genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  284  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87523951--87524034	44	1.9	44	87	2	125	22	19	27	30	1.98
87527556--87527619	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
87527811--87527976	24	7.0	24	87	4	230	26	21	22	29	1.99
87527810--87527975	47	3.5	48	86	5	223	26	21	22	29	1.99
87527811--87527976	71	2.3	71	90	5	255	26	21	22	29	1.99
87528034--87528090	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
87528030--87528092	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
87528129--87528176	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
87529335--87529418	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
87529335--87529428	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
87529480--87529587	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
87529570--87529709	54	2.6	54	81	9	169	28	7	22	41	1.80
87529515--87529709	27	7.1	27	77	11	141	29	7	21	41	1.81
87529688--87529870	27	6.8	27	89	2	244	39	7	23	29	1.82
87529661--87529870	54	3.9	54	83	4	219	38	7	22	31	1.82
87529553--87529817	81	3.3	80	80	6	237	34	7	21	36	1.82
87529661--87529870	81	2.6	80	85	2	251	38	7	22	31	1.82
87529876--87529965	27	3.3	27	81	6	103	33	11	15	40	1.83
87529876--87529980	27	3.9	27	76	9	81	35	10	15	39	1.81
87532614--87532677	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
87532869--87533034	24	7.0	24	87	4	230	26	21	22	29	1.99
87532868--87533033	47	3.5	48	86	5	223	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87532869--87533034	71	2.3	71	90	5	255	26	21	22	29	1.99
87533092--87533148	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
87533088--87533150	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
87533187--87533234	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
87534396--87534479	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
87534396--87534489	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
87534541--87534648	27	3.9	27	77	9	101	32	9	17	40	1.81
87534545--87534702	54	2.9	54	80	6	158	30	9	18	41	1.83
87534597--87534735	27	5.1	27	79	7	140	30	9	20	39	1.84
87534526--87534734	54	3.8	54	76	9	154	31	10	18	39	1.84
87534631--87534746	27	4.3	27	80	8	146	27	7	23	41	1.81
87534576--87534770	27	7.1	27	74	12	114	29	8	21	41	1.82
87534750--87534931	27	6.8	27	87	0	231	39	7	22	30	1.81
87534614--87534990	81	4.7	79	76	9	226	34	8	21	35	1.84
87534921--87535026	54	2.0	54	81	9	128	31	11	18	38	1.86
87534937--87535035	27	3.6	27	80	9	103	34	11	16	38	1.84
87540831--87540884	15	3.7	15	78	11	58	7	14	18	59	1.58
87540826--87540883	30	2.0	29	89	3	89	8	15	17	58	1.61
87566339--87566372	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
87566339--87566457	21	5.7	21	68	20	61	24	5	0	69	1.10
87569185--87569301	49	2.4	49	98	0	225	31	7	29	31	1.85
87569273--87569327	28	2.0	28	100	0	110	32	5	29	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87569224--87569378	77	2.0	77	98	0	301	30	7	30	31	1.84
87569185--87569427	126	1.9	126	97	0	459	31	7	29	31	1.85
87569301--87569613	49	6.5	49	92	1	467	31	7	31	29	1.86
87571738--87571928	40	4.8	40	90	1	303	26	19	28	25	1.99
87578317--87578364	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87578407--87578467	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
87578517--87578705	24	8.0	24	91	5	287	29	22	22	25	1.99
87578517--87578705	47	4.0	48	91	6	287	29	22	22	25	1.99
87578897--87578960	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
87581516--87581660	39	3.7	39	88	2	220	25	20	31	22	1.98
87588353--87588446	29	3.2	29	95	0	161	29	15	28	25	1.96
87588349--87588483	58	2.3	58	81	6	150	27	15	31	25	1.96
87596329--87596411	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
87596330--87596424	29	3.2	29	92	3	127	31	15	28	24	1.96
87596325--87596461	60	2.3	58	80	6	143	27	15	32	24	1.95
87597961--87598008	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87598051--87598111	20	3.0	20	87	0	95	32	11	22	32	1.90
87598161--87598303	24	6.0	24	88	4	191	29	23	21	25	1.99
87598161--87598303	47	3.0	47	86	5	189	29	23	21	25	1.99
87599327--87599631	49	6.3	49	94	0	492	31	7	30	29	1.86
87602996--87603155	39	4.1	39	89	2	241	25	30	19	24	1.98
87613161--87613233	35	2.1	35	94	5	130	38	5	16	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87617674--87617771	48	2.1	47	88	1	142	34	32	14	18	1.91
87621536--87621645	55	2.0	55	98	0	211	30	20	10	37	1.88
87632471--87632582	49	2.3	49	81	3	136	29	21	27	21	1.98
87632333--87632593	142	1.9	137	81	9	321	28	19	28	23	1.98
87634224--87634313	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
87634224--87634330	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
87634319--87634637	27	11.8	27	85	0	323	28	22	8	40	1.83
87634319--87634637	81	3.9	81	88	0	415	28	22	8	40	1.83
87634616--87634728	27	4.2	26	81	10	95	43	21	7	28	1.78
87634319--87634637	54	5.9	54	89	0	440	28	22	8	40	1.83
87634616--87634729	54	2.1	54	80	6	124	42	21	7	28	1.79
87634630--87634756	54	2.4	54	81	6	150	44	18	9	27	1.81
87634655--87634772	27	4.4	27	83	4	105	41	16	13	27	1.87
87642152--87642195	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
87648175--87648240	33	2.0	33	100	0	132	15	18	21	45	1.85
87650578--87650608	16	1.9	16	93	0	53	45	6	6	41	1.55
87658249--87658295	23	2.0	24	91	4	78	23	4	44	27	1.72
87658648--87658693	9	5.0	9	89	2	56	30	15	15	39	1.88
87662694--87662868	46	3.8	45	78	16	178	21	21	29	28	1.99
87662691--87662861	93	1.8	93	92	0	288	21	22	29	27	1.99
87669901--87669934	15	2.3	15	94	0	59	32	14	14	38	1.87
87685100--87685523	27	15.7	27	80	5	239	37	21	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87685222--87685580	54	6.6	53	76	7	274	40	21	8	29	1.83
87685236--87685466	81	2.9	80	88	3	329	41	21	8	28	1.81
87685222--87685496	81	3.4	79	84	7	322	40	22	8	29	1.83
87685604--87685678	27	2.8	27	85	4	98	34	22	24	18	1.96
87685626--87685704	27	2.9	27	84	3	97	35	21	22	20	1.96
87686500--87686634	25	5.4	25	80	5	141	26	21	23	28	1.99
87686500--87686634	50	2.7	51	85	7	179	26	21	23	28	1.99
87686840--87686916	31	2.5	31	91	0	127	32	19	22	25	1.97
87688724--87688748	9	2.8	9	100	0	50	36	24	12	28	1.91
87695589--87695677	39	2.3	39	88	0	133	29	23	20	26	1.99
87696054--87696182	54	2.4	53	86	12	192	30	1	3	64	1.21
87697085--87697109	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
87697157--87697254	49	2.0	49	94	4	171	31	18	21	28	1.97
87698064--87698114	21	2.4	21	86	0	66	35	41	15	7	1.76
87701326--87701573	126	2.0	126	86	0	352	26	17	16	39	1.90
87701623--87701710	28	3.0	29	78	5	97	43	19	0	37	1.51
87701670--87701738	34	2.0	34	83	5	86	44	17	0	37	1.49
87701713--87701762	22	2.3	22	89	3	75	50	20	0	30	1.49
87701747--87701799	22	2.4	22	83	0	70	37	16	1	43	1.60
87701859--87701908	22	2.3	22	89	0	73	38	18	0	44	1.50
87701965--87702017	22	2.4	22	93	0	88	41	16	0	41	1.49
87701998--87702063	34	2.0	34	90	3	107	42	16	1	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87702072--87702142	22	3.1	23	86	10	92	40	18	1	39	1.59
87702104--87702170	34	2.0	33	85	2	89	41	17	1	38	1.59
87702179--87702226	22	2.2	22	88	0	69	39	12	0	47	1.41
87702245--87702307	24	2.8	22	81	9	81	42	17	1	38	1.59
87701661--87702278	108	5.7	108	90	2	958	42	18	1	37	1.60
87708534--87708588	21	2.7	21	78	13	69	38	3	5	52	1.42
87715807--87715876	35	2.0	35	100	0	140	28	25	14	31	1.95
87719460--87719493	16	2.1	16	100	0	68	17	26	32	23	1.97
87719838--87719869	15	2.1	15	94	0	55	34	18	9	37	1.83
87721119--87721206	40	2.2	40	85	0	113	32	13	21	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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