genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  129  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38856550--38856967	96	4.4	96	82	8	389	25	27	18	27	1.98
38856549--38856964	47	8.7	47	71	14	228	25	28	18	28	1.98
38862185--38862359	46	3.8	45	79	11	203	20	20	29	29	1.98
38862182--38862352	92	1.9	92	94	0	306	21	21	29	28	1.98
38865815--38865982	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
38865831--38865980	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
38867796--38867840	21	2.1	21	100	0	90	42	8	35	13	1.75
38877164--38877582	96	4.4	97	83	7	402	25	27	18	27	1.98
38877165--38877576	47	8.6	47	73	16	280	25	27	18	28	1.98
38882953--38882985	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
38882951--38882985	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
38883036--38883072	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
38894263--38894296	10	3.2	10	88	12	50	67	2	2	26	1.19
38896131--38896157	8	3.4	8	100	0	54	29	14	0	55	1.40
38899818--38899849	8	4.0	8	95	0	55	9	37	28	25	1.87
38904303--38904473	89	1.9	89	90	0	270	42	19	9	28	1.82
38922059--38922125	33	2.0	33	100	0	134	25	5	14	53	1.64
38925681--38925782	43	2.3	44	83	11	122	21	28	24	25	1.99
38926137--38926333	43	4.6	43	96	0	349	29	34	24	11	1.90
38926326--38926409	38	2.2	38	84	0	114	32	26	20	21	1.98
38931940--38932106	46	3.5	46	73	12	147	28	28	16	26	1.97
38934180--38934306	45	2.9	45	82	5	145	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38934636--38934747	43	2.6	43	98	0	215	29	33	25	10	1.90
38934740--38934823	38	2.2	38	84	0	114	33	27	19	20	1.96
38935284--38935412	64	2.0	65	95	1	233	34	21	8	34	1.84
38938268--38938351	44	1.9	44	82	4	107	38	10	25	26	1.88
38938363--38938792	54	8.4	53	74	12	258	34	17	24	23	1.96
38938446--38938568	47	2.6	46	76	11	122	37	21	21	19	1.94
38938596--38938792	54	3.6	54	83	4	272	36	16	24	23	1.94
38938363--38938802	162	2.9	156	71	16	414	34	17	24	23	1.96
38943301--38943325	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38945326--38945386	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38947745--38947777	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
38949704--38949873	93	1.8	92	92	1	286	21	21	29	27	1.99
38949708--38949881	46	3.8	45	79	8	190	21	20	29	28	1.98
38952797--38952846	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
38957295--38957339	22	2.0	22	100	0	90	31	22	22	24	1.99
38959552--38959622	35	2.0	35	100	0	142	38	11	22	28	1.88
38960742--38960798	28	2.0	28	100	0	114	42	3	14	40	1.62
38961149--38961186	20	1.9	20	88	0	58	50	2	10	36	1.51
38971099--38971198	44	2.3	44	92	0	164	24	23	23	30	1.99
38971099--38971218	44	2.7	44	88	0	132	24	22	23	30	1.99
38971215--38971339	62	2.0	62	98	0	241	24	16	20	37	1.93
38975750--38975869	53	2.3	53	91	0	186	19	18	20	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38975980--38976182	18	11.3	18	74	10	119	33	12	16	37	1.86
38976116--38976183	17	3.7	19	78	11	70	32	11	14	41	1.82
38975996--38976261	54	4.8	54	73	12	191	33	12	16	37	1.87
38976050--38976275	18	12.2	18	69	11	125	34	12	15	37	1.86
38979052--38979154	42	2.4	44	79	6	113	24	17	23	34	1.96
38979002--38979164	43	3.8	43	76	6	143	22	16	25	34	1.95
38985433--38985516	43	2.0	43	92	0	141	19	20	34	26	1.96
38990547--38990710	42	3.9	42	87	3	213	26	24	16	32	1.96
38994640--38994810	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
38994644--38994815	46	3.7	46	76	13	190	22	21	27	28	1.99
39002913--39002976	23	2.7	23	83	7	76	60	9	3	26	1.42
39005305--39005407	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
39013235--39013337	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
39019125--39019187	30	2.1	31	85	8	85	46	6	1	46	1.38
39019629--39019670	21	2.0	21	95	0	75	40	23	16	19	1.91
39021962--39022018	28	2.0	28	100	0	114	28	24	10	36	1.88
39022355--39022426	38	1.9	37	85	2	99	26	27	15	30	1.96
39022362--39022518	42	3.8	42	81	5	162	26	24	15	33	1.96
39023695--39023754	26	2.6	22	76	20	68	21	26	25	26	2.00
39023704--39023753	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
39033000--39033074	27	2.7	28	91	6	125	42	16	8	33	1.77
39040646--39040670	13	1.9	13	100	0	50	24	24	40	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39045554--39045627	29	2.6	29	80	4	78	32	17	22	27	1.97
39052789--39052969	40	4.6	40	78	6	172	24	24	27	23	2.00
39052789--39052968	79	2.3	80	82	7	215	24	24	27	23	2.00
39055242--39055291	22	2.3	22	93	3	84	20	18	6	56	1.62
39058736--39058906	9	18.4	9	68	15	66	59	4	2	33	1.31
39058742--39058823	27	3.1	25	75	11	74	60	4	1	32	1.25
39058820--39058860	21	1.9	22	90	5	66	53	2	4	39	1.35
39058799--39058897	28	3.5	27	71	17	76	58	4	3	34	1.32
39059607--39059645	19	2.0	20	85	5	53	56	0	5	38	1.22
39059647--39059685	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
39059712--39059840	17	7.3	17	67	15	57	53	3	1	41	1.29
39059601--39059874	71	3.9	69	75	11	225	50	4	3	42	1.37
39059746--39059895	71	2.1	71	88	0	219	50	5	2	41	1.39
39059987--39060023	17	2.2	17	90	0	56	56	0	2	40	1.13
39060046--39060083	9	4.2	9	90	6	51	47	0	0	52	1.00
39061730--39061807	41	1.9	41	91	0	129	39	6	16	37	1.74
39062231--39062258	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
39075302--39075440	47	3.1	47	61	19	114	27	17	25	29	1.97
39075321--39075458	41	3.2	41	65	18	109	26	17	25	31	1.97
39075266--39075489	88	2.6	88	91	0	360	27	17	27	27	1.98
39075451--39075992	44	12.4	44	91	1	849	29	17	31	21	1.96
39075451--39076498	132	8.1	132	87	6	1511	28	17	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39075968--39076019	27	1.9	27	100	0	104	23	15	28	32	1.95
39075924--39076063	71	2.0	71	97	0	262	26	16	31	25	1.96
39075995--39076498	44	11.5	44	91	1	818	28	17	31	22	1.96
39075880--39076107	115	2.0	115	95	0	411	27	16	31	24	1.96
39075488--39076498	507	2.0	504	91	1	1619	28	17	31	22	1.96
39081062--39081145	37	2.3	37	87	6	125	58	4	34	2	1.32
39081093--39081165	38	2.0	38	81	10	89	60	2	34	2	1.25
39081181--39081264	31	2.6	32	77	5	89	32	0	33	34	1.58
39085029--39085493	226	2.1	226	95	0	835	35	21	9	33	1.86
39085562--39085607	23	2.0	23	91	0	74	50	19	10	19	1.77
39086444--39086470	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
39086624--39086651	10	2.8	10	100	0	56	50	0	32	17	1.47
39086839--39086891	13	4.1	13	97	0	97	15	35	32	16	1.90
39088921--39088948	10	2.8	10	100	0	56	71	0	10	17	1.14
39094938--39095181	40	6.1	40	88	1	330	23	22	27	26	2.00
39107066--39107120	25	2.2	25	77	6	58	29	18	23	29	1.98
39108565--39108748	91	2.0	91	100	0	368	20	17	15	46	1.84
39109072--39109120	25	2.0	25	84	7	66	73	4	0	22	1.00
39109285--39109341	27	2.1	27	87	6	80	22	31	24	21	1.98
39109651--39109676	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
39109689--39109872	91	2.0	91	98	0	359	45	6	4	43	1.49
39110290--39110319	11	2.7	11	89	0	51	23	0	3	73	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39111075--39111183	41	2.7	40	76	7	121	28	19	23	28	1.98
39114106--39114450	49	7.1	49	87	9	503	35	8	26	30	1.85
39114106--39114470	100	3.8	100	87	9	547	34	8	26	30	1.86
39114286--39114364	39	2.0	39	97	0	149	34	5	27	32	1.79
39114187--39114450	139	1.9	137	96	1	483	34	7	26	31	1.84
39114235--39114413	88	2.0	90	95	2	326	34	6	26	31	1.83
39114519--39114605	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
39119717--39119839	64	1.9	64	94	0	219	19	20	25	34	1.96
39122733--39122854	47	2.6	47	93	0	199	36	13	23	25	1.92
39122833--39123029	54	3.6	54	83	6	238	37	17	23	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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