genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.402.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  402  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121415358--121415386	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
121415479--121415529	2	25.5	2	87	0	75	45	1	3	49	1.32
121415468--121415576	14	8.0	14	77	6	55	34	0	6	57	1.30
121417367--121417402	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
121424106--121424280	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94
121424280--121424445	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
121424378--121425838	140	10.5	140	96	0	2707	25	16	20	37	1.93
121424374--121425838	697	2.1	697	96	1	2711	25	16	20	37	1.94
121425765--121426182	72	5.5	74	84	5	509	32	15	20	31	1.94
121427048--121427128	25	3.1	26	89	8	121	69	23	4	2	1.21
121427685--121427726	15	2.9	15	96	3	77	28	7	4	59	1.44
121427735--121427759	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
121427855--121427884	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
121427916--121427944	15	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
121428012--121428039	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
121430103--121430152	24	2.1	24	96	0	91	42	2	12	44	1.53
121430465--121430544	21	3.7	22	74	12	60	45	33	2	18	1.63
121430502--121430550	21	2.3	22	85	3	64	46	30	2	20	1.62
121434485--121434523	15	2.5	15	88	12	53	64	10	2	23	1.37
121437455--121437479	13	1.9	13	100	0	50	40	36	16	8	1.77
121442098--121442133	2	18.0	2	88	0	54	52	0	2	44	1.15
121446437--121446474	20	1.9	20	84	10	51	10	5	15	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121461461--121461521	32	1.9	32	100	0	122	37	13	14	34	1.85
121465007--121465065	21	2.7	22	89	5	84	28	11	15	44	1.82
121465007--121465071	22	3.0	22	88	6	89	29	12	13	44	1.81
121467243--121467276	6	5.7	6	100	0	68	17	17	29	35	1.93
121470392--121470438	20	2.4	19	80	19	53	40	0	2	57	1.11
121477332--121477369	14	2.7	14	91	0	67	47	0	0	52	1.00
121487884--121487910	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
121488386--121488412	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
121492378--121492409	15	2.1	15	94	0	55	18	0	0	81	0.70
121494884--121495059	46	3.8	46	73	14	173	21	19	29	30	1.97
121494878--121495051	93	1.9	93	90	2	278	21	18	29	29	1.97
121497854--121498065	49	4.6	46	81	11	152	29	25	14	30	1.95
121497889--121497987	49	2.0	48	94	1	171	30	27	14	28	1.95
121497950--121498115	47	3.6	47	91	0	253	30	26	15	28	1.96
121498134--121498344	31	6.8	31	86	0	278	28	27	17	27	1.98
121499513--121499679	35	4.6	35	84	7	192	33	23	10	31	1.89
121499508--121499679	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
121502644--121502675	8	4.0	8	100	0	64	25	12	12	50	1.75
121504344--121504406	20	3.2	20	76	12	69	55	3	1	39	1.25
121504345--121504395	20	2.6	20	85	11	70	52	3	1	41	1.31
121504431--121504489	30	2.0	30	83	12	77	59	1	1	37	1.18
121504399--121504483	36	2.7	30	82	15	86	56	3	2	37	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121504560--121504590	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
121506526--121506581	18	3.0	18	82	12	60	55	3	0	41	1.17
121506800--121506830	8	4.0	8	95	4	55	74	0	0	25	0.82
121506765--121506864	36	2.6	39	79	12	125	61	1	0	38	1.03
121508012--121508083	36	1.9	38	83	5	94	25	11	12	51	1.72
121514771--121514799	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
121515751--121515776	6	4.3	6	100	0	52	15	34	0	50	1.45
121521080--121521120	20	2.1	20	90	4	66	60	2	4	31	1.30
121525246--121525288	20	2.2	20	86	0	59	25	6	13	53	1.65
121527637--121527675	18	2.1	19	95	4	71	33	5	0	61	1.18
121528046--121528086	21	1.9	21	90	5	64	51	2	0	46	1.14
121528563--121528634	29	2.5	29	86	4	101	44	0	0	55	0.99
121528598--121528653	19	2.8	20	86	8	69	46	0	0	53	1.00
121528599--121528654	20	2.8	20	82	12	80	46	0	0	53	1.00
121532141--121532185	19	2.4	18	85	7	63	53	0	2	44	1.13
121532140--121532185	18	2.5	19	80	16	60	52	0	2	45	1.13
121545558--121545587	15	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
121545622--121545651	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
121546417--121546457	18	2.2	20	86	8	59	21	0	12	65	1.25
121547628--121547671	23	2.0	23	82	13	56	38	9	9	43	1.68
121550748--121550827	38	2.1	39	92	2	135	28	6	10	55	1.57
121551026--121551062	17	2.2	17	86	13	51	48	27	0	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121553563--121553597	13	2.7	13	90	0	52	28	2	22	45	1.67
121553755--121553820	28	2.2	30	82	12	84	42	1	1	54	1.18
121553755--121553815	30	2.1	28	85	11	79	42	1	1	54	1.20
121553821--121553881	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
121564741--121564813	36	2.0	36	97	0	137	23	15	13	47	1.80
121574022--121574062	20	2.0	20	100	0	82	24	24	4	46	1.72
121577597--121577661	32	2.0	32	96	0	121	30	4	24	40	1.75
121585623--121585673	25	2.0	25	84	0	66	58	5	0	35	1.22
121587961--121588009	20	2.5	20	87	12	68	22	10	4	63	1.43
121588546--121588796	131	1.9	132	88	2	380	28	19	19	31	1.97
121588546--121588827	131	2.1	132	85	1	379	30	19	18	32	1.95
121588554--121588901	131	2.7	131	79	7	348	27	19	19	33	1.96
121600781--121601130	44	7.9	44	83	5	434	30	16	28	25	1.96
121600781--121601130	137	2.6	132	83	7	456	30	16	28	25	1.96
121600781--121601130	181	2.0	175	84	4	459	30	16	28	25	1.96
121603968--121604003	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
121605378--121605605	46	5.0	47	89	3	322	21	23	15	39	1.91
121607740--121607791	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
121609955--121610003	20	2.5	20	87	12	68	22	10	4	63	1.43
121610540--121610790	131	1.9	132	88	2	380	28	19	19	31	1.97
121610540--121610821	131	2.1	132	85	1	379	30	19	18	32	1.95
121610548--121610895	131	2.7	131	79	7	348	27	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121613124--121613186	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
121614101--121614139	16	2.3	17	86	13	62	30	5	2	61	1.31
121628609--121628653	22	2.0	22	83	8	56	35	26	17	20	1.95
121630484--121630599	43	2.7	43	89	7	166	33	28	15	22	1.95
121634957--121635162	47	4.2	49	80	9	199	31	29	15	24	1.96
121637553--121637582	10	3.0	10	100	0	60	10	20	0	70	1.16
121638408--121638595	52	3.7	53	79	9	187	23	18	29	28	1.98
121638408--121638575	53	3.3	51	81	12	147	25	18	28	27	1.98
121644076--121644248	45	3.9	45	92	1	287	22	20	30	26	1.99
121649062--121649094	6	5.5	6	92	0	57	48	0	51	0	1.00
121652703--121652754	27	2.0	27	85	7	72	55	1	11	30	1.46
121652703--121652784	29	3.0	25	79	15	67	56	1	9	32	1.40
121652983--121653044	29	2.3	27	81	13	74	43	4	20	30	1.73
121653178--121653226	25	1.9	26	84	12	66	57	0	6	36	1.24
121656514--121656654	27	5.2	27	78	8	153	20	23	21	34	1.96
121656514--121656644	54	2.4	54	91	1	201	21	24	19	34	1.97
121665672--121665708	13	2.8	13	100	0	74	37	0	5	56	1.22
121673030--121673075	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
121673037--121673081	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
121693399--121693452	27	2.0	28	85	3	74	20	5	1	72	1.14
121693527--121693573	22	2.2	21	88	3	67	29	6	2	61	1.32
121693535--121693585	22	2.4	21	86	3	66	29	5	0	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121693763--121693816	24	2.2	24	90	3	81	51	9	11	27	1.67
121699792--121699910	60	2.0	59	80	9	134	36	16	7	39	1.77
121700595--121700633	16	2.4	16	82	0	60	20	10	17	51	1.74
121704221--121704327	53	2.0	53	98	0	205	27	13	19	40	1.88
121709887--121709924	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
121710410--121710434	9	2.8	9	100	0	50	8	8	0	84	0.79
121711749--121711792	22	2.0	22	100	0	88	31	4	9	54	1.52
121711815--121711839	12	2.1	12	100	0	50	16	40	8	36	1.77
121715579--121715615	18	2.1	18	90	10	58	35	27	8	29	1.85
121720329--121720355	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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