genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16246716--16246868	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
16246822--16246883	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
16246716--16246866	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
16247503--16247561	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
16250848--16250920	36	2.0	36	97	0	137	32	16	27	23	1.96
16254290--16254357	28	2.5	28	92	2	111	45	23	10	20	1.81
16257346--16257382	19	1.9	19	100	0	74	35	16	5	43	1.71
16258924--16259005	41	2.0	41	95	0	146	30	14	24	30	1.95
16266641--16266772	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
16266612--16266772	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
16269229--16269270	17	2.3	19	88	8	61	16	19	45	19	1.86
16269697--16269765	27	2.6	27	85	0	84	15	24	23	36	1.94
16272331--16272362	13	2.5	13	89	0	55	18	31	28	21	1.97
16273937--16274100	42	3.9	42	82	1	204	23	17	27	31	1.97
16274169--16274235	32	2.1	32	85	0	89	38	8	25	26	1.85
16276239--16276359	37	3.3	37	88	5	183	28	18	26	26	1.98
16276349--16276543	42	4.7	42	72	9	123	26	15	27	30	1.96
16276349--16276451	41	2.5	41	80	1	116	24	13	29	33	1.93
16280288--16280320	13	2.5	13	95	0	57	48	0	9	42	1.35
16280496--16280659	42	3.9	42	84	4	215	22	17	28	31	1.97
16282913--16283083	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
16290924--16291094	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16294042--16294110	28	2.5	28	90	2	113	18	10	26	44	1.81
16295907--16295950	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
16298213--16298243	13	2.4	13	94	0	53	41	38	19	0	1.51
16310303--16310327	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
16312216--16312310	6	15.5	6	69	16	61	77	1	6	14	1.01
16312216--16312312	5	18.2	5	76	16	72	77	1	6	15	1.02
16312236--16312310	16	4.5	17	73	9	57	78	1	6	13	1.00
16312243--16312312	27	2.6	26	80	13	79	77	1	7	14	1.05
16315220--16315362	39	3.7	39	90	2	234	26	20	29	23	1.99
16315221--16315402	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
16319997--16320098	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
16327847--16327948	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
16332377--16332466	28	3.3	27	80	7	110	17	24	21	36	1.94
16334704--16334806	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
16342778--16342880	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
16348898--16348929	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
16349402--16349502	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
16349431--16349502	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
16353457--16353628	40	4.3	40	80	5	170	27	26	19	27	1.99
16358747--16358816	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
16361711--16361780	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
16364679--16364748	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16366866--16366925	27	2.3	26	82	2	75	23	20	20	36	1.95
16375385--16375409	11	2.3	11	100	0	50	60	16	16	8	1.58
16381040--16381124	43	2.0	43	81	9	102	35	25	14	24	1.93
16388084--16388136	26	2.1	26	82	6	65	28	20	18	32	1.97
16388099--16388232	23	5.6	23	74	10	92	34	17	23	25	1.96
16388165--16388240	24	3.2	24	72	10	75	34	18	25	22	1.96
16389980--16390163	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16390020--16390208	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
16398087--16398270	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
16398127--16398315	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
16399801--16399852	8	5.6	9	75	24	54	46	11	0	42	1.40
16399801--16399861	30	2.0	30	100	0	122	45	13	0	40	1.43
16402917--16402976	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
16402973--16403008	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
16403680--16403733	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
16403734--16403875	27	5.3	27	86	0	194	26	20	19	33	1.97
16403748--16403875	54	2.4	54	94	0	220	27	19	20	32	1.97
16409280--16409339	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
16409725--16409759	18	1.9	18	88	0	52	48	25	5	20	1.71
16410082--16410227	27	5.4	27	81	0	157	26	18	17	37	1.93
16410081--16410227	54	2.7	54	83	0	195	26	18	17	38	1.92
16413896--16414058	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16417084--16417212	27	4.9	27	79	3	100	27	20	17	35	1.94
16417148--16417229	27	3.1	27	94	3	141	18	19	20	41	1.91
16417624--16417722	49	2.0	49	98	0	189	37	31	7	24	1.82
16421043--16421068	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
16421565--16421775	29	7.2	29	86	6	266	37	17	24	21	1.94
16421565--16421775	88	2.4	85	82	10	255	37	17	24	21	1.94
16421565--16421800	117	2.0	117	89	0	364	36	16	24	22	1.94
16427467--16427505	20	2.0	20	84	0	51	46	17	25	10	1.80
16453594--16453652	24	2.5	24	83	2	75	61	5	11	22	1.50
16461205--16461385	40	4.4	40	82	5	202	30	27	16	25	1.96
16488050--16488170	47	2.6	46	78	11	131	30	15	28	25	1.96
16488053--16488220	46	3.6	46	75	10	146	30	17	25	25	1.97
16489095--16489268	46	3.8	45	79	10	190	21	19	29	29	1.97
16489089--16489260	93	1.8	93	91	0	281	20	19	30	29	1.97
16489374--16489417	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
16491360--16491422	29	2.2	28	83	8	81	19	28	28	23	1.98
16496697--16496878	91	2.0	91	100	0	364	42	10	12	34	1.77
16504153--16504231	39	2.0	39	90	0	122	27	25	11	35	1.90
16505581--16505635	29	2.0	27	85	7	74	67	0	1	30	1.01
16505599--16505643	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
16507572--16507654	7	11.9	7	77	0	76	26	37	1	34	1.65
16507572--16507652	28	2.9	28	75	0	90	25	38	1	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16509643--16509779	61	2.2	61	80	2	159	32	24	11	32	1.91
16521334--16521432	51	1.9	51	97	0	189	15	6	24	54	1.63
16524592--16524703	53	2.1	54	86	5	156	41	2	23	33	1.68
16525391--16525504	53	2.1	54	88	4	169	36	3	26	33	1.74
16528379--16528586	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
16528381--16528586	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
16533830--16533996	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
16533846--16533996	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
16539626--16539833	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
16539628--16539833	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
16542457--16542525	21	3.3	21	87	0	102	17	44	15	21	1.86
16544130--16544197	26	2.7	25	81	2	91	35	26	23	14	1.94
16544342--16544396	27	2.0	27	83	13	69	32	18	20	29	1.96
16550316--16550423	26	4.2	26	92	0	189	36	25	6	32	1.81
16553182--16553260	26	3.0	26	83	7	99	35	21	22	20	1.96
16558209--16558340	66	2.0	66	90	0	210	31	30	15	22	1.95
16570200--16570226	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
16572249--16572482	48	4.9	48	80	4	238	28	23	28	19	1.98
16572248--16572422	96	1.8	96	87	2	262	29	22	28	19	1.98
16578985--16579152	80	2.1	80	81	5	189	25	22	26	25	2.00
16578985--16579152	40	4.2	40	75	8	155	25	22	26	25	2.00
16585180--16585347	40	4.2	41	76	8	168	26	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16587303--16587405	29	3.6	28	80	5	107	20	15	33	30	1.94
16590947--16590995	21	2.3	21	100	0	98	38	8	24	28	1.84
16592618--16592766	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
16592659--16592766	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
16600104--16600252	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
16600145--16600252	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
16605285--16605387	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
16610390--16610537	40	3.7	41	85	3	176	27	23	26	22	2.00
16610390--16610557	80	2.1	80	82	5	198	26	22	26	25	2.00
16610390--16610557	40	4.2	40	77	8	164	26	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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