genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83761441--83761470	12	2.5	12	94	0	51	13	40	16	30	1.87
83761843--83761887	25	1.9	24	86	13	67	37	24	13	24	1.91
83763574--83763609	5	7.8	5	87	12	51	0	22	0	77	0.76
83763574--83763609	9	4.0	9	86	13	56	0	22	0	77	0.76
83766186--83766228	16	2.6	16	77	3	50	72	2	23	2	1.08
83768094--83768150	29	2.0	29	100	0	114	19	38	14	28	1.90
83771016--83771042	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
83775428--83775477	25	2.0	25	96	0	91	46	4	18	32	1.67
83785221--83785358	40	3.5	40	79	8	156	41	26	16	15	1.89
83785339--83785379	21	2.0	21	90	0	64	46	19	17	17	1.85
83790332--83790488	43	3.7	42	84	10	185	22	18	26	32	1.97
83807875--83807904	12	2.4	13	94	5	53	0	10	0	90	0.47
83815425--83815516	27	3.4	27	83	5	114	30	23	6	39	1.80
83815548--83815645	27	3.7	26	80	11	92	43	21	6	28	1.76
83815654--83815709	27	2.1	26	83	9	69	37	12	12	37	1.81
83815763--83815822	26	2.3	27	80	8	70	36	16	25	21	1.94
83816629--83816686	25	2.3	25	85	5	73	27	27	25	18	1.98
83816846--83816937	42	2.2	42	90	3	141	29	13	21	35	1.91
83816961--83817039	31	2.5	31	93	0	140	29	16	26	27	1.97
83820923--83821141	40	5.4	40	85	0	240	26	23	26	23	2.00
83820923--83821141	120	1.8	121	85	3	307	26	23	26	23	2.00
83821084--83821167	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83821014--83821167	80	1.9	80	81	0	182	26	24	25	22	2.00
83824163--83824208	19	2.5	19	85	3	58	17	32	19	30	1.95
83826390--83826447	30	1.9	30	85	0	80	43	8	20	27	1.81
83833883--83833939	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
83838749--83838855	28	3.9	27	74	8	99	25	27	15	31	1.96
83838756--83838860	55	1.9	55	82	3	131	25	26	14	33	1.94
83841069--83841110	11	3.9	11	87	3	59	54	11	9	23	1.66
83843491--83843533	21	2.0	22	82	13	54	69	2	13	13	1.28
83855362--83855622	130	2.0	130	100	0	522	32	8	21	37	1.83
83856534--83856693	39	4.1	39	94	0	284	20	23	31	25	1.98
83859258--83859429	43	4.0	43	75	8	170	23	16	26	33	1.96
83861556--83861652	28	3.5	28	97	1	178	18	10	26	44	1.82
83875920--83875993	29	2.6	29	97	0	139	28	14	29	27	1.95
83875920--83876013	29	3.2	29	89	0	89	27	17	30	24	1.97
83883790--83883863	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
83883847--83883921	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
83883790--83883921	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
83889675--83889823	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83889716--83889823	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83897792--83897940	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83897833--83897940	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83900415--83900493	31	2.6	31	93	2	133	26	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83900517--83900608	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
83900753--83900926	26	6.8	26	85	2	228	28	22	21	27	1.99
83900753--83900926	52	3.4	52	90	3	282	28	22	21	27	1.99
83901374--83901413	21	2.0	21	95	5	73	22	27	20	30	1.98
83901727--83901791	27	2.4	27	79	5	69	21	21	16	40	1.92
83901843--83902039	27	7.2	27	79	4	153	32	9	18	40	1.82
83901845--83901925	29	2.9	28	83	7	94	34	9	14	40	1.80
83901851--83902056	54	3.8	53	80	6	191	31	7	19	41	1.79
83901908--83902056	27	5.5	27	82	4	167	28	6	22	42	1.79
83901908--83902091	81	2.3	80	79	9	196	29	9	20	40	1.83
83902090--83902287	27	7.3	27	87	0	243	38	6	25	29	1.81
83902090--83902273	54	3.4	54	90	0	278	38	5	25	30	1.78
83902090--83902287	81	2.4	81	88	0	270	38	6	25	29	1.81
83902133--83902307	81	2.2	81	86	0	233	36	7	24	31	1.83
83908262--83908503	24	10.1	24	96	0	414	20	18	25	35	1.95
83916137--83916237	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
83924094--83924194	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
83928209--83928249	21	2.0	21	85	9	57	58	9	9	21	1.59
83928922--83928952	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
83929028--83929070	17	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
83929006--83929070	20	3.5	19	78	14	64	63	0	4	32	1.15
83932660--83932795	37	3.7	37	92	0	218	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83932936--83933701	48	15.9	48	88	4	1062	30	27	6	35	1.83
83932936--83933701	96	7.9	96	90	6	1188	30	27	6	35	1.83
83932936--83933701	144	5.3	144	89	6	1188	30	27	6	35	1.83
83933439--83933467	13	2.2	13	100	0	58	17	34	13	34	1.89
83933391--83933515	61	2.0	61	96	0	232	28	28	8	35	1.85
83933343--83933651	109	3.0	108	82	14	424	29	27	7	35	1.84
83933493--83933625	40	3.2	40	82	16	178	31	27	6	34	1.83
83933452--83933701	88	2.7	92	91	4	400	30	27	7	35	1.84
83936858--83937014	28	5.5	28	75	10	131	31	29	17	21	1.96
83936885--83936986	29	3.6	29	81	7	127	30	31	15	22	1.95
83936858--83937018	57	2.8	57	91	1	243	31	29	16	21	1.96
83937046--83937419	40	9.4	40	94	0	531	28	27	20	23	1.99
83938697--83938836	37	3.8	37	93	0	235	24	30	20	25	1.99
83938977--83939545	48	11.9	48	97	0	1057	30	28	6	34	1.83
83944837--83945019	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
83951423--83951461	16	2.4	16	95	0	69	43	7	23	25	1.80
83955113--83955186	34	2.2	34	87	0	103	35	28	10	25	1.90
83955244--83955301	27	2.1	27	87	0	80	20	20	17	41	1.90
83955395--83955542	31	4.8	31	88	0	215	28	25	16	29	1.97
83955395--83955542	62	2.4	62	91	0	242	28	25	16	29	1.97
83955535--83955638	33	3.2	33	82	5	131	25	25	12	36	1.91
83957326--83957378	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83957326--83957391	34	2.0	33	82	8	82	59	6	0	34	1.22
83960064--83960166	29	3.6	29	75	7	102	22	16	32	29	1.96
83967929--83968031	29	3.6	29	80	2	109	21	15	33	30	1.94
83970737--83970884	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
83972152--83972204	27	2.0	27	88	3	81	37	20	11	30	1.88
83974525--83974695	39	4.3	39	89	3	220	25	29	20	24	1.99
83974525--83974748	40	5.7	40	83	6	226	25	28	20	24	1.99
83977999--83978063	27	2.4	27	89	0	94	23	27	10	38	1.88
83978160--83978268	31	3.5	31	86	2	157	29	27	16	26	1.97
83978261--83978373	33	3.5	32	83	7	131	25	23	12	38	1.89
83987989--83988108	39	3.1	39	96	1	215	20	25	32	22	1.98
83995963--83996137	47	3.7	48	73	17	143	28	18	28	24	1.98
83995965--83996137	94	1.8	94	85	2	240	28	18	28	24	1.98
83998399--83998555	39	4.1	38	90	3	217	28	24	20	26	1.99
83998399--83998555	76	2.0	77	88	2	235	28	24	20	26	1.99
84007286--84007452	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
84007302--84007450	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
84015273--84015439	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
84015289--84015437	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
84018461--84018670	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
84026594--84026803	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
84035970--84036137	40	4.2	40	90	2	259	25	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84040939--84041075	41	3.4	41	87	1	195	22	17	18	41	1.90
84053329--84053376	24	2.0	24	100	0	96	54	12	25	8	1.65
84057899--84058021	47	2.6	47	83	3	149	27	17	31	23	1.97
84058793--84058829	15	2.4	16	86	13	51	29	18	2	48	1.62
84060734--84060794	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84061606--84061733	47	2.7	47	80	8	120	27	16	30	25	1.97
84069502--84069633	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
84080412--84080482	27	2.6	27	91	8	108	28	26	14	30	1.95
84088361--84088461	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84090245--84090348	40	2.6	40	83	1	120	20	25	23	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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