genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  214  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65473224--65473394	93	1.8	93	93	0	297	28	28	22	21	1.99
65473812--65473871	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65478435--65478605	93	1.8	93	89	0	270	29	25	20	24	1.99
65478428--65478603	46	3.8	46	80	4	192	30	26	19	23	1.98
65479024--65479083	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65479907--65479936	15	2.0	15	100	0	60	26	40	13	20	1.89
65483693--65483866	46	3.8	46	77	11	203	28	28	20	22	1.99
65483701--65483870	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	22	1.99
65484287--65484346	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65488955--65489125	93	1.8	93	96	0	315	28	27	21	22	1.99
65488947--65489122	46	3.8	46	80	10	223	28	27	21	22	1.99
65489543--65489602	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65494221--65494355	46	2.9	49	77	13	167	29	28	20	22	1.98
65494200--65494366	46	3.7	43	74	17	144	29	29	19	21	1.98
65494776--65494835	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65499442--65499615	46	3.8	46	77	10	183	28	28	19	23	1.98
65499450--65499620	93	1.8	93	89	0	270	28	28	19	23	1.98
65500038--65500097	30	2.0	30	90	0	93	31	26	5	36	1.78
65502991--65503031	22	1.9	21	85	5	55	19	26	41	12	1.87
65508192--65508244	24	2.3	23	90	3	79	50	16	20	11	1.76
65508398--65508536	29	5.0	29	80	9	139	27	15	28	28	1.96
65510522--65510560	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65513038--65513146	40	2.7	39	82	1	128	24	26	22	26	2.00
65520077--65520300	48	4.8	47	76	9	145	27	19	25	27	1.99
65523849--65523933	44	2.0	43	92	2	143	34	29	10	25	1.90
65527145--65527246	29	3.5	29	93	0	177	29	13	29	27	1.94
65527153--65527306	58	2.6	59	85	4	188	26	15	32	25	1.95
65536504--65536678	52	3.5	49	82	8	201	28	29	13	28	1.94
65536504--65536678	51	3.5	50	84	6	212	28	29	13	28	1.94
65539289--65539318	15	2.0	15	93	0	51	56	13	0	30	1.37
65543786--65543914	40	3.3	39	81	4	161	24	27	23	24	2.00
65543786--65543951	40	4.2	40	77	7	160	23	26	22	27	2.00
65553239--65553271	15	2.1	16	94	5	59	30	6	27	36	1.81
65556894--65557060	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
65562822--65562891	34	2.1	34	100	0	140	31	17	8	42	1.79
65564129--65564212	28	3.2	27	65	25	72	23	17	28	29	1.97
65564073--65564256	50	3.7	51	81	5	214	26	16	27	29	1.97
65567656--65567768	38	2.9	38	85	2	127	22	22	28	27	1.99
65567684--65567779	38	2.5	38	86	0	120	21	17	28	32	1.96
65567772--65567883	43	2.6	43	91	0	188	10	25	33	30	1.90
65569412--65569515	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
65571169--65571341	93	1.9	93	95	0	310	27	31	21	19	1.98
65571162--65571337	46	3.8	46	80	10	214	28	30	21	19	1.97
65571213--65571356	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65573597--65573780	79	2.3	80	79	4	176	24	30	23	20	1.98
65573673--65573780	40	2.7	40	83	0	126	22	30	24	23	1.99
65577609--65577767	39	4.1	39	93	0	246	29	22	21	26	1.99
65580479--65580674	39	5.0	39	88	3	277	26	19	31	22	1.98
65580479--65580713	78	3.0	78	85	3	292	25	20	31	23	1.98
65580491--65580751	78	3.3	78	83	4	222	24	20	31	23	1.98
65585344--65585447	38	2.7	38	85	2	120	20	24	26	28	1.99
65585449--65585489	16	2.6	16	100	0	82	9	34	29	26	1.88
65585465--65585566	43	2.4	43	96	0	186	9	26	34	29	1.88
65590950--65590993	8	5.5	8	80	0	52	47	20	22	9	1.78
65590942--65590993	16	3.3	16	86	2	70	46	21	23	9	1.80
65591203--65591326	29	4.4	28	74	8	106	26	14	29	29	1.95
65598682--65598728	16	3.1	16	87	6	62	42	21	23	12	1.87
65598962--65599052	29	3.2	29	87	7	132	26	15	29	28	1.96
65602938--65603007	25	2.8	25	86	0	95	30	22	24	22	1.99
65609277--65609335	30	2.0	30	82	0	73	38	6	27	27	1.81
65609556--65609602	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
65610000--65610382	50	7.7	50	74	7	287	27	16	25	30	1.97
65610000--65610390	146	2.6	149	84	2	491	26	17	25	30	1.97
65610593--65610624	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
65610954--65611270	171	1.9	171	87	2	476	38	9	19	32	1.85
65615364--65615699	47	7.1	47	85	2	417	32	11	29	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65615436--65615509	22	3.2	22	67	29	64	29	10	32	27	1.90
65615364--65615698	94	3.6	94	92	2	523	32	11	29	27	1.91
65615438--65615513	25	3.2	25	63	30	65	28	10	34	26	1.90
65615622--65615757	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
65615616--65615773	50	3.2	50	81	13	200	34	8	27	30	1.86
65615903--65616011	37	2.9	37	93	0	182	24	19	29	26	1.98
65619846--65619959	54	2.1	54	91	0	183	29	15	16	37	1.90
65619846--65619960	27	4.3	27	82	2	133	29	15	16	38	1.90
65620305--65620351	18	2.6	18	86	0	67	19	17	17	46	1.84
65623827--65623939	27	4.2	27	78	3	104	28	15	16	39	1.89
65624273--65624317	18	2.5	18	88	0	63	15	20	20	44	1.87
65631480--65631659	40	4.6	40	85	10	248	25	22	27	25	2.00
65631480--65631659	77	2.3	79	87	6	260	25	22	27	25	2.00
65631481--65631694	77	2.7	77	82	7	220	26	22	27	24	2.00
65639435--65639616	40	4.6	40	85	9	248	24	23	27	24	2.00
65639434--65639616	79	2.3	81	85	7	259	25	22	27	24	2.00
65639464--65639651	79	2.4	79	83	7	222	27	21	26	24	1.99
65657100--65657226	68	1.9	68	83	3	166	33	17	26	22	1.96
65667055--65667184	40	3.3	39	81	4	154	23	26	29	21	1.99
65670861--65671081	47	4.7	48	74	13	174	27	18	29	23	1.98
65673606--65673732	45	2.9	45	81	8	129	24	26	22	26	2.00
65679646--65679705	30	2.0	31	86	3	86	35	11	23	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65680044--65680253	46	4.5	46	78	9	171	26	18	31	24	1.97
65680041--65680210	93	1.8	92	83	8	229	25	19	30	24	1.98
65684651--65684729	23	3.5	23	79	8	90	37	17	18	25	1.93
65684697--65684763	24	2.9	23	79	2	71	38	20	19	20	1.93
65685883--65685915	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
65686975--65687042	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
65687148--65687237	28	3.2	26	80	10	90	21	23	23	32	1.98
65687162--65687237	27	2.7	28	85	6	109	22	23	21	32	1.98
65694796--65694861	28	2.4	28	94	0	114	33	27	7	31	1.85
65694967--65695056	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
65694967--65695081	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
65700542--65700701	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
65708592--65708751	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
65714155--65714350	39	5.0	39	89	3	295	26	19	31	22	1.98
65714155--65714389	78	3.0	78	87	2	301	25	20	31	23	1.98
65714167--65714427	78	3.3	77	83	6	220	25	20	30	24	1.99
65721871--65722066	39	5.0	39	92	3	313	27	19	31	22	1.98
65721871--65722093	78	2.8	78	89	2	313	26	19	30	23	1.98
65723849--65723948	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
65724789--65724813	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
65731700--65731799	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
65732639--65732663	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65740868--65740903	16	2.2	16	100	0	72	33	0	16	50	1.46
65741811--65741980	39	4.3	40	80	4	193	22	26	17	33	1.96
65741811--65742025	78	2.7	77	81	4	216	22	25	16	34	1.95
65741867--65742022	40	4.0	39	76	5	127	21	26	15	35	1.93
65742735--65742812	30	2.7	29	86	7	106	28	29	25	16	1.97
65747535--65747594	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65747637--65747688	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65748282--65748335	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
65748338--65748507	27	6.3	27	84	1	189	25	18	17	37	1.93
65752829--65752872	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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