genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  170  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51938286--51938432	47	3.1	47	93	0	249	33	11	28	26	1.91
51938402--51938536	48	2.8	48	93	0	225	33	7	28	30	1.85
51938683--51938754	37	1.9	37	91	0	117	22	18	30	29	1.97
51939841--51939904	32	2.0	32	96	0	119	20	18	15	45	1.86
51946862--51946986	55	2.3	55	83	5	162	25	30	29	14	1.95
51964719--51965231	256	2.0	256	99	0	1017	24	7	25	42	1.81
51968214--51968240	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
51968977--51969299	96	3.4	98	76	11	316	26	17	30	24	1.97
51968943--51969299	47	7.6	48	74	12	237	26	18	30	24	1.98
51970234--51970289	28	2.0	28	89	10	87	14	21	46	17	1.84
51972596--51972640	6	7.5	6	92	0	63	60	0	24	15	1.36
51976175--51976304	61	2.1	62	88	1	190	51	6	1	40	1.36
51976176--51976276	31	3.3	30	75	8	96	54	4	1	38	1.33
51979373--51979401	14	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
51986915--51986955	19	2.3	19	91	8	68	48	2	0	48	1.14
51987444--51987473	15	1.9	16	93	6	53	70	3	0	26	1.03
51989001--51989041	20	2.0	20	100	0	82	46	9	9	34	1.70
51989005--51989051	20	2.3	20	88	3	67	44	12	4	38	1.62
51991336--51991522	40	4.7	40	93	0	320	27	25	21	26	1.99
51991336--51991522	80	2.3	80	98	0	356	27	25	21	26	1.99
52000734--52000799	34	1.9	34	84	0	87	31	22	22	22	1.98
52024117--52024215	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52032524--52032601	34	2.3	34	80	8	88	30	19	25	24	1.98
52034721--52034806	34	2.5	34	69	3	84	29	22	20	27	1.99
52036295--52036355	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
52037017--52037268	67	3.9	64	75	13	183	30	15	28	25	1.96
52038351--52038385	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
52040669--52040724	27	2.1	26	83	3	67	33	23	25	17	1.96
52040726--52040760	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
52041420--52041558	27	5.1	27	86	2	199	25	20	18	35	1.95
52050386--52050422	18	2.1	18	100	0	74	29	21	16	32	1.95
52052188--52052397	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
52058705--52058868	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
52058705--52058902	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
52065805--52065968	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
52065805--52066002	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
52069798--52070110	47	6.5	47	91	3	464	32	8	30	29	1.86
52069798--52070110	96	3.3	96	92	1	497	32	8	30	29	1.86
52073631--52073695	23	2.8	23	92	2	103	21	49	4	24	1.68
52073961--52074122	27	6.0	27	78	2	137	37	19	14	27	1.91
52074087--52074232	27	5.4	28	76	10	97	22	17	20	39	1.92
52074103--52074335	54	4.3	51	77	10	160	20	16	22	40	1.91
52074140--52074335	27	7.2	26	83	4	221	17	17	22	41	1.90
52074129--52074335	81	2.5	81	81	5	247	18	16	23	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52077587--52077650	33	2.0	33	84	9	87	28	26	20	25	1.99
52077711--52077756	22	2.0	22	83	8	56	28	50	4	17	1.65
52080101--52080160	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
52080199--52080250	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52087453--52087512	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
52087557--52087608	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52094478--52094537	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
52094584--52094635	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52098679--52098909	40	5.8	40	86	5	288	22	26	25	25	2.00
52106904--52107073	40	4.2	40	83	1	180	24	27	24	24	2.00
52106920--52107070	80	1.9	80	83	8	200	23	27	25	23	2.00
52109089--52109124	18	2.0	18	100	0	72	27	16	27	27	1.97
52110951--52110996	18	2.7	16	81	15	56	32	21	6	39	1.79
52114967--52115013	25	2.0	23	83	8	58	36	27	14	21	1.93
52115065--52115150	27	3.2	27	80	4	95	30	15	17	37	1.90
52118808--52118848	20	2.0	21	85	4	57	34	19	29	17	1.94
52120785--52120840	29	2.0	28	89	3	85	48	0	25	26	1.52
52122826--52122922	4	24.2	4	100	0	194	24	0	24	50	1.49
52140899--52140930	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
52144859--52144933	37	2.0	37	89	0	114	22	21	25	30	1.99
52144931--52145140	43	4.9	43	91	0	314	13	24	31	30	1.94
52149230--52149297	34	2.0	34	94	0	118	36	16	13	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52151541--52151595	27	2.0	27	96	0	101	36	27	18	18	1.94
52152768--52152897	29	4.5	29	79	2	129	26	31	13	27	1.94
52152774--52152920	29	5.1	28	79	8	111	27	29	14	28	1.95
52153132--52153174	16	2.7	16	88	0	59	13	20	13	51	1.76
52159263--52159296	18	1.9	18	88	5	52	29	11	20	38	1.88
52160342--52160453	29	3.9	29	83	3	138	26	30	15	27	1.96
52160347--52160486	29	4.9	29	80	4	124	26	29	15	29	1.96
52168006--52168167	45	3.6	45	90	3	231	22	23	28	25	1.99
52170382--52170447	33	2.0	33	100	0	132	45	9	12	33	1.73
52171125--52171254	49	2.7	49	83	4	163	38	19	17	24	1.93
52172010--52172106	6	15.8	6	72	16	65	47	14	17	20	1.82
52171994--52172118	31	4.1	31	83	3	146	48	14	16	20	1.80
52174304--52174339	18	2.0	18	100	0	72	27	16	0	55	1.42
52179269--52179327	29	2.0	29	93	0	100	30	22	0	47	1.51
52180221--52180269	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
52181089--52181255	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
52186968--52187090	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
52189237--52189719	29	16.7	29	96	1	844	24	17	33	24	1.96
52190203--52190301	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
52193404--52193526	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
52193629--52193705	36	2.1	37	97	2	147	28	19	31	20	1.97
52197044--52197141	28	3.5	28	84	4	117	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52208380--52208534	43	3.7	44	77	13	173	29	26	18	25	1.98
52210800--52210922	27	4.6	27	79	8	117	39	24	9	26	1.86
52210821--52210952	27	4.9	27	77	7	108	37	23	9	28	1.87
52210792--52210969	54	3.3	53	78	5	187	39	23	9	28	1.86
52210946--52211300	27	13.2	27	88	3	455	29	21	7	40	1.80
52211626--52211653	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
52211828--52211941	6	18.5	6	68	15	63	19	19	12	49	1.79
52211828--52211931	31	3.4	31	86	2	138	19	20	12	48	1.81
52214010--52214192	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
52221442--52221624	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
52224750--52224927	54	3.3	53	80	3	196	41	23	7	28	1.82
52224757--52224912	27	5.8	26	74	8	116	41	24	7	26	1.82
52224904--52225204	27	11.2	27	87	2	381	29	22	7	39	1.83
52225442--52225493	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
52225542--52225601	27	2.3	26	82	8	68	21	18	20	40	1.92
52225720--52225821	31	3.3	31	75	15	111	20	18	12	48	1.81
52225720--52225844	6	20.3	6	70	16	78	20	18	12	48	1.80
52225761--52225823	25	2.5	25	92	0	99	20	22	11	46	1.82
52226919--52226957	18	2.2	18	86	9	53	66	2	23	7	1.30
52229991--52230301	40	7.8	40	95	0	541	24	22	28	24	1.99
52232425--52232587	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
52232425--52232621	70	2.8	69	90	4	247	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52239511--52239672	71	2.3	71	100	0	324	19	28	16	35	1.93
52253172--52253271	37	2.7	35	88	8	146	28	28	20	24	1.99
52253316--52253784	48	9.8	48	92	0	749	30	27	6	35	1.83
52256533--52256642	43	2.7	42	79	13	122	26	25	20	28	1.99
52269967--52270026	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
52272748--52273041	50	5.8	50	79	4	306	31	24	17	26	1.97
52272759--52272990	101	2.3	101	82	2	270	31	24	18	26	1.97
52298611--52298640	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
52300153--52300294	56	2.5	56	93	1	230	32	25	14	27	1.95
52300692--52300727	12	3.2	12	92	7	58	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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