genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1235309--1235594	136	2.1	137	98	0	547	24	18	25	31	1.98
1236414--1236700	137	2.1	137	97	0	538	24	18	25	31	1.98
1238856--1238964	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
1239667--1239728	31	2.0	31	90	0	97	46	3	11	38	1.56
1240119--1240168	21	2.4	21	89	0	73	14	26	8	52	1.68
1241550--1241597	16	2.9	16	85	11	62	54	0	0	45	0.99
1243931--1243990	30	2.0	30	100	0	120	36	13	16	33	1.88
1244617--1244668	3	17.3	3	87	0	77	61	1	3	32	1.25
1244776--1244829	23	2.3	23	81	6	65	55	3	7	33	1.45
1246293--1246619	44	7.4	44	75	5	205	25	24	18	32	1.97
1246386--1246623	44	5.4	45	77	7	227	24	25	18	31	1.98
1246293--1246573	132	2.1	132	92	0	465	25	24	17	32	1.97
1246665--1246912	68	3.6	68	89	1	363	27	22	24	26	2.00
1246954--1247713	43	17.5	44	71	14	315	19	22	21	35	1.96
1246934--1247923	86	11.4	86	72	12	512	19	22	21	36	1.96
1246940--1247763	132	6.3	131	83	7	1077	19	22	21	36	1.96
1246935--1247763	260	3.2	260	92	4	1293	19	22	21	36	1.96
1246940--1247763	392	2.1	390	85	6	1089	19	22	21	36	1.96
1247772--1247923	44	3.5	44	69	7	139	20	25	19	35	1.95
1247338--1248215	436	2.0	441	86	5	1245	20	21	21	35	1.96
1247725--1247880	42	3.7	42	71	6	134	21	22	21	34	1.97
1247127--1248017	392	2.3	392	80	5	903	20	21	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1247906--1248100	45	4.4	45	70	13	152	20	20	23	36	1.95
1248081--1248160	30	2.7	30	98	0	151	17	23	23	35	1.96
1248207--1248750	44	11.9	44	72	10	367	28	22	17	31	1.96
1248218--1248727	139	3.7	139	94	0	905	28	21	18	32	1.97
1248218--1248726	277	1.8	277	95	0	928	28	21	18	32	1.97
1248817--1248979	86	1.9	86	88	2	247	19	24	22	33	1.97
1248817--1248975	44	3.7	43	74	3	158	19	24	22	33	1.97
1253692--1253743	25	2.1	25	89	7	79	46	13	21	19	1.84
1255918--1256191	137	2.0	138	80	5	313	33	16	16	33	1.91
1256411--1256471	3	20.3	3	89	0	95	62	1	3	32	1.21
1256579--1256632	23	2.3	23	81	6	65	55	3	7	33	1.45
1256724--1256823	12	7.9	12	69	16	51	62	5	3	30	1.32
1264228--1264258	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
1264368--1264436	35	2.0	35	100	0	138	37	13	2	46	1.58
1268627--1268682	28	2.0	28	100	0	112	39	10	28	21	1.87
1269150--1269203	24	2.3	24	80	3	65	46	18	14	20	1.84
1273785--1273843	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
1273814--1273863	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
1275457--1275488	13	2.3	15	89	10	50	56	0	3	40	1.15
1275631--1275669	20	2.0	20	89	0	60	28	0	23	48	1.51
1284021--1284060	21	1.9	21	90	10	64	32	10	12	45	1.75
1291620--1291661	21	2.0	22	85	4	59	54	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1302028--1302052	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1305666--1305720	18	3.1	18	71	23	53	61	3	3	30	1.30
1310316--1310460	72	2.0	72	95	1	265	42	13	8	35	1.75
1314458--1314482	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1314971--1315041	31	2.3	31	83	9	83	26	9	15	47	1.76
1325939--1326000	25	2.7	22	72	15	54	51	0	1	46	1.10
1330065--1330105	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1335828--1335869	16	2.6	17	81	11	52	50	4	0	45	1.23
1342874--1342969	2	48.5	2	71	10	72	47	10	1	40	1.45
1342871--1342903	17	1.9	17	100	0	66	48	3	0	48	1.17
1342876--1342969	20	4.4	20	80	9	89	47	10	1	40	1.45
1355129--1355191	26	2.4	25	76	10	63	31	1	0	66	1.01
1360940--1360970	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1374034--1374074	20	2.0	20	100	0	82	46	4	9	39	1.58
1379573--1379641	29	2.4	26	80	17	75	30	8	7	53	1.59
1383330--1383403	36	2.1	36	100	0	148	33	24	8	33	1.85
1390785--1390990	40	5.2	40	81	2	198	24	26	22	26	2.00
1390785--1390954	80	2.1	80	85	2	234	24	27	22	24	2.00
1390969--1391307	106	3.2	106	99	0	660	33	27	12	27	1.92
1398917--1399122	40	5.2	40	81	2	198	24	26	22	26	2.00
1398917--1399086	80	2.1	80	85	2	234	24	27	22	24	2.00
1399101--1399439	106	3.2	106	98	0	651	33	27	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1400903--1400966	19	3.4	18	76	18	67	42	0	4	53	1.22
1402470--1402553	10	8.3	10	67	17	57	34	3	2	59	1.28
1402456--1402533	19	3.9	19	74	14	68	32	3	3	60	1.33
1402462--1402570	10	11.3	9	69	18	53	34	2	2	59	1.26
1412337--1412390	28	1.9	28	85	7	74	31	1	3	62	1.23
1413462--1413512	24	2.0	26	85	7	70	68	0	0	31	0.90
1416455--1417158	143	5.0	141	87	4	1003	43	15	14	25	1.86
1416456--1417158	281	2.5	282	90	3	1114	43	15	14	25	1.85
1418680--1418729	16	3.1	16	77	13	57	36	0	0	64	0.94
1419869--1419907	11	3.5	11	82	0	51	30	2	0	66	1.05
1419868--1419911	12	3.8	12	79	11	56	31	2	0	65	1.05
1431058--1431114	27	2.1	27	93	0	96	45	7	12	35	1.69
1432296--1432335	17	2.4	18	80	12	50	32	0	2	65	1.06
1433398--1433422	13	1.9	13	100	0	50	24	8	32	36	1.84
1434698--1434761	29	2.2	29	83	5	76	51	1	4	42	1.32
1435975--1436018	21	2.1	21	86	0	61	63	4	13	18	1.46
1436013--1436038	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
1447382--1447414	18	1.9	17	88	11	50	51	3	0	45	1.16
1449112--1449152	18	2.2	19	86	4	57	36	9	4	48	1.58
1451253--1451325	36	2.0	36	97	0	137	38	10	12	38	1.78
1457314--1457353	21	1.9	21	89	0	62	62	12	20	5	1.48
1460236--1460277	20	2.2	19	87	12	59	71	0	2	26	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1477098--1477150	24	2.1	26	82	6	65	71	1	5	20	1.16
1480055--1480167	50	2.3	49	77	8	122	61	4	1	31	1.26
1480086--1480135	19	2.5	21	78	15	54	66	4	0	30	1.10
1484616--1484657	21	2.0	21	100	0	84	47	9	9	33	1.68
1487586--1487625	2	20.0	2	89	0	62	50	0	2	47	1.14
1488194--1488229	19	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
1488198--1488238	22	1.9	22	85	14	59	58	0	4	36	1.20
1490446--1490518	30	2.5	29	75	4	74	52	8	16	23	1.70
1492578--1492713	51	2.7	50	74	11	114	41	5	16	36	1.71
1493374--1493404	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
1493370--1493402	10	3.3	10	95	0	57	42	0	0	57	0.98
1495449--1495473	13	1.9	13	100	0	50	56	4	16	24	1.57
1499899--1500042	42	3.3	41	83	10	171	28	27	15	29	1.96
1499952--1500088	49	2.8	49	85	7	165	29	26	15	28	1.96
1500111--1500197	31	2.8	31	84	6	122	22	29	19	27	1.98
1500173--1500301	50	2.5	51	90	5	199	24	23	17	34	1.95
1502928--1503000	22	3.1	25	74	23	77	56	8	5	30	1.51
1504348--1504373	12	2.2	12	100	0	52	0	0	46	53	1.00
1504725--1504773	26	1.9	26	84	12	66	42	8	12	36	1.72
1506161--1506216	16	3.6	16	80	9	62	55	3	0	41	1.17
1506176--1506221	24	1.9	24	82	8	58	52	6	0	41	1.27
1508732--1508940	108	1.9	108	89	1	321	26	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1513880--1513972	18	5.2	18	93	0	159	26	22	17	33	1.96
1518830--1518887	25	2.3	25	100	0	116	22	6	6	63	1.43
1521091--1521143	26	2.0	26	100	0	106	58	22	3	15	1.53
1521457--1521569	31	3.6	31	85	0	136	30	10	13	45	1.77
1534084--1534323	97	2.5	97	88	0	354	32	10	12	45	1.75
1552284--1552362	39	2.0	39	95	0	140	24	24	13	37	1.92
1553481--1553538	3	19.3	3	92	7	100	32	1	0	65	1.03
1557226--1557266	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1564288--1564432	49	2.9	49	81	4	155	35	21	23	19	1.96
1564199--1564443	25	9.8	25	71	8	144	34	20	24	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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