genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  234  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72247104--72247181	24	3.2	24	67	16	70	34	3	17	43	1.68
72247021--72247250	50	4.6	50	82	8	238	28	6	21	43	1.78
72247855--72247883	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
72249615--72249766	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
72249615--72249766	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
72255727--72255856	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
72257859--72257890	11	2.9	11	95	0	55	46	6	28	18	1.73
72261420--72261582	50	3.3	50	88	3	222	26	8	21	42	1.81
72262438--72262476	2	20.0	2	89	5	62	46	0	0	53	1.00
72262701--72262766	33	2.0	33	100	0	132	27	3	27	42	1.70
72264286--72264491	40	5.2	39	93	2	306	27	27	22	22	1.99
72265869--72265894	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
72266325--72266373	21	2.3	21	86	6	73	14	30	26	28	1.95
72272049--72272108	27	2.2	27	84	0	75	41	20	8	30	1.81
72272091--72272179	27	3.3	26	77	10	90	29	21	7	41	1.81
72272211--72272309	27	3.7	27	77	12	80	42	20	8	29	1.80
72273290--72273359	25	2.8	24	84	4	86	25	25	22	25	2.00
72273288--72273369	25	3.3	25	81	1	85	30	23	21	24	1.99
72273506--72273597	42	2.2	42	88	0	130	31	13	21	33	1.92
72273621--72273717	31	3.2	31	89	1	151	31	16	22	28	1.96
72275478--72275646	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
72279837--72280046	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72291012--72291166	37	4.1	38	95	4	278	23	31	24	20	1.98
72291012--72291166	39	4.1	39	94	5	275	23	31	24	20	1.98
72296650--72296805	39	4.0	39	95	1	278	22	31	25	21	1.98
72296654--72296805	77	2.0	77	96	0	277	22	30	25	21	1.99
72307055--72307216	24	6.8	24	94	1	281	20	17	26	35	1.95
72307055--72307238	95	1.9	96	90	3	291	22	17	25	34	1.96
72312376--72312477	29	3.6	29	86	1	134	25	32	15	26	1.96
72320396--72320498	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
72327607--72327775	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
72335709--72335877	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
72337557--72337649	24	3.9	24	94	0	159	20	19	25	34	1.96
72337563--72337671	48	2.3	48	85	3	139	22	19	24	33	1.97
72342447--72342507	31	1.9	32	86	3	88	36	18	24	21	1.95
72345883--72346066	40	4.6	40	78	4	183	25	23	26	24	2.00
72363571--72363778	40	5.2	40	87	1	276	27	29	20	22	1.99
72366720--72366895	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
72366716--72366887	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
72369843--72369921	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
72369834--72369920	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
72372299--72372474	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
72372295--72372466	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
72378637--72378698	31	2.1	30	87	6	90	24	24	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72378886--72379025	23	6.0	24	84	10	175	28	22	19	30	1.98
72379079--72379143	20	3.2	20	91	4	103	32	20	12	35	1.89
72380371--72380464	27	3.5	26	87	7	127	21	24	20	34	1.97
72380370--72380471	54	1.9	53	88	6	152	21	23	22	32	1.98
72380493--72380749	54	4.6	54	73	9	185	33	9	19	37	1.84
72380493--72380681	27	7.0	27	75	4	123	32	10	19	38	1.85
72380701--72380976	27	9.8	27	79	8	246	40	8	22	27	1.83
72380790--72380871	38	2.2	38	84	0	101	39	7	30	23	1.82
72380709--72380955	119	2.1	119	85	0	323	41	9	22	26	1.84
72380745--72380928	92	2.0	92	85	0	251	41	8	23	26	1.83
72380701--72380976	146	1.9	146	87	0	408	40	8	22	27	1.83
72380837--72381003	54	3.1	52	79	3	172	37	8	25	28	1.86
72382710--72382769	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
72399820--72399918	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
72410055--72410169	24	4.8	24	94	0	203	34	25	18	21	1.96
72425777--72426002	40	5.7	40	85	6	241	25	24	20	28	1.99
72425805--72426002	80	2.5	80	86	8	285	25	24	20	29	1.99
72435549--72435573	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
72436445--72436514	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
72439721--72439789	28	2.5	28	93	4	115	27	14	27	30	1.95
72439721--72439801	28	3.0	27	84	10	69	28	16	24	30	1.96
72446523--72446666	39	3.7	39	90	0	225	27	21	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72446524--72446704	78	2.3	79	88	1	258	25	23	28	22	1.99
72450860--72450929	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
72450860--72450941	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
72457409--72457454	21	2.2	21	84	7	58	71	2	15	10	1.23
72457681--72457705	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
72458577--72458646	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
72463148--72463212	15	4.4	15	77	9	71	61	15	13	9	1.56
72463148--72463216	30	2.3	30	80	7	88	59	18	13	8	1.59
72466212--72466398	49	3.8	49	80	7	209	29	26	18	25	1.98
72466227--72466398	47	3.5	47	80	7	148	30	27	18	24	1.98
72466228--72466406	98	1.8	96	85	2	250	29	27	17	25	1.98
72469937--72469992	28	2.0	29	85	3	78	46	1	26	25	1.63
72473415--72473544	40	3.3	39	81	4	154	23	25	28	22	1.99
72485217--72485388	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72485209--72485384	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72487766--72487854	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72487766--72487845	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72487777--72487854	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72490804--72490975	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72490796--72490971	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72497744--72497951	40	5.2	40	88	4	287	23	21	28	26	1.99
72514933--72514968	13	2.8	13	100	0	72	16	38	30	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72526209--72526297	43	2.1	42	83	6	108	29	13	21	35	1.91
72531105--72531234	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
72531121--72531272	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
72531121--72531270	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
72534942--72535209	80	3.3	80	88	2	351	24	25	23	26	2.00
72534944--72535210	40	6.7	40	82	1	293	24	24	23	27	2.00
72536121--72536303	63	2.8	63	79	11	201	24	30	16	28	1.96
72537034--72537094	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72544908--72544995	29	3.1	29	93	1	142	29	29	13	27	1.94
72545977--72546002	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
72563439--72563611	46	3.8	45	77	14	192	22	19	26	32	1.97
72563436--72563607	93	1.8	93	92	2	292	22	19	26	31	1.98
72567054--72567183	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
72571530--72571712	50	3.7	49	81	5	179	28	25	19	26	1.98
72574331--72574386	15	3.7	15	76	9	69	60	14	14	10	1.58
72574314--72574390	30	2.5	30	79	10	86	58	19	12	9	1.61
72577386--72577577	49	3.9	48	77	9	188	29	26	18	26	1.98
72577400--72577583	50	3.7	51	81	1	176	29	26	18	25	1.98
72577400--72577583	101	1.8	99	84	4	253	29	26	18	25	1.98
72583121--72583196	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
72583099--72583271	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
72583113--72583185	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72585742--72586077	43	7.9	43	94	2	579	11	23	33	31	1.90
72586246--72586403	29	5.5	28	70	12	115	22	20	27	29	1.98
72586243--72586410	58	2.9	58	94	1	286	22	19	29	28	1.98
72590347--72590419	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
72598080--72598277	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
72598146--72598263	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72598114--72598277	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72600545--72600729	79	2.3	81	81	7	218	24	24	27	23	2.00
72600546--72600737	40	4.8	40	78	7	142	24	25	28	22	2.00
72604254--72604426	45	3.9	45	84	6	192	24	28	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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