Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  345  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106473138--106473196
30
1.9
31
86
3
84
49
1
20
28
1.59
106477672--106477724
26
2.0
26
100
0
106
47
22
11
18
1.81
106481311--106481344
18
1.9
17
94
5
59
8
17
8
64
1.47
106482346--106482393
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
106482430--106482496
20
3.3
20
85
0
89
37
13
19
29
1.90
106482545--106482689
24
6.0
24
87
10
206
30
20
21
28
1.98
106482882--106482945
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
106488025--106488077
26
2.0
26
100
0
106
47
22
11
18
1.81
106490568--106490611
18
2.4
19
84
3
54
45
2
6
45
1.42
106492851--106492958
50
2.2
50
98
0
207
28
10
30
30
1.90
106493143--106493317
39
4.5
39
85
2
199
30
6
21
41
1.78
106499449--106499485
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
106511415--106511444
13
2.4
12
94
5
51
83
0
3
13
0.77
106511629--106511662
13
2.6
13
95
0
59
11
26
47
14
1.79
106511629--106511671
13
3.3
13
87
6
52
11
27
44
16
1.82
106518553--106518591
20
1.9
21
89
5
62
82
2
2
12
0.89
106525298--106525322
13
1.9
13
100
0
50
52
0
0
48
1.00
106525359--106525407
24
1.9
24
84
12
62
40
2
6
51
1.38
106528916--106529016
51
2.0
51
92
0
166
32
5
23
37
1.79
106528908--106529016
26
4.2
26
94
2
166
34
5
22
36
1.78
106534085--106534193
26
4.2
26
96
1
175
33
5
24
35
1.79
106539721--106539755
10
3.5
10
92
0
52
80
0
0
20
0.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106541107--106541425
106
3.0
106
87
2
464
37
11
11
39
1.77
106545447--106545505
27
2.2
27
90
0
91
44
16
3
35
1.65
106547509--106547544
5
7.4
5
93
6
65
19
0
0
80
0.71
106547509--106547544
14
2.5
14
95
4
63
19
0
0
80
0.71
106551434--106551476
14
2.9
15
79
6
52
41
23
2
32
1.67
106552336--106552382
21
2.3
20
81
3
58
31
0
2
65
1.04
106553084--106553224
71
2.0
71
92
2
239
36
22
18
21
1.95
106555612--106555638
3
9.0
3
100
0
54
33
0
33
33
1.58
106557838--106557874
16
2.2
17
90
4
58
67
0
2
29
1.04
106559276--106559319
22
2.0
23
81
4
54
29
4
4
61
1.36
106564373--106564407
17
2.1
17
100
0
70
34
17
17
31
1.93
106565448--106565491
17
2.6
17
100
0
88
18
13
34
34
1.90
106568131--106568180
23
2.0
24
81
11
57
44
0
42
14
1.44
106569772--106569889
43
2.8
42
84
1
146
26
17
22
33
1.96
106571872--106571911
21
1.9
21
85
10
55
32
22
17
27
1.96
106576260--106576307
21
2.3
21
96
3
89
14
27
0
58
1.37
106583148--106583320
47
3.7
46
81
3
170
23
15
30
31
1.95
106586577--106586628
26
2.0
26
100
0
104
34
3
26
34
1.75
106587182--106587345
47
3.5
48
80
11
171
26
12
26
34
1.92
106587273--106587305
17
2.0
17
88
5
50
15
12
30
42
1.83
106587211--106587391
47
3.8
47
83
6
181
24
14
28
32
1.95
106592196--106592236
19
2.2
19
86
8
57
53
4
0
41
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106592171--106592596
59
7.3
59
90
2
628
43
3
6
46
1.46
106593805--106593873
25
2.8
25
82
4
68
30
14
11
43
1.81
106593818--106593874
25
2.3
25
81
0
69
31
14
10
43
1.79
106597965--106598273
46
6.5
46
76
12
190
25
29
19
25
1.98
106605039--106605151
14
8.1
14
71
10
79
16
4
35
43
1.68
106605082--106605139
21
2.8
21
78
5
64
18
5
37
37
1.74
106605075--106605126
7
7.4
7
86
0
68
17
3
38
40
1.68
106605182--106605262
37
2.2
37
95
0
144
55
0
3
40
1.17
106609567--106609700
64
2.1
64
95
0
241
37
11
4
47
1.60
106609580--106609714
64
2.1
64
86
4
193
40
8
4
46
1.55
106609748--106609818
24
3.0
24
85
8
99
28
19
8
43
1.80
106609860--106610323
241
1.9
241
98
0
901
33
18
14
33
1.91
106610325--106610372
9
5.3
9
87
0
69
45
22
2
29
1.64
106616172--106616252
31
2.5
32
84
4
92
16
6
18
59
1.57
106616932--106616964
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
106620850--106620882
15
2.2
15
94
0
57
54
9
18
18
1.69
106621255--106621318
34
2.0
31
84
9
83
53
0
0
46
1.00
106623001--106623032
13
2.6
13
90
9
50
68
9
3
18
1.30
106622996--106623032
11
3.2
12
85
14
51
67
8
2
21
1.29
106626275--106626380
53
2.0
53
96
0
194
44
17
21
16
1.87
106628461--106628564
21
5.2
21
68
21
80
40
24
25
10
1.87
106628443--106628582
39
3.6
39
91
0
217
37
24
25
12
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106632393--106632540
49
3.0
49
69
20
155
26
18
23
31
1.98
106632393--106632568
97
1.8
97
97
0
334
25
17
23
34
1.95
106632411--106632561
49
3.1
49
67
19
134
24
16
22
36
1.94
106640354--106640399
24
1.9
24
82
8
58
13
6
4
76
1.14
106652598--106652639
6
7.5
6
84
12
54
38
11
0
50
1.40
106652604--106652635
16
2.0
16
93
0
55
40
9
0
50
1.35
106653647--106653691
23
2.0
23
95
0
81
28
26
22
22
1.99
106654424--106654461
16
2.4
16
91
4
60
44
23
7
23
1.79
106665523--106665657
49
2.7
50
75
1
137
35
22
17
24
1.95
106674827--106675087
46
5.7
46
92
0
389
39
14
23
22
1.91
106674785--106675087
138
2.3
129
87
5
417
39
15
23
22
1.91
106682446--106682524
39
2.0
39
100
0
158
30
36
10
22
1.87
106683176--106683237
28
2.3
27
86
8
90
40
24
22
12
1.89
106683342--106683413
26
2.7
27
86
4
92
31
11
22
34
1.89
106684851--106684900
26
1.9
26
95
0
91
40
24
4
32
1.73
106687189--106687224
18
2.0
18
94
0
63
55
2
22
19
1.56
106691526--106691586
29
2.1
29
82
14
72
42
0
6
50
1.28
106694108--106694350
120
2.0
120
98
0
468
47
11
5
34
1.63
106708330--106708387
29
1.9
30
86
13
84
34
3
10
51
1.53
106717270--106717354
40
2.1
40
86
4
118
54
4
3
37
1.39
106719529--106719568
18
2.2
18
86
8
55
20
0
10
70
1.16
106719570--106719601
11
2.8
12
86
13
50
65
0
0
34
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106723920--106723953
7
4.7
7
96
3
59
73
0
0
26
0.83
106726619--106726652
14
2.4
14
85
5
50
50
2
0
47
1.16
106728223--106728251
14
2.0
15
93
6
51
20
0
0
79
0.74
106742174--106742222
23
2.2
23
89
10
75
38
8
2
51
1.43
106750522--106750633
52
2.2
52
83
3
147
41
0
13
44
1.43
106750982--106751080
49
2.0
49
100
0
198
35
24
10
30
1.88
106756148--106756179
17
1.9
16
93
6
55
71
0
0
28
0.86
106757463--106757487
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
106761955--106762055
49
2.0
52
86
7
145
31
6
7
53
1.56
106762470--106762498
14
2.0
15
93
6
51
31
0
0
68
0.89
106764756--106764819
33
1.9
33
84
6
85
57
1
3
37
1.24
106765716--106766825
228
4.9
228
88
1
1389
21
25
22
29
1.99
106776040--106776099
30
2.0
30
100
0
120
40
6
13
40
1.71
106779169--106779273
21
5.0
21
75
9
88
21
19
16
42
1.88
106779171--106779333
42
3.9
42
71
10
129
19
18
17
44
1.87
106779151--106779313
84
2.0
83
82
3
202
21
17
16
44
1.87
106780894--106780932
7
5.6
7
100
0
78
87
0
12
0
0.55
106781619--106781687
29
2.3
30
82
5
77
44
0
4
50
1.21
106782193--106782227
17
2.1
17
88
0
52
45
0
2
51
1.16
106787811--106787855
18
2.5
18
92
0
72
75
2
15
6
1.11
106790112--106790212
33
3.1
33
80
5
98
34
21
9
33
1.87
106794976--106795018
21
2.0
21
100
0
86
27
4
18
48
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106795679--106795914
49
4.8
50
81
4
264
26
17
25
30
1.98
106800900--106801288
150
2.6
150
95
0
688
25
16
27
30
1.97
106800900--106801295
49
7.9
50
75
5
338
26
16
27
29
1.97
106804603--106804696
31
2.9
32
79
7
102
38
21
9
30
1.85
106809624--106809682
22
2.7
22
89
0
91
49
30
0
20
1.49
106814347--106814399
29
2.0
28
85
14
76
41
0
1
56
1.10
106815464--106815522
27
2.3
25
79
5
64
55
3
10
30
1.49
106818429--106818500
23
3.2
23
74
7
58
34
1
0
63
1.03
106819088--106819132
19
2.3
20
84
7
65
51
11
8
28
1.68
106819594--106819662
30
2.3
31
85
7
88
44
1
1
52
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410