17	2.2	17	90	4	58	89	2	8	0	0.58
12770267--12770300	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
12771134--12771163	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
12773394--12773429	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
12778445--12778755	69	4.5	70	81	9	352	26	14	22	36	1.93
12778755--12778919	72	2.3	71	88	3	251	22	15	21	41	1.90
12778769--12779172	139	2.7	156	84	9	506	25	15	23	36	1.94
12778932--12779172	68	3.5	68	81	7	281	26	14	23	35	1.93
12778513--12779369	417	2.1	413	96	2	1594	24	15	22	37	1.93
12779172--12779609	72	6.1	71	68	11	286	25	16	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12779401--12779609	73	2.9	73	82	6	246	27	17	22	31	1.97
12779600--12779634	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
12779615--12779777	74	2.1	77	86	5	224	29	19	20	30	1.97
12779455--12780109	165	4.0	163	89	4	914	28	18	20	33	1.96
12779968--12780465	71	6.5	76	74	14	350	30	17	18	34	1.94
12780447--12780509	31	2.1	30	88	8	92	19	11	28	41	1.85
12789928--12790067	38	3.6	38	84	6	149	24	29	22	23	1.99
12789968--12790105	38	3.6	39	83	5	149	22	26	23	26	2.00
12796957--12797014	30	1.9	30	92	0	98	39	27	10	22	1.86
12800169--12800202	18	1.9	18	88	5	52	44	2	5	47	1.42
12801437--12801463	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
12802603--12802642	18	2.2	18	86	8	55	57	0	12	30	1.36
12806926--12806955	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
12810329--12810404	32	2.5	30	83	8	100	35	0	0	64	0.94
12811994--12812026	12	2.8	12	95	0	57	27	30	33	9	1.88
12814228--12814290	30	2.1	30	88	5	92	26	3	11	58	1.47
12818824--12819000	40	4.5	40	81	7	184	25	27	20	25	1.99
12826930--12827101	40	4.3	40	82	5	188	26	26	19	26	1.99
12833011--12833178	30	5.8	30	81	3	166	25	14	22	37	1.92
12833016--12833149	59	2.3	59	81	3	146	26	14	23	35	1.94
12834716--12834946	79	2.9	78	90	1	372	32	22	13	32	1.93
12834911--12835047	40	3.5	40	85	1	177	37	21	10	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12841587--12841611	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12844234--12844403	46	3.7	47	79	7	163	29	18	28	23	1.98
12844273--12844401	47	2.7	47	82	7	147	30	17	28	24	1.97
12846056--12846114	25	2.4	25	83	11	68	22	23	23	30	1.99
12851982--12852082	39	2.6	39	87	0	148	15	25	20	37	1.93
12854002--12854053	23	2.4	21	83	6	59	40	1	3	53	1.30
12854005--12854055	21	2.5	21	81	9	61	45	1	3	49	1.32
12856130--12856156	6	4.5	6	100	0	54	18	0	14	66	1.25
12866043--12866076	18	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
12868909--12868955	21	2.2	21	88	0	67	12	21	14	51	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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