genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79343872--79343935	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79344872--79344938	29	2.3	29	82	7	73	47	2	19	29	1.64
79354353--79354380	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
79354802--79354849	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79354897--79354952	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
79354886--79354952	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
79355001--79355130	24	5.4	24	87	7	192	30	20	20	28	1.97
79355337--79355400	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79356660--79356704	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
79358525--79358871	91	3.8	92	89	1	493	42	13	23	20	1.88
79358539--79358871	137	2.4	137	86	2	481	42	14	23	20	1.88
79358525--79358871	46	7.6	46	90	1	484	42	13	23	20	1.88
79358535--79358906	137	2.7	136	83	5	457	42	14	22	20	1.88
79359169--79359201	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
79361974--79362029	11	4.9	11	85	8	67	33	0	1	64	1.04
79363229--79363575	91	3.8	92	87	1	464	42	13	23	20	1.88
79363243--79363575	137	2.4	136	85	2	452	42	14	23	20	1.88
79363229--79363575	46	7.6	46	90	1	457	42	13	23	20	1.88
79363239--79363610	137	2.7	136	81	5	430	42	14	22	20	1.88
79363873--79363905	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
79364797--79364855	25	2.4	24	78	10	66	23	23	22	30	1.99
79365064--79365360	27	11.0	27	85	2	285	27	20	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79365084--79365360	54	5.1	54	85	1	367	28	20	16	35	1.94
79365085--79365360	109	2.5	108	84	4	394	28	20	15	35	1.93
79365381--79365656	27	10.3	26	79	6	223	28	8	22	39	1.84
79365381--79365663	54	5.3	54	86	2	347	29	8	22	38	1.85
79365381--79365647	107	2.5	107	87	3	349	29	8	22	38	1.85
79365424--79365663	27	8.9	27	83	0	275	29	8	23	39	1.84
79367859--79367928	25	2.8	25	91	0	113	22	24	27	25	2.00
79368146--79368434	27	10.7	27	82	5	282	28	18	16	37	1.92
79368159--79368434	54	5.1	54	81	5	315	27	18	15	38	1.91
79368148--79368417	136	2.0	136	88	2	400	26	19	16	37	1.93
79368479--79368739	54	4.8	54	87	0	335	29	9	21	40	1.84
79368479--79368732	81	3.1	80	80	2	276	28	9	21	40	1.83
79368479--79368739	27	9.7	27	80	0	243	29	9	21	40	1.84
79374603--79374700	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
79382317--79382341	12	2.1	12	100	0	50	32	8	32	28	1.86
79384464--79384515	12	4.3	12	90	0	68	55	0	3	40	1.18
79384466--79384510	2	22.5	2	93	0	72	53	0	2	44	1.13
79384505--79384690	90	2.1	90	100	0	372	36	3	12	47	1.58
79390248--79390283	14	2.6	14	91	4	56	0	13	0	86	0.58
79391805--79391834	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
79402894--79402968	28	2.7	28	89	0	114	25	10	33	30	1.90
79404931--79405028	37	2.7	38	86	10	134	30	17	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79404999--79405227	42	5.3	42	78	6	206	27	16	26	29	1.97
79404997--79405160	90	1.8	90	83	0	220	27	15	27	29	1.96
79406233--79406335	47	2.2	47	94	0	179	21	12	11	54	1.69
79410199--79410282	31	2.7	31	92	1	143	22	26	17	33	1.96
79410595--79410633	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
79410595--79410634	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
79410674--79410722	25	2.0	25	87	0	71	26	16	22	34	1.95
79419870--79419944	28	2.7	28	85	0	96	24	9	33	33	1.87
79423330--79423372	21	2.0	21	100	0	86	23	13	9	53	1.69
79426017--79426078	30	2.1	30	90	0	97	43	16	9	30	1.80
79427989--79428028	21	1.9	21	94	0	71	25	30	35	10	1.88
79429220--79429468	46	5.3	46	75	12	197	22	29	20	27	1.98
79439270--79440155	440	2.0	442	95	0	1605	23	31	21	23	1.99
79446001--79446201	40	5.0	40	86	1	253	23	21	26	27	1.99
79447918--79448117	27	7.4	27	84	2	213	35	19	19	26	1.95
79455483--79455655	27	6.4	27	86	1	177	36	18	18	26	1.94
79458871--79459045	89	2.0	89	91	0	287	25	27	20	26	1.99
79460811--79460960	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79460835--79461018	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79463606--79463714	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
79463759--79463904	48	3.0	48	90	0	220	30	27	6	35	1.83
79467653--79467832	94	1.9	92	84	4	236	25	28	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79470270--79470370	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79470299--79470370	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79478019--79478119	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79478048--79478119	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79484327--79484534	40	5.2	40	81	2	202	25	21	27	25	1.99
79486040--79486211	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
79486032--79486207	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
79495116--79495323	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
79499058--79499116	27	2.2	27	87	0	82	25	32	23	18	1.97
79502444--79502474	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
79505733--79505901	80	2.1	80	82	7	202	25	21	26	26	1.99
79505734--79505878	40	3.6	40	83	9	188	24	22	27	26	1.99
79513826--79513994	80	2.1	80	82	7	202	25	21	26	26	1.99
79513827--79513971	40	3.6	40	83	9	188	24	22	27	26	1.99
79515445--79515495	12	4.2	12	76	18	52	41	1	1	54	1.22
79520349--79520591	39	6.2	39	91	0	380	23	32	20	24	1.98
79524858--79524921	31	2.1	31	100	0	128	21	15	7	54	1.66
79526195--79526232	20	2.0	20	84	5	51	31	7	21	39	1.82
79526548--79526615	19	3.4	19	71	11	55	39	1	4	54	1.30
79529441--79529470	13	2.3	13	94	0	51	66	0	13	20	1.24
79531047--79531187	50	2.8	50	84	5	162	46	11	9	31	1.73
79531220--79531302	32	2.6	33	83	9	109	55	12	8	24	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79531207--79531438	116	2.0	116	97	0	437	50	12	9	27	1.70
79532281--79532323	13	3.3	12	76	17	50	48	9	0	41	1.35
79543017--79543202	40	4.7	39	83	5	187	24	20	27	26	1.99
79543071--79543235	79	2.1	79	80	6	183	25	19	27	27	1.99
79545693--79545778	35	2.5	35	86	3	120	22	17	20	39	1.92
79549928--79549991	32	2.0	32	93	0	110	26	18	9	45	1.80
79551846--79551903	19	2.9	19	82	5	62	43	13	10	32	1.78
79562546--79562597	20	2.6	20	81	0	59	50	9	5	34	1.59
79564618--79564657	21	2.0	21	85	5	55	22	30	35	12	1.91
79565854--79566212	48	7.6	48	70	12	185	25	27	18	28	1.98
79572376--79572415	21	2.0	21	90	5	64	20	32	37	10	1.85
79573649--79573867	48	4.6	48	73	10	155	28	28	17	26	1.97
79573835--79573963	46	2.8	46	78	5	136	23	30	20	26	1.98
79582262--79582334	27	2.8	25	82	10	83	28	15	12	43	1.82
79582476--79582510	12	2.9	12	91	0	52	25	22	0	51	1.48
79584605--79584770	73	2.3	71	95	4	314	18	28	17	35	1.94
79587798--79587872	33	2.3	33	77	13	82	25	26	17	30	1.97
79592415--79592441	14	1.9	14	100	0	54	14	11	14	59	1.62
79597331--79597365	18	1.9	18	94	0	61	5	14	0	80	0.89
79602846--79602878	11	3.1	11	91	4	50	63	6	0	30	1.18
79603061--79603101	21	2.0	21	85	9	57	36	7	0	56	1.27
79603379--79603409	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79610966--79611008	22	1.9	23	90	4	70	23	4	6	65	1.37
79614601--79614646	8	5.9	8	82	14	51	58	0	0	41	0.98
79614610--79614644	8	4.7	7	93	6	52	57	0	0	42	0.99
79614601--79614644	23	1.9	23	90	0	70	59	0	0	40	0.98
79620103--79620175	33	2.2	33	95	0	128	43	6	17	31	1.75
79620525--79620569	15	2.8	16	83	6	56	26	0	24	48	1.51
79620602--79620739	39	3.5	39	95	0	240	28	2	21	46	1.66
79620631--79620697	17	3.7	17	70	25	57	28	1	23	46	1.61
79620648--79620757	39	2.8	38	88	1	94	31	3	20	43	1.69
79621404--79621428	12	2.1	12	100	0	50	24	8	20	48	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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