Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  188  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57463579--57463669
27
3.4
27
78
0
83
27
19
16
36
1.93
57466209--57466382
46
3.8
46
77
9
185
28
29
20
21
1.98
57466217--57466386
92
1.8
92
89
2
270
27
30
20
21
1.98
57466259--57466401
46
3.1
45
69
16
114
28
28
20
22
1.98
57469461--57469678
40
5.5
39
83
6
233
22
26
23
26
2.00
57469489--57469679
40
4.8
40
86
1
240
24
27
23
25
2.00
57470388--57470413
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
57477555--57477771
40
5.5
38
83
8
206
22
26
24
26
2.00
57477541--57477772
80
2.9
77
80
5
232
22
26
24
27
2.00
57477583--57477772
40
4.8
40
86
3
231
23
26
23
25
2.00
57478481--57478505
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
57489239--57489368
40
3.2
40
82
4
165
23
28
24
23
2.00
57489239--57489402
40
4.1
40
78
4
145
21
28
25
25
1.99
57491114--57491247
40
3.4
39
82
5
162
25
20
26
26
1.99
57501899--57501971
29
2.5
29
95
2
128
20
13
36
28
1.91
57504101--57504160
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
57504987--57505031
17
2.6
17
96
0
81
71
0
2
26
0.98
57505499--57505530
16
2.0
16
100
0
64
37
0
18
43
1.51
57508677--57508705
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
57510302--57510429
45
2.9
44
83
6
161
23
21
29
25
1.99
57510567--57510645
35
2.2
35
97
2
149
36
2
21
39
1.67
57511489--57511593
40
2.7
39
81
1
129
37
16
27
19
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57512433--57512464
12
2.4
14
85
15
50
28
0
0
71
0.86
57525320--57525441
47
2.6
47
97
0
226
36
13
24
25
1.93
57525186--57525511
142
2.3
140
78
8
325
35
16
24
23
1.95
57525420--57525616
55
3.6
55
82
4
222
36
16
24
22
1.94
57526911--57526999
46
2.0
45
91
4
144
32
13
25
28
1.94
57526913--57527037
44
2.8
45
81
4
126
34
14
23
28
1.94
57531114--57531301
49
3.8
49
78
2
205
29
25
17
27
1.97
57531119--57531302
100
1.8
100
92
0
314
29
25
17
26
1.98
57532770--57532833
31
2.1
31
90
0
101
23
25
15
35
1.94
57533025--57533191
24
7.0
24
93
3
257
26
22
22
28
1.99
57533024--57533191
71
2.3
71
90
4
257
26
22
22
29
1.99
57533241--57533301
20
3.0
20
95
0
113
34
19
9
36
1.85
57533241--57533296
11
5.5
11
71
16
57
32
19
10
37
1.86
57533344--57533391
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
57534549--57534632
27
3.1
27
91
3
125
22
26
20
30
1.98
57534694--57534745
27
1.9
27
88
7
79
36
9
11
42
1.74
57534740--57534777
20
1.9
20
100
0
76
36
5
26
31
1.79
57534779--57534929
27
5.6
27
82
6
162
29
8
19
41
1.81
57534804--57534943
54
2.6
54
86
4
201
30
8
22
38
1.84
57534779--57535024
27
9.1
27
84
2
109
34
8
21
35
1.85
57534921--57535342
27
15.6
27
86
3
537
40
10
21
27
1.85
57538030--57538094
15
4.4
15
72
16
55
63
13
13
9
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57538040--57538099
30
2.0
30
84
12
79
61
16
11
10
1.55
57539471--57539531
32
1.9
32
100
0
122
31
22
8
37
1.84
57542678--57542800
49
2.5
49
95
0
219
26
10
33
29
1.90
57542903--57542980
37
2.1
37
97
0
147
29
19
30
20
1.97
57545277--57545459
49
3.7
49
80
2
231
30
25
17
26
1.97
57545277--57545457
100
1.8
100
96
0
335
30
24
17
27
1.97
57547681--57547705
13
1.9
13
100
0
50
16
0
16
68
1.22
57547662--57547705
22
2.0
21
86
4
61
20
0
20
59
1.39
57547807--57547888
24
3.6
23
79
15
89
37
14
14
32
1.87
57547797--57547888
45
2.1
44
89
2
139
36
14
17
31
1.89
57547797--57547868
21
3.3
21
78
19
85
37
12
19
30
1.89
57552281--57552357
38
2.0
38
94
0
136
31
35
11
22
1.90
57559519--57559587
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
57565861--57565898
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
57567525--57567593
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
57569124--57569214
37
2.4
37
90
1
146
24
31
18
25
1.97
57569367--57569430
32
2.0
32
100
0
128
31
31
3
34
1.73
57569318--57569477
81
2.0
79
96
2
293
30
31
6
31
1.82
57569399--57569511
47
2.4
47
90
3
172
30
30
7
30
1.86
57578474--57578522
26
1.9
25
84
12
64
53
12
10
24
1.69
57584492--57584569
34
2.3
32
84
4
93
34
21
21
21
1.97
57586132--57586190
29
2.0
29
83
6
75
38
5
25
30
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57586898--57587047
67
2.2
66
81
8
169
32
17
29
21
1.96
57586922--57587101
67
2.8
64
77
9
186
29
16
30
23
1.96
57589284--57589499
44
5.0
43
75
9
183
25
18
23
32
1.97
57589971--57590045
25
3.2
25
70
14
86
30
2
30
36
1.72
57589964--57590059
46
2.1
46
98
0
183
29
3
30
37
1.73
57590605--57590640
12
3.0
12
92
8
56
8
16
47
27
1.75
57592320--57592495
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
57592316--57592487
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
57595455--57595523
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
57595446--57595533
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
57597933--57597998
20
3.2
20
64
19
55
19
22
28
28
1.98
57597934--57598103
46
3.8
45
78
15
192
20
21
29
28
1.98
57601047--57601115
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
57601038--57601125
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
57603510--57603685
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
57603506--57603677
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
57611992--57612023
16
2.0
16
93
0
55
34
18
0
46
1.49
57612223--57612561
50
6.7
50
77
7
346
30
25
17
26
1.97
57612287--57612566
101
2.8
101
88
2
400
31
25
16
26
1.97
57612332--57612511
51
3.5
51
77
13
208
33
24
17
25
1.96
57612223--57612561
151
2.2
152
80
4
398
30
25
17
26
1.97
57617585--57617616
16
2.0
16
93
0
55
34
18
0
46
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57617825--57617952
50
2.6
50
83
0
148
32
25
13
28
1.93
57618255--57618304
22
2.5
20
78
15
66
46
18
4
32
1.67
57618430--57618476
19
2.3
20
85
10
69
51
14
0
34
1.43
57624255--57624326
29
2.5
29
88
0
99
30
29
15
25
1.96
57629567--57629626
32
1.9
32
86
3
86
60
6
13
20
1.55
57638170--57638280
58
1.9
58
85
5
154
27
30
14
27
1.95
57638204--57638280
29
2.7
29
87
0
109
28
29
15
25
1.96
57638516--57638546
11
2.8
11
95
0
53
16
6
38
38
1.74
57639948--57639972
13
1.9
13
100
0
50
16
0
16
68
1.22
57643121--57643189
29
2.4
29
80
4
86
46
7
10
36
1.65
57644710--57644796
24
3.6
24
93
0
156
20
17
26
35
1.95
57644710--57644818
48
2.3
48
90
3
166
23
17
24
33
1.96
57647708--57647782
29
2.6
28
79
6
71
36
12
10
41
1.77
57654265--57654379
29
4.0
30
82
9
143
25
32
14
27
1.95
57654267--57654379
58
2.0
57
89
5
174
24
31
15
28
1.95
57654452--57654476
9
2.8
9
100
0
50
24
44
12
20
1.85
57655778--57655809
15
2.1
16
94
5
57
12
6
34
46
1.67
57656626--57656666
21
2.0
20
90
4
64
7
31
2
58
1.38
57660171--57660209
9
4.2
9
93
6
69
20
0
20
58
1.39
57660171--57660209
19
2.1
18
95
4
69
20
0
20
58
1.39
57661308--57661342
13
2.6
13
95
4
61
74
8
5
11
1.22
57661307--57661342
14
2.6
14
86
13
56
75
8
5
11
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57665438--57665719
43
6.6
43
78
7
306
29
26
18
25
1.98
57665439--57665719
85
3.3
85
83
5
320
29
27
18
25
1.98
57665423--57665719
128
2.3
128
84
5
379
28
28
17
24
1.98
57669736--57669899
71
2.3
71
97
0
310
18
28
18
34
1.95
57669736--57669933
71
2.8
70
90
3
249
20
28
17
32
1.96
57673436--57673460
9
2.8
9
100
0
50
36
12
0
52
1.39
57677070--57677102
13
2.4
14
90
5
50
63
12
0
24
1.28
57678410--57678678
43
6.3
43
77
6
235
30
26
17
26
1.97
57678474--57678678
86
2.4
86
90
1
313
30
27
15
26
1.96
57678669--57678693
13
1.9
13
100
0
50
48
24
0
28
1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410