genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  86  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24949287--24949412	46	2.8	45	80	10	132	24	27	16	30	1.97
24958353--24958519	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
24961971--24962069	44	2.2	44	92	3	164	28	18	24	29	1.98
24966970--24966994	12	2.1	12	100	0	50	32	52	8	8	1.60
24967402--24967447	21	2.1	22	84	8	58	69	2	10	17	1.27
24970952--24971074	50	2.5	50	91	0	192	29	19	25	26	1.99
24973279--24973603	49	6.4	49	88	8	470	28	8	32	30	1.87
24973464--24973490	12	2.2	12	100	0	54	22	0	29	48	1.51
24973317--24973603	159	1.8	159	96	0	538	27	8	32	31	1.86
24973415--24973588	61	3.0	61	80	19	264	27	6	32	33	1.83
24973370--24973588	110	2.0	110	99	0	429	27	7	32	32	1.84
24976369--24976408	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
24979308--24979341	16	2.1	16	100	0	68	47	11	23	17	1.81
24984639--24984728	41	2.2	41	93	0	153	30	20	3	46	1.66
24987990--24988042	28	2.0	26	81	7	61	58	7	3	30	1.43
24988317--24988355	19	2.1	19	95	0	69	25	10	12	51	1.71
25016258--25016309	26	2.0	26	85	7	70	19	32	9	38	1.84
25025351--25025417	32	2.1	32	100	0	134	31	5	31	31	1.82
25025383--25025493	49	2.3	48	96	3	206	30	9	30	29	1.88
25026307--25026473	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
25033754--25033921	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
25035601--25035724	47	2.6	47	85	2	158	33	8	31	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25037151--25037435	40	7.1	40	94	0	489	23	20	29	26	1.98
25043945--25044306	47	7.6	47	93	2	580	32	8	29	29	1.86
25043945--25044306	96	3.8	95	92	3	584	32	8	29	29	1.86
25045580--25045620	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
25047173--25047382	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
25059938--25060039	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
25087352--25087432	38	2.1	38	100	0	162	46	17	7	28	1.74
25087610--25087652	17	2.5	17	100	0	86	53	16	13	16	1.73
25091636--25091677	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
25093528--25093589	25	2.5	25	83	0	79	29	20	20	29	1.98
25094302--25094430	64	2.0	64	98	0	249	31	17	10	40	1.84
25099781--25099847	29	2.3	29	84	0	89	28	32	16	22	1.95
25099781--25099857	29	2.7	29	83	0	82	25	33	18	22	1.96
25100653--25100700	19	2.3	21	82	10	64	56	0	27	16	1.41
25102610--25102819	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
25110747--25110996	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
25113516--25113575	27	2.2	27	88	5	86	33	26	23	16	1.96
25113965--25113994	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
25115150--25115256	26	4.2	26	96	1	198	35	27	6	30	1.82
25126699--25126750	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
25139124--25139246	37	3.3	37	97	0	228	23	32	19	24	1.97
25139291--25139633	48	7.3	48	90	3	491	30	27	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25139291--25139625	138	2.4	138	89	3	508	30	27	7	34	1.84
25139564--25139700	68	2.0	68	92	0	229	30	26	8	35	1.85
25142221--25142352	39	3.4	39	90	1	201	23	19	32	24	1.98
25144879--25145026	73	2.0	73	98	0	287	37	18	18	25	1.94
25150770--25150958	56	3.4	56	89	0	270	32	22	16	28	1.96
25156437--25156538	23	4.3	24	71	10	66	34	20	23	21	1.97
25160663--25160766	47	2.2	47	78	0	109	32	28	14	24	1.94
25167941--25168080	54	2.6	54	83	6	158	18	23	22	35	1.95
25167941--25168080	27	5.2	27	80	10	135	18	23	22	35	1.95
25170225--25170332	26	4.2	26	95	2	173	36	24	4	35	1.76
25176602--25176683	23	3.4	24	83	5	85	20	18	19	41	1.91
25178886--25179468	27	21.6	27	85	3	717	27	22	9	40	1.84
25180794--25180850	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
25180792--25180862	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
25180803--25180857	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
25180909--25181075	23	7.1	23	93	2	271	28	22	20	28	1.98
25180908--25181097	24	8.0	23	90	4	265	28	22	21	27	1.99
25180907--25181075	47	3.6	47	91	3	277	28	22	20	28	1.98
25180909--25181096	94	2.0	95	92	3	317	28	22	21	28	1.99
25188161--25188362	40	5.1	39	79	3	154	25	26	22	25	2.00
25188222--25188366	40	3.6	41	85	3	161	24	27	22	25	2.00
25196340--25196543	40	5.1	40	81	1	185	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25196340--25196543	80	2.5	80	80	1	214	24	26	23	25	2.00
25202163--25202203	22	1.9	21	95	5	73	43	0	31	24	1.54
25203070--25203207	48	2.9	48	86	0	186	26	22	24	26	2.00
25207780--25208050	135	2.0	133	92	2	443	32	14	24	29	1.94
25210270--25210441	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
25210262--25210437	46	3.8	46	78	10	205	28	28	21	21	1.98
25210313--25210456	46	3.1	45	72	11	130	29	28	20	21	1.98
25212823--25212911	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
25212823--25212902	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
25212834--25212911	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
25215849--25216028	47	3.8	50	79	14	195	28	28	21	21	1.98
25215857--25216028	94	1.8	92	93	2	299	27	29	21	21	1.99
25216038--25216072	17	2.1	17	100	0	70	25	17	22	34	1.96
25222399--25222608	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
25230514--25230723	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
25232881--25232921	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
25237254--25237302	25	1.9	26	88	12	75	34	10	10	44	1.72
25240996--25241115	51	2.4	51	86	0	177	39	10	21	28	1.87
25244528--25244570	20	2.2	20	83	4	52	48	4	0	46	1.22
25245740--25245772	6	5.5	6	100	0	66	0	48	0	51	1.00
25249609--25249781	47	3.7	48	82	6	169	21	21	25	30	1.99
25249658--25249786	46	2.8	46	88	3	179	20	23	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25256238--25256397	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
25261553--25261720	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
25261569--25261718	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
25269561--25269728	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
25269577--25269726	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
25275484--25275643	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
25291601--25291641	13	2.9	15	75	17	52	17	4	14	63	1.47
25300106--25300289	55	3.4	54	81	5	219	22	23	17	36	1.95
25303723--25303823	39	2.6	39	88	0	148	13	25	23	36	1.92
25304784--25305046	45	5.9	45	71	4	156	28	21	17	32	1.96
25304787--25305032	134	1.8	134	83	1	323	29	22	16	32	1.95
25306925--25307240	46	6.8	44	71	13	145	31	19	26	22	1.98
25306932--25307240	48	6.6	45	71	14	184	31	19	26	22	1.98
25308319--25308363	21	2.1	21	83	0	54	17	33	22	26	1.96
25317491--25317654	82	2.0	82	92	0	274	17	29	17	35	1.93
25321822--25321922	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25326294--25326394	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25334241--25334341	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25336372--25336430	26	2.2	28	82	8	70	32	10	5	52	1.57
25340270--25340319	22	2.3	21	80	10	57	48	6	6	40	1.52
25340778--25340836	29	2.0	30	83	6	75	47	16	3	32	1.64
25341914--25341958	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25341981--25342010	15	2.0	15	100	0	60	0	13	20	66	1.24
25345500--25345536	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
25346002--25346098	21	4.6	20	76	12	88	35	4	4	56	1.37
25346002--25346100	7	14.0	7	77	9	76	35	4	4	56	1.37
25346713--25346745	17	1.9	17	93	0	57	15	9	18	57	1.63
25346764--25346851	3	29.3	3	95	0	158	1	31	1	65	1.07
25356142--25356175	9	3.7	9	84	7	50	2	2	8	85	0.80
25356573--25356618	19	2.3	20	81	11	58	54	4	2	39	1.32
25358299--25358705	3	134.7	3	69	15	171	60	3	8	28	1.42
25358440--25358489	26	1.9	26	84	8	66	58	2	12	28	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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