genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84718973--84719148	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
84721522--84721609	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
84721522--84721600	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
84721533--84721609	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
84724537--84724707	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
84724529--84724709	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
84734766--84734895	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
84742757--84742881	39	3.3	39	78	10	134	20	25	29	24	1.99
84745661--84745848	70	2.6	70	84	5	234	25	14	23	36	1.93
84745753--84746065	126	2.5	127	95	1	558	25	16	22	34	1.95
84746141--84746175	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
84746005--84746249	91	2.7	90	84	4	307	25	17	22	34	1.96
84746155--84746871	74	9.1	75	73	14	354	29	18	19	32	1.96
84746088--84746650	165	3.4	165	92	1	882	28	19	20	32	1.97
84746507--84747013	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
84746485--84747013	77	6.7	76	76	11	426	29	17	18	35	1.94
84746865--84746900	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
84746995--84747056	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
84746646--84747224	254	2.3	247	84	6	742	27	16	18	36	1.93
84747870--84747905	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
84747872--84747905	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
84747877--84747961	33	2.5	32	75	9	89	76	10	8	4	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84772020--84772092	33	2.2	32	78	7	76	52	15	2	30	1.57
84772761--84772787	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
84775307--84775384	39	2.0	39	94	0	138	29	20	8	41	1.83
84777501--84777532	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
84779349--84779454	53	2.0	53	98	0	203	31	15	19	33	1.93
84779669--84779698	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
84779720--84780062	87	3.9	87	86	3	456	23	24	20	32	1.98
84792386--84792417	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
84794351--84794409	28	2.1	27	93	0	82	25	18	8	47	1.77
84795964--84796021	29	2.0	29	100	0	116	37	13	17	31	1.89
84798078--84798195	42	2.7	43	79	6	132	33	20	17	28	1.96
84802511--84802639	40	3.2	40	80	9	142	24	28	24	22	1.99
84803535--84803595	28	2.1	29	96	3	115	32	22	16	27	1.96
84810381--84810547	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
84812328--84812718	196	2.0	194	94	3	696	25	23	20	29	1.99
84819507--84819541	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
84821066--84821117	24	2.2	24	92	0	86	55	7	1	34	1.39
84835813--84835983	91	1.9	91	88	2	263	25	19	15	40	1.90
84836242--84836376	28	4.8	28	73	8	112	24	34	14	27	1.94
84836237--84836337	29	3.5	29	77	4	98	25	33	13	26	1.94
84843489--84843534	23	2.0	23	100	0	92	47	0	0	52	1.00
84843575--84843612	20	1.9	19	89	5	58	55	10	2	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84843431--84843604	83	2.1	82	80	8	183	45	5	4	44	1.44
84843789--84843829	20	2.1	20	90	4	66	51	0	0	48	1.00
84846713--84846766	18	2.8	18	75	21	56	70	1	3	24	1.13
84849974--84850193	49	4.5	49	92	1	354	30	8	30	30	1.87
84850295--84850416	37	3.3	37	95	0	217	26	19	32	21	1.97
84853548--84853665	60	1.9	61	93	3	202	33	10	22	34	1.87
84857268--84857335	31	2.2	31	83	0	82	44	11	10	33	1.75
84864513--84865100	130	4.5	130	83	3	682	32	17	12	38	1.86
84866172--84866231	29	2.1	29	96	0	111	33	23	16	26	1.96
84866180--84866241	29	2.1	29	87	0	88	30	25	16	27	1.96
84868567--84868713	72	2.0	73	97	1	278	41	8	19	30	1.81
84890857--84890922	31	2.1	31	85	0	87	45	12	9	33	1.73
84901789--84901874	41	2.0	43	86	4	122	29	26	19	24	1.99
84901928--84902010	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
84902246--84902365	21	5.7	21	81	7	145	2	48	20	29	1.62
84907804--84908120	9	35.7	9	66	18	85	36	3	15	44	1.65
84907786--84907860	34	2.2	33	79	11	80	37	2	14	45	1.59
84907808--84908107	16	19.0	16	65	17	92	36	4	15	44	1.65
84907903--84907967	33	2.0	33	90	0	103	38	4	12	44	1.63
84907946--84908017	21	3.2	21	72	14	72	33	4	15	47	1.64
84907985--84908090	30	3.4	30	76	10	122	37	2	16	42	1.64
84907938--84908040	46	2.2	45	89	5	161	33	4	16	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84908009--84908120	30	3.5	32	77	13	113	38	1	16	42	1.59
84907968--84908120	64	2.4	63	89	3	229	36	2	16	43	1.62
84908078--84908107	15	2.0	15	93	0	51	36	0	16	46	1.47
84908140--84908173	17	2.0	17	94	0	59	38	2	5	52	1.41
84909601--84909630	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
84912876--84912978	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
84920838--84920940	29	3.6	28	78	5	107	22	16	32	29	1.96
84923703--84923755	21	2.6	21	90	3	81	41	33	1	22	1.65
84923668--84923735	28	2.4	29	82	7	77	41	29	1	27	1.65
84923722--84923790	28	2.5	28	81	9	79	46	36	1	15	1.56
84923885--84923930	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
84923962--84924072	7	15.4	7	72	19	77	41	41	0	17	1.49
84923971--84924109	57	2.4	57	95	0	242	42	41	0	15	1.52
84924014--84924096	14	5.9	14	69	18	64	40	43	0	15	1.47
84926855--84927110	55	4.8	54	80	7	240	22	25	16	35	1.95
84931901--84931945	23	1.9	24	86	13	67	22	24	8	44	1.81
84932022--84932268	55	4.7	53	79	9	222	21	24	17	36	1.94
84932071--84932268	108	1.8	111	86	5	296	21	24	17	36	1.94
84941134--84941166	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
84941292--84941354	30	2.1	30	96	0	117	60	12	0	26	1.33
84942212--84942392	66	2.8	65	83	5	222	48	14	23	12	1.79
84946368--84946415	18	2.5	19	80	12	55	56	4	0	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84946355--84946416	27	2.2	29	86	11	85	58	4	0	37	1.20
84946384--84946419	19	1.9	19	88	5	56	55	5	0	38	1.23
84957072--84957155	42	2.0	42	88	4	125	46	10	10	32	1.73
84957074--84957169	42	2.3	42	83	3	113	47	10	7	34	1.65
84957186--84957226	19	2.2	18	95	4	73	41	14	2	41	1.59
84960923--84961012	42	2.1	42	89	0	135	52	13	4	30	1.60
84961004--84961032	11	2.6	11	100	0	58	68	0	0	31	0.89
84961034--84961073	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
84965650--84965927	135	2.1	135	87	1	396	35	12	19	32	1.89
84967097--84967202	26	4.1	26	95	0	185	32	6	24	36	1.81
84968381--84968410	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
84968796--84968933	27	5.1	27	80	11	167	19	25	21	34	1.96
84968797--84968927	54	2.4	54	93	1	219	19	25	21	32	1.97
84968799--84968954	81	1.9	80	82	8	192	21	25	19	33	1.97
84973847--84973951	26	4.2	26	91	7	180	31	5	25	37	1.80
84973847--84973944	49	2.0	50	97	2	189	31	4	26	37	1.75
84975559--84975702	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
84975562--84975720	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
84975562--84975720	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
84980619--84980726	26	4.2	26	92	0	171	31	6	25	37	1.81
84981905--84981934	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
84982270--84982413	54	2.7	54	94	2	245	17	24	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84982273--84982413	27	5.2	27	85	10	182	17	24	23	34	1.96
84983601--84983667	32	2.1	31	86	13	93	32	11	25	29	1.92
84986500--84986581	41	2.0	41	97	0	155	37	2	15	43	1.60
84989678--84989727	25	2.0	25	96	0	91	36	6	32	26	1.81
84993610--84993805	80	2.4	79	80	6	198	24	22	28	23	1.99
84993612--84993795	40	4.6	39	78	6	156	26	23	27	23	2.00
84993656--84993840	80	2.3	80	79	3	185	21	24	30	23	1.99
84996019--84996158	48	2.9	48	88	2	192	26	18	26	28	1.98
84997406--84997440	13	2.7	13	100	0	70	8	22	37	31	1.85
85000575--85000619	20	2.4	19	86	13	67	22	4	6	66	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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