genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71998899--71998953	27	2.0	27	89	0	83	23	16	20	40	1.91
71998935--71999007	27	2.7	27	76	4	76	27	9	27	35	1.88
72008246--72008299	27	2.0	27	81	0	63	40	12	7	38	1.72
72012770--72012818	24	2.0	24	100	0	98	46	12	12	28	1.77
72013080--72013143	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72013337--72013526	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
72013336--72013527	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
72013337--72013527	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
72015176--72015338	29	5.6	29	89	1	177	26	14	30	27	1.95
72016828--72016885	9	6.0	9	73	15	53	36	20	8	34	1.84
72016829--72016887	20	3.0	20	97	0	109	33	20	10	35	1.86
72016923--72016970	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
72018205--72018651	27	16.7	27	86	5	577	40	8	22	27	1.84
72018206--72018680	187	2.5	187	89	2	688	39	9	22	28	1.85
72018205--72018651	160	2.8	160	85	3	634	40	8	22	27	1.84
72021481--72021544	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72021736--72021925	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
72021735--72021926	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
72021736--72021926	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
72021980--72022022	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
72022058--72022105	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
72023339--72023788	27	16.7	27	85	5	552	40	8	22	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72027557--72027658	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
72035405--72035506	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
72037522--72037585	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72037777--72037941	24	7.0	24	87	6	230	26	21	22	29	1.99
72037777--72037941	71	2.3	70	90	4	251	26	21	22	29	1.99
72037996--72038076	20	4.2	20	93	3	139	32	19	12	35	1.89
72038000--72038074	9	7.9	9	69	16	53	34	21	9	34	1.85
72038010--72038065	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
72039393--72039772	27	14.6	27	81	11	445	40	8	22	28	1.83
72039606--72039742	73	1.9	73	96	1	258	40	8	21	29	1.82
72042292--72042368	39	2.0	38	97	2	145	33	7	15	42	1.76
72045213--72045508	48	6.3	48	72	16	219	26	18	31	23	1.98
72045260--72045473	44	4.7	44	79	8	214	24	18	31	24	1.98
72054020--72054137	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72053988--72054151	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72061584--72061701	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72061552--72061715	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72073180--72073242	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
72073433--72073574	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
72073433--72073574	47	3.0	47	89	6	198	26	22	21	28	1.99
72073623--72073663	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
72073706--72073753	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72081263--72081326	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
72081517--72081682	24	7.0	24	91	4	248	26	22	22	28	1.99
72081517--72081682	47	3.5	47	90	6	246	26	22	22	28	1.99
72081516--72081682	71	2.3	71	90	3	255	26	22	22	28	1.99
72081732--72081772	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
72081815--72081862	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
72091527--72091563	4	9.2	4	100	0	74	24	0	0	75	0.80
72092247--72092336	30	3.0	30	98	0	171	36	23	8	31	1.86
72092634--72092723	29	3.1	28	87	4	126	28	13	27	30	1.94
72093002--72093055	27	2.0	27	85	3	74	51	22	11	14	1.73
72096450--72096544	29	3.3	28	85	7	120	28	12	28	30	1.93
72099093--72099242	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72099117--72099299	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
72102417--72102558	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
72102456--72102584	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
72110405--72110546	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
72110444--72110572	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
72114482--72114654	46	3.7	46	76	10	172	23	21	24	30	1.99
72114479--72114649	93	1.8	93	91	0	279	23	21	25	29	1.99
72120607--72120638	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
72135080--72135120	20	2.2	18	87	12	57	70	2	4	21	1.18
72140784--72140838	18	3.1	18	83	0	74	20	23	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72153123--72153300	51	3.5	50	77	13	168	30	32	4	32	1.78
72156590--72156704	43	2.7	43	81	5	126	33	25	17	24	1.96
72162508--72162717	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72170643--72170812	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
72178409--72178460	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72179075--72179126	27	1.9	27	88	0	77	36	17	21	25	1.94
72179142--72179281	27	5.2	27	86	3	192	28	19	15	36	1.92
72179142--72179281	54	2.6	54	88	6	221	28	19	15	36	1.92
72179320--72179471	27	5.7	26	82	8	130	29	8	21	40	1.83
72179383--72179476	27	3.5	27	92	2	145	31	9	18	40	1.82
72186033--72186695	48	13.9	48	95	1	1163	34	6	28	30	1.82
72186033--72186695	287	2.3	287	96	0	1238	34	6	28	30	1.82
72188178--72188410	40	6.0	40	89	6	370	20	22	30	26	1.98
72188194--72188410	114	1.9	114	95	0	389	19	23	30	26	1.98
72188178--72188382	74	2.7	74	93	4	329	19	22	30	26	1.98
72188574--72188624	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
72191778--72192394	48	12.9	48	93	0	1027	34	6	28	30	1.82
72192242--72192322	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
72197331--72197419	28	3.1	28	85	6	108	23	13	32	30	1.93
72201333--72201402	28	2.5	28	88	4	97	27	11	28	32	1.91
72203313--72203484	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72203305--72203480	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72205865--72205948	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
72205861--72205939	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
72205872--72205948	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
72208866--72209037	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72208858--72209033	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72212578--72212787	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72220711--72220920	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72224821--72224863	18	2.4	18	100	0	86	39	11	18	30	1.86
72227641--72227704	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72227898--72228086	24	8.0	24	91	5	287	25	21	23	28	1.99
72228144--72228200	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
72228141--72228202	20	3.1	20	95	0	115	32	19	12	35	1.90
72228239--72228286	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
72229520--72229674	27	5.8	27	85	3	188	40	9	21	29	1.85
72229519--72229674	81	1.9	80	85	3	215	39	9	21	29	1.85
72232483--72232546	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72232738--72232925	24	8.0	24	88	5	260	26	20	23	29	1.99
72232737--72232926	47	4.0	48	87	6	255	25	20	23	30	1.98
72232738--72232926	71	2.7	71	88	4	276	25	20	23	30	1.98
72232983--72233039	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
72232979--72233041	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
72233078--72233125	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72234363--72234653	27	10.8	27	85	4	336	40	8	23	28	1.84
72236084--72236198	46	2.5	46	87	7	153	28	19	29	22	1.98
72238857--72239028	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72238849--72239024	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72241391--72241479	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72241391--72241470	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72241402--72241479	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72244424--72244595	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72244416--72244591	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72247021--72247233	99	2.2	99	82	6	245	29	6	21	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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