genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  228  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70257508--70257576	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
70260574--70260703	50	2.6	49	87	3	181	30	28	16	24	1.97
70262764--70262871	37	2.9	37	94	0	189	24	32	19	24	1.98
70262916--70263659	48	15.0	48	85	8	938	30	28	6	35	1.82
70263240--70263285	24	1.9	24	100	0	92	32	26	4	36	1.76
70263190--70263333	72	2.0	72	97	0	270	30	27	5	36	1.80
70270380--70270604	40	5.6	40	85	2	299	24	24	27	24	2.00
70270380--70270640	80	3.3	80	85	1	319	25	23	26	24	2.00
70278568--70278792	40	5.6	40	84	2	290	25	24	27	22	2.00
70278568--70278819	80	3.2	80	83	3	303	25	24	26	23	2.00
70278568--70278792	120	1.9	121	86	2	328	25	24	27	22	2.00
70287038--70287241	40	5.1	40	89	2	286	22	24	26	25	2.00
70295140--70295353	39	5.5	40	87	6	280	23	24	28	23	2.00
70295140--70295320	79	2.3	80	90	3	280	22	25	28	23	1.99
70296723--70296894	93	1.8	93	87	2	256	21	22	28	27	1.99
70299717--70299767	15	3.5	15	86	2	68	9	17	11	60	1.57
70302148--70302321	46	3.8	46	80	11	212	22	21	28	28	1.99
70306236--70306346	54	2.1	54	98	0	213	36	21	9	32	1.85
70312993--70313149	42	3.7	42	81	5	172	29	26	14	29	1.95
70314921--70314997	29	2.7	29	83	4	93	27	23	10	38	1.87
70314886--70314997	58	1.9	58	82	7	138	25	24	12	38	1.90
70319691--70319895	40	5.2	40	89	4	308	27	26	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70321321--70321348	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
70326485--70326587	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
70334284--70334386	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
70338614--70338819	40	5.2	40	92	1	335	27	27	22	22	1.99
70339845--70339872	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
70341086--70341207	43	2.9	42	74	13	124	28	25	13	31	1.94
70349884--70350067	43	4.3	43	80	6	196	26	16	25	32	1.96
70349884--70350017	44	3.1	44	87	5	177	24	16	26	32	1.96
70353464--70353588	64	2.0	64	93	0	214	33	8	15	42	1.78
70354680--70354815	43	3.2	43	76	8	109	27	18	26	27	1.98
70359054--70359143	46	2.0	46	82	8	112	54	6	4	34	1.47
70362060--70362198	40	3.5	40	81	6	142	24	25	28	22	2.00
70362008--70362189	78	2.3	80	81	6	201	24	24	27	23	2.00
70363594--70363623	12	2.5	12	100	0	60	33	40	20	6	1.78
70374885--70375015	40	3.3	40	84	2	165	25	18	25	30	1.98
70390477--70390645	48	3.6	48	83	3	225	29	18	27	23	1.98
70393740--70393923	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
70393780--70393968	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70401757--70401909	40	3.9	39	78	10	134	28	22	26	22	1.99
70401796--70401907	39	2.8	38	85	9	136	25	23	28	23	1.99
70401801--70401948	79	1.9	79	82	2	190	22	23	30	23	1.99
70406213--70406356	40	3.7	38	79	8	137	24	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70406214--70406396	79	2.3	81	79	5	194	22	24	29	22	1.99
70414282--70414385	40	2.7	39	84	3	120	26	25	27	20	1.99
70432835--70432903	36	1.9	36	85	5	95	37	17	20	24	1.93
70433875--70433909	14	2.4	15	90	4	54	22	2	0	74	0.95
70433978--70434064	30	3.2	30	67	24	91	42	16	26	14	1.87
70436106--70436140	13	2.6	14	90	4	54	34	5	14	45	1.68
70440900--70441161	47	5.6	46	75	9	210	29	19	27	23	1.98
70440895--70441161	94	2.9	91	85	5	340	29	19	27	23	1.98
70444004--70444043	21	1.9	21	84	0	53	42	10	17	30	1.82
70445793--70446002	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
70453927--70454136	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
70456029--70456055	13	2.1	13	100	0	54	51	14	22	11	1.73
70457472--70457638	49	3.6	46	76	7	149	25	28	19	26	1.99
70457424--70457781	46	7.6	48	73	10	199	25	27	19	27	1.99
70473970--70474008	19	2.1	19	95	0	69	25	28	12	33	1.93
70475101--70475249	41	3.6	42	87	4	200	23	18	28	28	1.98
70475101--70475300	40	4.9	40	85	6	194	24	19	28	29	1.98
70476774--70476833	27	2.3	26	85	2	75	40	20	16	23	1.91
70476830--70476861	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
70483719--70483768	17	3.1	17	77	16	52	68	2	4	26	1.18
70484127--70484186	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95
70489634--70489748	43	2.7	42	81	11	128	26	19	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70489639--70489748	42	2.6	42	81	13	120	27	20	24	28	1.99
70501491--70501577	24	3.6	24	100	0	174	35	26	17	20	1.95
70507497--70507639	51	3.0	51	72	16	133	32	25	16	25	1.96
70509498--70509547	24	2.1	24	100	0	100	46	20	4	30	1.69
70510778--70510821	15	2.9	15	86	10	63	56	15	15	11	1.66
70510781--70510840	15	4.1	14	79	16	50	56	18	10	15	1.66
70513396--70513500	53	2.0	53	84	0	138	19	25	19	36	1.95
70515452--70515571	47	2.6	46	85	10	165	30	19	25	24	1.98
70515452--70515662	93	2.3	94	83	5	250	30	18	26	24	1.98
70523513--70523623	32	3.5	32	78	0	132	28	28	18	24	1.98
70526229--70526292	27	2.4	27	75	0	74	37	23	7	31	1.83
70526283--70526406	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
70526283--70526406	54	2.3	54	92	0	203	41	20	7	30	1.79
70526283--70526435	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
70526389--70526450	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
70526283--70526433	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
70527071--70527139	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
70533817--70533852	18	2.0	18	94	0	63	41	5	22	30	1.76
70535884--70536051	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
70543894--70544138	39	6.2	40	80	4	266	26	22	26	24	2.00
70543894--70544138	79	3.1	78	88	4	332	26	22	26	24	2.00
70543894--70544111	118	1.8	118	85	3	305	27	22	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70547976--70548236	93	2.7	95	79	9	259	32	19	26	21	1.97
70547976--70548192	46	4.6	47	74	11	160	29	19	28	22	1.98
70550232--70550489	49	5.3	49	91	2	389	29	30	7	32	1.85
70559129--70559304	46	3.8	46	76	14	173	19	19	30	30	1.97
70559125--70559295	93	1.8	93	89	2	272	20	19	30	29	1.97
70559455--70559868	207	2.0	207	98	0	792	30	12	18	39	1.87
70562453--70562528	15	5.1	15	78	7	75	10	18	14	56	1.66
70564900--70565075	46	3.8	46	78	11	189	19	21	28	30	1.98
70564896--70565067	93	1.8	93	90	2	274	20	21	29	29	1.98
70568085--70568506	212	2.0	212	94	0	745	35	22	17	24	1.96
70574239--70574276	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
70583922--70584064	51	3.0	48	81	9	161	32	29	16	21	1.95
70583980--70584065	43	2.0	43	90	0	136	30	32	17	19	1.95
70583980--70584094	43	2.7	43	84	1	133	31	31	15	21	1.95
70590517--70590720	40	5.1	40	91	2	295	25	28	23	22	1.99
70595443--70595480	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70595708--70595876	46	3.7	46	78	12	184	28	28	19	22	1.98
70595709--70595879	93	1.8	93	89	2	272	28	29	19	22	1.98
70596299--70596358	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
70599065--70599246	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
70599065--70599246	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
70603144--70603240	39	2.5	39	83	3	108	46	19	3	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70607657--70607765	37	2.9	37	91	0	173	27	30	18	23	1.98
70607913--70608049	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
70608023--70608311	47	6.1	47	91	3	443	26	30	12	31	1.92
70608023--70608311	145	2.0	141	93	2	488	26	30	12	31	1.92
70608023--70608289	98	2.8	98	92	2	425	26	29	12	31	1.93
70608237--70608312	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
70615525--70615554	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
70632172--70632648	49	9.9	49	94	1	790	34	9	27	28	1.88
70632172--70632648	143	3.3	143	95	1	819	34	9	27	28	1.88
70632640--70632791	48	3.2	48	94	0	268	33	5	28	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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