genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  152  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46114310--46114340	15	2.0	16	93	6	55	67	0	25	6	1.14
46117526--46117596	29	2.5	28	84	6	88	35	9	7	47	1.64
46124789--46124964	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
46124797--46124968	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
46126467--46126508	8	5.4	8	77	5	50	61	2	2	33	1.21
46127412--46127445	13	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
46131295--46131351	30	1.9	30	88	0	87	17	28	26	28	1.98
46133614--46133640	14	1.9	14	100	0	54	18	7	7	66	1.40
46148401--46148566	40	4.2	40	80	4	178	25	21	27	25	2.00
46153500--46153694	40	4.9	40	88	1	257	25	25	26	23	2.00
46153504--46153710	80	2.6	80	85	1	290	24	25	26	23	2.00
46159889--46160092	40	5.2	39	80	9	229	25	22	27	25	2.00
46168019--46168225	40	5.2	39	83	7	240	24	21	28	25	1.99
46168019--46168225	79	2.6	79	83	4	265	24	21	28	25	1.99
46174946--46174983	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
46176609--46176677	27	2.6	27	93	4	113	46	26	8	18	1.78
46182022--46182053	6	5.3	6	92	0	55	0	50	0	50	1.00
46182865--46182901	13	2.8	13	87	0	56	40	2	10	45	1.53
46184746--46184858	54	2.1	54	80	3	120	26	20	21	31	1.98
46184759--46185036	54	5.2	54	79	4	258	26	17	17	37	1.93
46184759--46184976	27	8.1	27	84	1	240	25	19	17	36	1.94
46184976--46185086	27	4.1	27	84	2	134	28	9	20	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46184938--46185086	80	1.9	81	81	7	187	27	10	20	42	1.84
46184963--46185088	54	2.4	54	84	5	157	27	9	21	41	1.84
46184990--46185248	27	9.6	27	81	2	182	32	8	23	35	1.85
46185068--46185248	81	2.2	81	78	1	202	34	8	24	32	1.85
46192692--46192748	28	2.0	28	96	0	105	29	28	7	35	1.83
46196730--46196828	49	2.0	49	98	0	189	38	23	12	26	1.90
46197037--46197293	40	6.4	40	86	2	356	45	28	13	12	1.80
46198262--46198307	23	2.0	23	95	0	83	50	0	0	50	1.00
46199718--46199765	21	2.2	21	81	3	60	18	10	12	58	1.62
46206738--46206908	39	4.3	40	90	3	224	24	20	29	25	1.99
46215005--46215072	32	2.1	32	86	0	91	30	11	8	48	1.70
46221769--46221814	16	2.9	15	82	17	58	34	6	13	45	1.69
46222665--46222730	23	3.2	23	60	28	56	34	4	22	37	1.75
46222656--46222734	39	2.0	39	100	0	158	36	5	20	37	1.75
46226433--46226502	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
46234256--46234325	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
46240105--46240226	48	2.6	48	86	1	165	21	16	29	32	1.95
46248534--46248945	205	2.0	205	96	0	752	23	28	21	26	1.99
46250339--46250429	37	2.4	37	92	1	155	25	32	17	24	1.97
46250516--46250851	49	6.9	49	95	0	595	30	28	8	32	1.87
46261415--46261590	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
46261412--46261583	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46269348--46269374	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
46273755--46273935	40	4.6	40	80	8	192	27	28	18	24	1.98
46273783--46273935	78	1.9	80	84	5	204	26	28	18	25	1.98
46273940--46274184	122	2.0	122	97	0	463	35	24	9	29	1.88
46281964--46282144	77	2.3	80	79	9	212	25	28	20	24	1.99
46281964--46282144	40	4.7	40	81	9	207	25	28	20	24	1.99
46289992--46290306	46	6.7	50	75	17	186	28	20	29	21	1.98
46290033--46290303	46	5.8	47	75	13	220	27	19	30	21	1.98
46297520--46297648	47	2.7	47	79	14	158	28	17	29	24	1.97
46299233--46299299	33	2.0	33	100	0	134	23	14	29	31	1.95
46305103--46305205	40	2.6	40	84	0	134	28	27	23	21	1.99
46312486--46312692	40	5.2	40	79	5	195	24	26	23	25	2.00
46312486--46312691	79	2.6	80	80	4	220	24	26	23	25	2.00
46321177--46321280	43	2.6	37	82	15	113	24	24	29	22	1.99
46326887--46327037	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
46326924--46327053	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
46334893--46335043	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
46334930--46335059	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
46352321--46352355	13	2.7	13	95	0	61	62	5	0	31	1.18
46352565--46352624	20	3.0	20	88	7	86	36	16	25	21	1.94
46353934--46353970	19	2.1	19	90	10	60	27	5	5	62	1.39
46355154--46355187	14	2.4	14	90	0	50	55	0	2	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46359611--46359714	32	3.2	32	67	17	97	21	19	13	46	1.84
46359583--46359684	32	3.2	31	65	17	82	25	13	18	42	1.87
46359588--46359717	65	2.0	65	100	0	260	23	16	15	44	1.86
46362785--46362819	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
46362818--46362864	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
46382352--46382421	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
46382352--46382433	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
46385107--46385340	50	4.7	50	79	4	247	26	18	25	29	1.98
46385100--46385281	101	1.8	101	88	0	283	25	19	25	29	1.99
46385885--46386222	180	1.9	180	81	3	421	39	8	18	33	1.80
46388652--46388688	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
46388760--46388808	5	10.0	5	95	4	91	59	0	0	40	0.98
46388757--46388859	15	6.7	15	71	19	70	51	0	2	44	1.23
46388987--46389023	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
46389095--46389139	5	9.0	5	90	0	72	57	2	2	37	1.23
46389092--46389190	15	6.7	15	71	18	66	50	2	4	43	1.32
46389319--46389355	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
46388573--46389916	317	4.0	332	93	5	2288	32	13	7	45	1.73
46389636--46389672	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
46389744--46389813	5	14.0	5	93	0	122	58	1	1	38	1.16
46389738--46389864	15	8.4	15	78	13	95	51	1	3	43	1.27
46390513--46390579	35	1.9	35	96	0	125	49	14	20	14	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46390573--46390685	40	2.8	38	72	6	100	34	19	23	22	1.96
46398573--46398689	27	4.3	27	86	2	137	21	20	18	39	1.93
46398681--46398808	27	4.7	27	86	2	168	39	14	13	33	1.84
46407649--46407702	21	2.6	21	88	5	83	46	20	18	14	1.84
46407674--46407760	41	2.1	42	82	6	106	43	13	20	21	1.87
46412665--46412814	42	3.6	42	80	8	180	32	16	22	28	1.96
46414293--46414387	43	2.2	42	79	5	102	34	14	24	26	1.94
46421109--46421316	40	5.2	39	82	1	209	25	25	23	25	2.00
46421109--46421314	80	2.6	81	84	3	247	24	26	23	25	2.00
46433357--46433449	32	2.8	34	77	14	104	27	22	22	26	1.99
46435274--46435346	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
46437028--46437084	26	2.2	26	80	3	60	29	19	15	35	1.93
46439615--46439686	34	2.1	35	82	7	85	20	25	11	43	1.85
46440074--46440106	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
46440861--46440924	33	2.0	33	84	9	87	28	26	20	25	1.99
46447832--46447870	20	2.1	19	85	9	53	5	25	15	53	1.62
46457533--46457570	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
46459196--46459250	28	2.0	28	100	0	110	47	21	10	20	1.80
46465531--46465568	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
46467189--46467242	26	2.1	26	100	0	108	50	20	11	18	1.77
46469994--46470142	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
46470035--46470142	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46478062--46478210	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
46478103--46478210	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
46497687--46497721	13	2.7	13	100	0	70	5	25	51	17	1.67
46509333--46509376	21	2.1	21	83	8	54	50	13	0	36	1.42
46509326--46509386	19	3.2	18	77	20	61	40	14	1	42	1.56
46509354--46509641	146	2.0	147	88	3	438	41	11	4	42	1.60
46511801--46511854	27	2.0	27	100	0	108	25	14	3	55	1.56
46511876--46511908	13	2.5	13	90	9	50	15	21	0	63	1.30
46511876--46511907	7	4.9	7	88	11	50	15	21	0	62	1.32
46513117--46513217	52	1.9	52	93	0	175	18	16	20	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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