genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  232  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71709592--71709617	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
71715003--71715080	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71722693--71722770	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
71725546--71725610	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
71733438--71733502	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
71738815--71738925	40	2.7	41	83	2	143	36	24	14	25	1.93
71743945--71744261	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
71743945--71744261	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
71746190--71746401	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
71746384--71746561	43	4.1	43	96	0	311	14	21	32	31	1.93
71750301--71750617	47	6.7	47	91	2	465	31	7	31	29	1.85
71750301--71750617	96	3.3	93	88	6	465	31	7	31	29	1.85
71753369--71753469	40	2.5	40	91	0	166	34	24	17	22	1.96
71756937--71757157	40	5.6	40	86	4	279	24	27	22	26	2.00
71761237--71761414	38	4.6	37	82	8	189	33	26	19	21	1.97
71761237--71761431	76	2.5	76	85	6	232	32	26	19	22	1.97
71767105--71767332	50	4.8	46	73	13	135	27	20	28	23	1.99
71770725--71770916	40	4.8	40	85	3	224	24	27	23	25	2.00
71776815--71776847	17	1.9	17	100	0	66	54	15	0	30	1.41
71779323--71779356	15	2.3	15	100	0	68	17	35	20	26	1.95
71780754--71780817	27	2.4	27	84	2	76	28	18	14	39	1.90
71781067--71781101	16	2.2	16	89	0	52	28	37	20	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71783607--71783662	26	2.2	26	84	12	71	60	8	7	23	1.51
71789702--71789761	28	2.1	28	96	0	111	26	31	23	18	1.97
71795543--71795691	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71795584--71795691	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71810715--71810844	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
71810731--71810882	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
71810731--71810882	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
71815230--71815272	19	2.3	19	88	4	61	13	30	30	25	1.94
71818717--71818747	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
71819297--71819515	45	4.9	45	79	4	221	26	16	26	30	1.97
71826524--71826671	80	1.9	80	83	8	194	24	25	29	20	1.99
71826524--71826671	40	3.7	38	89	7	163	24	25	29	20	1.99
71826480--71826703	40	5.6	39	80	5	155	26	23	27	21	1.99
71826564--71826712	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
71828372--71828473	43	2.3	46	82	9	117	25	29	22	22	1.99
71828715--71828747	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
71834773--71834804	16	1.9	17	93	6	57	31	18	6	43	1.75
71840505--71840534	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
71840732--71841024	50	5.8	50	74	6	216	29	25	17	27	1.97
71842960--71843061	6	16.8	6	73	17	86	49	13	17	19	1.80
71842960--71843061	30	3.4	30	85	6	143	49	13	17	19	1.80
71843179--71843244	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71843179--71843252	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
71843203--71843260	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
71843562--71843644	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
71843671--71843701	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
71843843--71844030	27	7.0	27	86	0	250	23	20	19	35	1.96
71844047--71844455	27	15.1	27	81	5	452	41	9	21	26	1.84
71844033--71844450	108	3.9	108	86	4	506	41	10	20	27	1.84
71845698--71845729	15	2.1	15	100	0	64	46	6	18	28	1.73
71852659--71852916	46	5.5	44	73	12	164	24	28	17	29	1.98
71857009--71857149	29	4.9	29	96	2	250	29	31	14	24	1.94
71858694--71858863	92	1.8	93	91	1	279	27	28	21	22	1.99
71858689--71858860	46	3.7	46	77	14	183	28	27	21	22	1.99
71866210--71866381	45	3.8	46	75	17	162	29	29	19	20	1.97
71878220--71878272	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
71878229--71878327	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
71878229--71878335	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
71878327--71878455	27	4.8	26	88	4	159	31	24	5	38	1.78
71878257--71878654	27	14.7	27	77	8	155	37	20	8	33	1.82
71878270--71878641	54	6.9	54	76	5	198	36	20	8	34	1.83
71878432--71878570	53	2.6	54	86	5	201	38	21	8	30	1.84
71878387--71878660	27	10.1	27	79	7	160	37	18	8	35	1.81
71880032--71880086	11	5.4	11	70	16	55	34	12	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71880020--71880086	20	3.3	20	91	0	107	32	13	20	32	1.92
71880136--71880302	24	7.0	23	82	6	192	31	22	19	26	1.98
71880136--71880302	47	3.5	47	86	4	203	31	22	19	26	1.98
71880136--71880287	71	2.1	71	88	1	223	32	21	19	26	1.97
71880495--71880558	31	2.1	31	84	0	83	37	14	21	26	1.92
71888415--71888466	22	2.4	21	78	12	52	25	3	1	69	1.16
71896092--71896128	18	2.1	18	100	0	74	35	27	10	27	1.90
71902050--71902235	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
71919722--71919794	29	2.6	28	86	2	101	17	0	38	43	1.50
71919750--71919817	22	3.1	21	81	8	73	19	1	36	42	1.60
71919685--71919802	15	8.2	15	73	16	65	17	0	37	44	1.55
71919729--71919816	14	6.1	14	77	7	70	20	1	37	40	1.60
71919834--71920321	202	2.4	202	91	4	772	25	2	27	43	1.69
71920211--71920266	21	2.7	21	86	2	78	25	1	33	39	1.66
71920231--71920300	28	2.4	29	81	11	90	25	1	31	41	1.64
71923488--71923517	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
71924991--71925096	30	3.4	30	76	14	124	43	16	2	37	1.62
71924965--71925115	64	2.4	64	89	2	234	45	14	2	37	1.59
71925041--71925250	46	4.6	46	84	7	277	46	14	3	35	1.63
71925172--71925281	16	6.9	16	77	8	107	47	16	2	33	1.61
71925065--71925240	87	2.0	88	92	1	291	47	13	3	35	1.61
71924965--71925285	9	36.1	9	67	18	93	46	14	3	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71934304--71934382	31	2.5	32	81	6	90	17	5	18	58	1.57
71934918--71934952	17	2.0	18	88	5	54	14	31	0	54	1.40
71937513--71937572	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
71937569--71937606	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
71938346--71938403	27	2.1	27	83	0	71	20	20	22	36	1.95
71938427--71938490	27	2.3	29	76	15	73	31	10	18	39	1.86
71939052--71939100	21	2.3	21	82	3	62	81	4	14	0	0.83
71940369--71940495	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
71948181--71948292	40	2.8	38	83	10	127	25	25	28	21	1.99
71954073--71954192	39	3.1	39	97	0	222	23	31	24	20	1.98
71960783--71960864	39	2.1	39	95	0	146	23	31	24	20	1.98
71964588--71964647	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
71964616--71964750	67	2.0	67	82	2	162	29	20	28	20	1.98
71964685--71964735	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
71965754--71965813	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
71965782--71965912	67	1.9	67	82	3	163	32	20	28	19	1.97
71965851--71965901	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
71966391--71966458	34	2.0	34	97	0	127	30	32	11	25	1.91
71966629--71966728	27	3.7	27	73	0	83	30	8	25	37	1.84
71968033--71968145	43	2.7	43	82	6	124	28	16	24	30	1.97
71968956--71968999	22	2.0	22	100	0	88	31	4	27	36	1.77
71973817--71973983	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71981826--71981992	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
71987135--71987334	59	3.3	59	61	10	134	30	7	26	37	1.83
71987043--71987503	123	3.8	123	96	0	834	29	10	25	34	1.89
71987043--71987503	245	1.9	246	95	0	834	29	10	25	34	1.89
71987472--71987675	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
71994686--71994878	64	3.1	64	60	15	150	28	10	26	34	1.90
71994536--71994996	123	3.8	123	96	0	825	29	10	25	33	1.90
71994965--71995208	40	6.1	40	87	1	292	24	21	27	27	1.99
71998188--71998238	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
71998880--71998948	27	2.6	27	80	0	75	26	17	24	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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