genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   

This is table  66  of  410  ( 49152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18426609--18426766	41	3.8	41	90	0	244	27	22	20	29	1.98
18426809--18426928	42	2.8	44	77	7	138	20	22	22	35	1.96
18426808--18427019	86	2.5	86	80	6	232	22	20	20	36	1.95
18427164--18427271	44	2.5	44	83	1	119	21	19	22	37	1.95
18427290--18427384	43	2.2	44	86	1	129	24	25	23	27	2.00
18444722--18444823	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
18447325--18447406	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
18457301--18457339	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
18459023--18459173	40	3.8	39	76	8	126	22	27	23	26	2.00
18471261--18471351	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
18471260--18471373	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
18479121--18479234	24	4.8	24	96	1	203	20	17	27	35	1.95
18483245--18483539	47	6.3	47	91	0	475	33	9	29	27	1.88
18484952--18486741	40	44.8	40	92	0	2816	26	20	26	26	1.99
18490246--18490636	47	8.3	47	91	1	586	33	9	29	27	1.88
18490414--18490586	25	7.3	24	61	18	67	32	8	29	29	1.86
18492968--18492998	16	2.0	15	93	6	53	64	9	0	25	1.24
18507561--18507856	55	5.5	54	84	5	359	34	18	24	22	1.96
18507561--18507856	108	2.7	108	93	1	486	34	18	24	22	1.96
18513854--18514117	55	4.9	55	76	9	247	34	17	25	22	1.96
18513854--18514132	108	2.6	108	88	0	387	34	17	25	22	1.96
18521183--18521269	44	2.0	43	90	2	138	33	17	13	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18528931--18529156	40	5.7	40	87	4	255	25	25	21	26	2.00
18537119--18537341	40	5.6	39	89	6	283	25	26	21	26	1.99
18537119--18537341	78	2.8	79	86	8	303	25	26	21	26	1.99
18542859--18542978	60	2.0	57	90	9	188	22	22	17	37	1.94
18552440--18552510	35	2.0	35	97	0	133	16	12	26	43	1.84
18553183--18553228	24	2.0	23	86	4	65	10	2	41	45	1.51
18555887--18555969	33	2.5	34	86	3	107	42	6	6	45	1.53
18556641--18556686	24	2.0	24	91	4	76	32	8	10	47	1.69
18566241--18566303	17	3.6	17	82	4	72	30	30	23	15	1.96
18567762--18567847	40	2.2	40	85	4	111	34	25	16	23	1.95
18569015--18569049	18	1.9	18	94	0	61	45	28	14	11	1.79
18569039--18569098	17	3.6	16	80	8	66	30	30	21	18	1.97
18588535--18588705	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
18588527--18588707	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
18591082--18591170	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
18591082--18591161	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
18591093--18591170	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
18594085--18594255	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
18594077--18594257	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
18597001--18597079	17	4.6	17	85	6	90	29	34	22	13	1.93
18597001--18597079	34	2.3	34	85	10	108	29	34	22	13	1.93
18614453--18614619	43	3.9	43	74	10	126	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18616626--18616797	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	22	1.99
18616619--18616794	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
18616670--18616806	47	3.0	46	73	20	133	29	28	19	22	1.98
18618859--18618944	43	2.0	43	97	0	163	32	10	18	38	1.85
18623293--18623442	40	3.8	40	83	5	151	23	24	22	30	1.99
18637991--18638041	19	2.7	19	84	6	68	49	17	23	9	1.77
18640744--18640782	6	6.5	6	84	0	51	12	7	0	79	0.93
18640743--18640802	24	2.5	23	79	15	59	16	6	0	76	0.99
18646130--18646168	20	1.9	20	84	5	51	35	7	10	46	1.67
18664983--18665042	27	2.2	27	85	5	77	26	13	25	35	1.93
18669099--18669160	32	1.9	32	93	0	106	24	9	29	37	1.87
18670867--18671059	6	31.3	6	68	17	94	49	13	17	19	1.79
18670898--18670969	19	3.9	17	75	13	72	48	15	18	18	1.81
18670930--18671059	25	5.7	25	71	22	108	49	13	16	20	1.80
18670894--18670975	37	2.2	37	88	0	119	48	14	18	18	1.81
18670894--18671059	62	2.7	62	83	3	226	49	13	17	19	1.80
18671474--18671779	27	11.3	27	80	6	280	24	19	17	37	1.93
18671475--18671777	54	5.6	53	81	4	322	25	19	17	37	1.93
18671478--18671769	81	3.6	81	90	1	435	25	19	17	37	1.93
18671759--18672154	27	14.7	27	82	4	338	31	8	21	39	1.82
18671816--18672154	81	4.2	80	82	6	373	30	7	21	40	1.82
18671870--18672154	27	10.6	27	85	2	387	31	7	20	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18671816--18672154	54	6.3	54	89	2	441	30	7	21	40	1.82
18675364--18675405	20	2.0	21	95	4	77	21	26	4	47	1.70
18676546--18676615	31	2.2	32	92	2	115	22	14	31	31	1.94
18679250--18679373	46	2.7	46	88	3	178	22	19	25	32	1.97
18681556--18681665	24	4.5	24	78	4	96	26	30	16	27	1.97
18685128--18685197	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
18691571--18691973	201	2.0	201	99	0	797	40	9	20	29	1.84
18692369--18692559	47	4.1	47	90	0	292	32	11	28	27	1.91
18692442--18692516	24	3.3	22	63	17	53	32	13	29	25	1.93
18692533--18692623	46	2.0	46	84	0	119	32	7	31	27	1.85
18699572--18699747	46	3.8	46	77	12	189	29	27	20	22	1.98
18699623--18699766	46	3.1	46	68	21	113	28	27	20	22	1.99
18702180--18702221	14	3.0	14	80	19	52	16	19	0	64	1.30
18706086--18706125	20	2.0	20	85	0	53	37	20	0	42	1.52
18706376--18706507	55	2.5	53	85	5	176	22	23	18	34	1.96
18706376--18706571	55	3.6	52	78	10	173	22	24	16	35	1.95
18718806--18718846	18	2.2	19	87	12	59	68	7	19	4	1.32
18720146--18720202	6	9.7	6	78	17	66	77	0	5	17	0.95
18720146--18720202	24	2.4	23	88	8	80	77	0	5	17	0.95
18721758--18721809	22	2.6	19	77	16	59	61	5	9	23	1.48
18723450--18723475	10	2.6	10	100	0	52	7	30	53	7	1.57
18723687--18723944	27	9.6	27	86	0	338	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18723869--18724001	27	5.0	27	78	12	96	39	21	9	30	1.84
18723687--18723998	81	3.9	81	81	5	249	39	21	8	30	1.83
18723993--18724321	27	12.2	27	87	1	399	31	22	6	40	1.79
18723687--18724015	54	6.1	53	80	11	156	39	21	8	30	1.84
18723993--18724321	54	6.1	54	88	1	453	31	22	6	40	1.79
18724558--18724609	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18724728--18724806	31	2.5	31	83	0	104	18	16	13	50	1.78
18724728--18724806	6	12.8	6	69	15	54	18	16	13	50	1.78
18728075--18728413	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
18728382--18728624	40	6.1	39	86	4	283	24	20	26	27	1.99
18735489--18735827	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
18735796--18735940	40	3.6	40	86	0	182	26	22	24	26	2.00
18736798--18737912	561	2.0	562	97	0	2088	29	17	22	30	1.97
18755490--18755665	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18755486--18755658	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
18764270--18764323	23	2.4	24	78	12	60	24	27	7	40	1.81
18765677--18765734	6	10.3	6	85	14	79	17	0	0	82	0.66
18765681--18765729	21	2.3	21	96	3	89	16	0	0	83	0.64
18765677--18765747	32	2.2	32	87	5	99	18	0	1	80	0.79
18765682--18765734	27	2.0	26	96	3	97	15	0	0	84	0.61
18765677--18765741	11	5.8	11	82	15	80	16	0	1	81	0.77
18769288--18769319	17	2.0	17	88	11	50	59	12	6	21	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18771416--18771706	50	5.8	50	85	3	343	38	25	15	19	1.92
18771416--18771706	25	11.6	25	77	1	269	38	25	15	19	1.92
18771856--18771975	41	2.9	41	85	2	152	28	27	20	24	1.99
18772234--18772466	27	8.6	27	81	3	184	31	9	18	40	1.83
18772213--18772448	82	2.9	82	78	5	237	30	8	18	41	1.81
18772455--18772537	27	3.1	27	82	3	96	32	21	13	32	1.92
18778488--18778654	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
18781006--18781066	22	3.0	20	76	9	68	47	24	14	13	1.80
18780981--18781079	20	4.7	21	72	7	76	44	23	17	15	1.86
18781004--18781070	20	3.2	20	77	8	80	47	22	16	13	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410