genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.369.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  369  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113049125--113049169	19	2.3	19	96	3	81	28	11	11	48	1.73
113055815--113055901	21	4.0	23	77	10	83	39	25	20	14	1.91
113057339--113057374	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
113058273--113058328	22	2.6	22	80	5	53	48	1	0	50	1.11
113058336--113058377	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
113058340--113058376	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
113058919--113058957	14	2.8	14	92	0	60	35	20	7	35	1.81
113080229--113080462	128	1.8	128	82	1	299	35	16	21	26	1.94
113080477--113080520	22	2.0	22	100	0	88	18	13	22	45	1.84
113082755--113082794	20	2.0	20	85	5	53	60	2	22	15	1.47
113094929--113095074	76	1.9	76	82	8	181	23	22	23	30	1.99
113094929--113095069	38	3.7	38	82	9	155	24	22	22	30	1.99
113095067--113095176	43	2.6	43	88	0	175	13	24	31	30	1.94
113095485--113095596	45	2.5	45	81	8	124	25	19	25	28	1.99
113095806--113095835	10	3.0	10	95	0	51	36	0	33	30	1.58
113096781--113096942	38	4.3	38	95	0	270	20	22	25	30	1.98
113096935--113097038	43	2.4	43	95	0	190	10	26	31	30	1.90
113103963--113104138	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
113103960--113104130	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
113111546--113111721	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
113111543--113111714	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
113114980--113115031	26	2.0	26	96	3	97	42	15	19	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113118004--113118088	39	2.2	40	86	2	118	29	32	21	16	1.95
113118156--113118358	47	4.3	47	84	3	259	26	30	9	33	1.89
113118223--113118349	25	5.3	24	65	18	77	26	30	8	33	1.87
113119529--113119556	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
113135035--113135072	18	2.1	18	85	9	51	44	5	2	47	1.39
113139720--113139796	30	2.6	30	85	0	100	48	9	11	31	1.71
113145160--113146569	405	3.6	398	81	7	1422	32	16	24	26	1.96
113149344--113149390	20	2.3	20	81	0	58	10	29	19	40	1.85
113150669--113150771	23	4.5	23	79	2	109	41	15	15	27	1.87
113150669--113150771	45	2.3	45	82	1	125	41	15	15	27	1.87
113151977--113152028	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
113154198--113154263	32	2.1	32	100	0	132	37	16	6	39	1.74
113156842--113156879	20	1.9	20	88	0	58	44	13	2	39	1.57
113156955--113157006	23	2.3	23	96	0	95	25	19	13	42	1.87
113157824--113157867	23	2.0	23	82	13	56	40	11	6	40	1.68
113157829--113157873	23	2.0	23	82	8	56	37	13	8	40	1.76
113160349--113160915	283	2.0	282	98	0	1107	34	16	8	40	1.78
113164422--113164451	14	2.1	14	100	0	60	36	6	6	50	1.55
113166939--113167052	56	2.1	55	89	1	174	33	21	7	36	1.83
113178282--113178329	21	2.2	22	82	14	55	10	35	29	25	1.89
113179942--113179980	9	4.4	9	96	3	71	89	0	0	10	0.48
113183093--113183132	20	2.0	21	85	9	57	37	7	12	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113183390--113183463	38	2.0	37	84	5	96	58	0	0	41	0.98
113184975--113185023	24	2.1	22	85	7	62	34	4	4	57	1.37
113185075--113185182	26	4.0	26	77	13	94	32	3	4	59	1.36
113185379--113185440	24	2.5	25	84	7	72	30	3	6	59	1.38
113185400--113185454	25	2.2	24	87	3	74	30	5	5	58	1.44
113185459--113185494	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
113190994--113191045	24	2.2	24	85	0	68	55	5	3	34	1.42
113192160--113192210	25	2.0	25	100	0	102	29	23	11	35	1.90
113195458--113195500	13	3.3	13	80	0	50	37	2	4	55	1.33
113197412--113197474	27	2.3	27	91	0	99	52	1	11	34	1.47
113197412--113197488	27	2.9	27	88	1	93	48	2	11	37	1.54
113200759--113200795	2	18.5	2	88	0	56	51	43	0	5	1.24
113203399--113203442	16	2.8	16	82	10	63	27	0	20	52	1.47
113203399--113203442	15	2.8	15	86	6	61	27	0	20	52	1.47
113203437--113203613	96	1.8	97	85	6	250	41	1	14	42	1.55
113203716--113204261	126	4.3	125	89	2	806	33	17	21	27	1.96
113208472--113208505	7	4.9	7	100	0	68	58	14	0	26	1.36
113208464--113208497	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
113208464--113208505	21	2.0	21	90	0	66	61	11	0	26	1.30
113209661--113209710	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
113209661--113209718	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
113209661--113209724	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113213368--113213424	25	2.2	25	90	9	89	64	26	5	3	1.30
113213368--113213424	24	2.3	25	90	6	89	64	26	5	3	1.30
113216037--113216072	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
113224533--113224727	72	2.7	71	84	4	248	25	14	23	36	1.92
113224752--113225084	88	3.8	88	88	4	454	26	17	21	35	1.95
113224981--113225008	14	2.0	14	100	0	56	14	14	7	64	1.48
113224996--113225156	74	2.1	76	85	5	211	29	18	21	31	1.97
113224928--113225490	165	3.4	165	90	1	837	28	18	20	32	1.96
113225347--113225721	72	5.0	73	79	7	394	29	17	19	33	1.95
113225325--113225853	79	6.7	77	76	11	425	29	17	18	34	1.94
113225325--113226063	88	9.2	76	73	14	442	28	16	18	35	1.93
113225839--113225896	30	1.9	30	89	6	91	20	8	27	43	1.81
113225720--113226025	166	1.8	166	82	10	388	28	15	18	37	1.91
113225486--113226064	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
113226723--113226778	25	2.2	25	93	3	94	76	16	3	3	1.06
113226720--113226786	24	2.8	24	86	8	91	71	19	2	5	1.20
113226723--113226786	26	2.6	25	90	5	94	70	20	3	6	1.23
113227169--113227211	17	2.4	18	80	3	52	6	30	55	6	1.53
113227718--113227742	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
113233240--113233287	25	2.0	25	84	12	64	22	18	22	35	1.96
113235205--113235251	22	2.1	22	88	7	69	42	17	6	34	1.74
113237089--113237134	24	1.9	24	82	8	58	39	0	2	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113240003--113240067	30	2.2	30	88	5	96	58	10	4	26	1.51
113240097--113240139	22	2.0	22	85	0	59	55	13	13	16	1.69
113240104--113240143	11	3.6	11	79	0	53	55	12	15	17	1.70
113243291--113243487	101	2.0	100	83	1	250	20	25	33	20	1.97
113248150--113248189	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
113250516--113250549	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
113253483--113253511	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
113253807--113253844	16	2.3	17	86	13	53	73	2	0	23	0.95
113253809--113253853	23	1.9	24	86	4	65	71	2	0	26	0.98
113255208--113255238	14	2.2	14	100	0	62	38	0	12	48	1.42
113263722--113263755	17	1.9	17	88	5	50	23	41	23	11	1.87
113268224--113268280	23	2.6	22	73	15	55	42	0	3	54	1.17
113268530--113268617	44	2.0	44	97	0	167	46	11	12	29	1.76
113268837--113268871	16	2.2	16	90	5	54	88	2	8	0	0.61
113268867--113268901	15	2.3	15	90	0	52	62	28	0	8	1.24
113271465--113271500	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
113276691--113276954	71	3.7	69	83	6	323	25	14	22	37	1.92
113276833--113277079	122	2.0	124	89	3	383	24	13	22	39	1.90
113276524--113277116	263	2.3	257	94	2	1033	25	14	22	36	1.93
113276954--113277394	72	6.1	71	69	10	306	25	16	21	36	1.94
113277184--113277395	74	2.9	74	83	4	259	26	17	23	31	1.97
113277385--113277419	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113277400--113277561	74	2.1	77	88	4	240	28	19	20	30	1.97
113277238--113277897	165	4.0	166	90	3	955	27	18	20	33	1.96
113277582--113277726	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
113277754--113278093	72	4.5	73	81	6	378	30	17	19	32	1.95
113277753--113278470	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
113278242--113278303	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
113277579--113278346	396	1.9	382	81	9	833	29	17	19	34	1.94
113277893--113278471	254	2.3	248	85	6	753	27	16	18	36	1.93
113279115--113279150	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
113279117--113279150	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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