genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66826221--66826273	27	2.0	27	88	0	79	39	16	15	28	1.89
66830719--66830847	66	2.0	66	98	0	249	26	2	22	48	1.62
66831713--66831827	38	3.0	38	93	0	203	13	24	18	43	1.86
66835947--66836113	56	3.0	56	86	0	235	33	23	13	29	1.93
66844962--66845031	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
66847202--66847370	49	3.5	49	79	5	166	28	21	27	23	1.99
66849481--66849665	40	4.7	40	85	8	211	27	22	25	24	2.00
66849510--66849683	80	2.2	80	79	8	185	28	21	25	24	1.99
66853836--66854006	93	1.8	93	88	2	263	22	19	27	30	1.98
66856971--66857021	15	3.5	15	84	10	70	13	15	11	58	1.63
66862841--66862911	29	2.4	29	88	4	99	26	30	15	26	1.96
66863925--66864107	40	4.6	40	87	5	167	25	26	20	27	1.99
66863953--66864109	80	2.0	80	85	9	214	24	26	21	27	1.99
66869445--66869496	22	2.3	23	74	9	54	50	26	3	19	1.65
66870018--66870136	43	2.8	42	78	7	141	30	27	18	23	1.98
66878938--66879121	67	2.9	63	76	8	183	29	16	29	25	1.96
66888253--66888403	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
66896261--66896411	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
66899767--66899862	43	2.3	42	80	7	115	34	27	14	23	1.94
66899828--66899934	44	2.5	44	84	4	128	38	25	14	22	1.91
66902211--66902292	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
66924312--66924400	42	2.1	42	87	2	126	34	26	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66927221--66927278	30	2.0	29	93	3	98	31	24	17	27	1.97
66931472--66931626	42	3.7	42	76	6	120	29	27	14	28	1.96
66931555--66931750	90	2.2	90	83	3	243	31	27	15	26	1.96
66943047--66943178	29	4.6	29	83	1	88	25	32	16	25	1.96
66943046--66943178	58	2.3	59	80	5	137	25	32	16	25	1.96
66945204--66945257	25	2.2	25	83	3	65	35	0	3	61	1.14
66950877--66951045	40	4.2	39	79	8	153	24	24	23	26	2.00
66963264--66963318	29	1.9	28	82	10	67	18	20	38	23	1.93
66969662--66969712	20	2.7	18	82	14	59	43	0	19	37	1.51
66976381--66976510	43	3.0	43	78	14	142	23	16	27	33	1.95
66978494--66978546	27	2.0	27	84	0	70	37	20	16	24	1.93
66983967--66984161	47	4.1	47	86	5	273	32	11	29	26	1.91
66983967--66984161	98	2.0	94	89	3	291	32	11	29	26	1.91
66984135--66984271	46	3.0	46	89	0	202	35	8	30	26	1.85
66984427--66984565	37	3.8	37	95	0	233	24	17	31	26	1.97
66995954--66996122	46	3.6	45	73	7	124	25	28	17	27	1.98
67013678--67013829	40	3.8	40	92	0	232	23	20	27	28	1.99
67015925--67016045	47	2.6	47	95	0	224	32	9	28	30	1.88
67016023--67016198	48	3.7	48	92	0	280	34	6	27	31	1.83
67016246--67016385	37	3.8	37	93	0	217	24	20	32	23	1.98
67018363--67018594	40	5.8	40	92	0	356	26	21	27	24	2.00
67022193--67022358	47	3.5	47	96	0	305	33	9	27	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67022339--67022559	48	4.6	48	94	0	361	34	6	27	31	1.82
67022604--67022746	37	3.9	37	94	0	232	23	21	32	22	1.98
67028044--67028183	27	5.2	27	77	6	124	40	21	6	31	1.78
67028060--67028183	54	2.3	53	91	1	194	41	20	6	31	1.77
67028060--67028183	27	4.6	27	80	5	144	41	20	6	31	1.77
67028110--67028225	26	4.4	27	80	8	105	40	15	12	31	1.85
67028845--67028903	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
67032167--67032306	27	5.2	27	78	6	124	41	21	6	30	1.78
67032183--67032306	54	2.3	54	91	0	194	42	20	6	30	1.77
67032183--67032335	81	1.9	81	86	5	220	41	19	8	30	1.81
67032289--67032350	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
67032183--67032333	54	2.8	54	84	4	153	41	19	8	29	1.81
67032971--67033029	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
67039308--67039505	40	5.1	40	89	6	273	24	20	25	29	1.99
67039308--67039505	75	2.6	76	87	4	265	24	20	25	29	1.99
67041099--67041259	43	3.8	43	73	12	136	28	24	19	27	1.98
67046983--67047020	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67054786--67054856	25	2.8	25	76	18	67	25	25	22	26	2.00
67058634--67058884	42	6.0	42	90	0	367	16	33	28	21	1.95
67062498--67062543	17	2.5	18	89	10	67	39	15	26	19	1.91
67065085--67065273	55	3.5	53	86	5	245	21	24	17	35	1.95
67065260--67065380	46	2.6	47	90	2	199	25	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67066136--67066199	30	2.1	30	82	2	74	34	21	7	35	1.83
67073080--67073371	50	5.8	50	78	4	291	31	25	17	26	1.97
67073081--67073363	151	1.9	152	87	1	415	31	25	17	25	1.97
67086209--67086400	48	4.0	48	88	1	242	25	16	31	27	1.97
67095761--67095985	79	2.8	79	79	10	253	25	27	22	24	2.00
67095761--67095985	40	5.7	40	84	6	253	25	27	22	24	2.00
67119038--67119361	163	2.0	162	96	0	594	29	21	8	40	1.84
67119936--67120105	43	4.0	43	84	7	186	24	29	21	25	1.99
67122948--67123016	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
67124644--67124681	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67130956--67131024	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
67132653--67132690	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67133643--67133725	42	2.0	42	95	0	148	40	15	10	32	1.82
67136385--67136443	25	2.4	25	97	0	109	35	3	30	30	1.74
67142946--67143109	40	4.1	39	80	4	141	26	28	21	24	1.99
67142942--67143109	80	2.1	80	83	3	205	26	27	21	25	1.99
67169643--67169791	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
67169641--67169807	40	4.2	40	77	6	162	26	23	26	22	2.00
67169641--67169807	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
67171384--67171532	66	2.3	66	93	0	244	24	26	29	20	1.99
67175615--67175663	25	1.9	26	91	4	82	51	4	0	44	1.20
67175613--67175678	30	2.2	30	81	10	82	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67178426--67178474	5	9.6	5	82	12	64	18	4	0	77	0.92
67178778--67178815	17	2.3	17	90	4	60	81	0	0	18	0.69
67178844--67178913	8	7.9	8	73	20	50	60	2	0	37	1.12
67178867--67178933	11	6.8	10	75	14	59	64	1	0	34	1.03
67178861--67178918	19	3.1	19	80	11	75	62	0	0	37	0.96
67178893--67178949	28	2.0	28	83	10	71	70	5	0	24	1.08
67178861--67178985	38	3.4	38	71	19	106	64	3	0	32	1.10
67178864--67178946	18	4.4	18	78	7	58	66	2	0	31	1.05
67178983--67179046	32	2.0	32	87	6	94	60	6	3	29	1.36
67178893--67179036	10	14.1	10	66	22	52	65	4	0	29	1.16
67178949--67179065	10	12.1	10	69	12	66	60	4	1	33	1.26
67178896--67179075	19	9.9	19	65	19	82	63	5	1	30	1.23
67179593--67179717	28	4.5	28	72	15	91	26	2	4	66	1.24
67179593--67179671	9	8.8	9	71	19	58	25	0	6	68	1.13
67182004--67182046	17	2.5	17	100	0	86	18	34	34	11	1.87
67182218--67182559	27	12.6	27	79	8	286	40	21	9	29	1.84
67182244--67182561	81	3.9	81	79	6	331	39	21	9	29	1.84
67182267--67182467	108	1.9	108	91	4	334	39	20	9	30	1.84
67182470--67182614	27	5.3	26	72	11	87	39	21	6	32	1.80
67182598--67182736	27	5.2	27	85	5	192	34	17	20	27	1.95
67182433--67182641	109	1.9	109	83	3	269	39	21	9	30	1.84
67182597--67182736	53	2.6	53	91	4	219	35	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67182956--67183050	25	3.8	25	94	0	163	25	25	23	26	2.00
67182956--67183086	25	5.2	24	84	8	129	29	22	22	25	1.99
67186893--67187046	43	3.6	43	77	5	159	33	24	11	30	1.91
67191938--67192105	46	3.6	45	78	6	167	23	27	19	29	1.98
67201678--67201737	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
67214075--67214299	40	5.6	40	83	6	260	24	23	27	24	2.00
67214075--67214335	80	3.3	80	82	3	294	25	23	26	24	2.00
67214075--67214299	120	1.9	121	85	6	314	24	23	27	24	2.00
67215981--67216083	29	3.6	29	87	0	143	24	32	15	28	1.95
67215961--67216083	58	2.1	58	78	3	131	23	33	16	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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