genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23309505--23309549	20	2.2	20	84	7	56	42	15	6	35	1.73
23310366--23310395	15	1.9	16	93	6	53	36	16	0	46	1.47
23310515--23310614	42	2.4	42	86	3	148	33	25	19	23	1.97
23313321--23313421	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23321273--23321373	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23329160--23329260	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23337110--23337210	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23339561--23339824	46	5.7	46	71	15	202	29	28	18	22	1.98
23339566--23339829	93	2.8	93	90	0	411	29	29	18	22	1.97
23339611--23339777	47	3.6	47	74	11	180	29	29	17	23	1.97
23347882--23347931	26	1.9	26	95	0	91	30	18	28	24	1.97
23352562--23352724	39	4.2	39	91	0	263	24	31	20	23	1.98
23360528--23360690	39	4.2	39	88	0	245	25	31	19	23	1.98
23366003--23366032	14	2.1	14	100	0	60	30	20	20	30	1.97
23368428--23368631	39	5.2	40	83	3	227	25	27	23	24	2.00
23368424--23368631	79	2.7	79	83	4	253	25	26	22	25	2.00
23376424--23376631	40	5.2	40	82	2	202	24	26	23	26	2.00
23376420--23376631	80	2.7	80	80	2	239	24	25	22	26	2.00
23377698--23377736	21	1.9	20	84	5	51	15	33	23	28	1.95
23379428--23379628	108	1.8	110	82	4	264	35	16	23	23	1.95
23379420--23379676	55	4.8	53	77	7	202	37	16	23	22	1.94
23379868--23379898	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23386420--23386666	55	4.6	53	77	12	231	36	16	24	23	1.94
23386428--23386628	108	1.8	110	86	6	293	34	16	24	23	1.95
23386868--23386898	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
23389638--23389845	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
23389640--23389845	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
23397771--23397978	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
23397773--23397978	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
23407834--23408096	46	5.6	48	72	17	180	24	28	18	28	1.98
23407876--23408096	95	2.4	91	80	7	241	24	28	19	28	1.98
23415577--23415832	138	1.8	142	80	9	319	23	28	19	27	1.98
23415611--23415885	94	2.9	94	72	12	235	24	30	19	26	1.98
23417166--23417452	42	6.8	42	83	4	346	30	13	24	31	1.94
23417179--23417451	126	2.2	127	89	2	415	31	13	23	31	1.94
23417166--23417452	85	3.4	83	81	5	335	30	13	24	31	1.94
23423202--23423349	40	3.7	40	85	3	163	32	26	16	25	1.96
23430485--23430650	40	4.2	40	92	2	255	23	22	27	27	1.99
23438172--23438381	38	5.4	39	86	4	275	23	22	28	25	2.00
23438171--23438381	77	2.7	78	88	6	304	23	22	28	25	1.99
23446051--23446225	40	4.4	40	89	2	248	23	22	29	24	1.99
23449119--23449364	40	6.2	40	97	0	440	22	22	27	27	1.99
23451140--23451225	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
23451274--23451541	48	5.6	48	93	0	428	29	27	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23451519--23451641	47	2.6	47	96	0	219	29	30	8	31	1.88
23451269--23451588	144	2.2	143	83	3	356	29	27	8	34	1.86
23465570--23465672	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
23465803--23466247	48	9.3	48	95	0	782	31	27	6	35	1.81
23470280--23470700	49	8.7	49	93	2	618	27	29	9	32	1.89
23478013--23478110	43	2.3	43	96	1	180	28	31	18	21	1.97
23483709--23483753	14	3.2	14	87	6	65	48	28	0	22	1.50
23484532--23484595	28	2.2	29	88	2	94	23	25	15	35	1.94
23484568--23484674	40	2.7	40	92	1	178	17	19	20	42	1.90
23484743--23484923	40	4.5	40	94	1	292	28	27	19	23	1.99
23490344--23490372	10	2.9	10	100	0	58	31	31	17	20	1.96
23493008--23493196	40	4.7	40	92	3	283	29	28	19	22	1.98
23500435--23500537	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
23505643--23505745	29	3.6	29	78	2	109	21	17	33	28	1.96
23519269--23519391	40	3.1	39	87	4	174	32	26	16	24	1.96
23521632--23521819	101	1.9	101	91	2	308	26	20	23	29	1.99
23521640--23521857	99	2.2	101	84	1	269	27	19	25	28	1.99
23524952--23525001	13	3.8	13	97	0	91	16	44	30	10	1.80
23526770--23526924	43	3.6	42	78	9	134	29	22	18	30	1.97
23529499--23529562	19	3.4	19	95	0	110	7	37	28	26	1.84
23532732--23532913	66	2.8	64	76	10	176	30	17	29	23	1.96
23533993--23534022	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23533897--23534124	123	1.9	121	93	3	395	45	4	14	35	1.66
23536765--23536858	29	3.2	29	90	0	143	32	15	26	24	1.96
23536765--23536895	29	4.5	29	84	0	136	28	16	31	24	1.96
23540272--23540297	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
23541604--23541791	40	4.7	40	96	0	331	23	22	25	28	1.99
23542767--23542798	11	2.9	11	95	0	55	53	21	0	25	1.46
23544266--23544483	46	4.7	46	76	8	169	22	29	18	28	1.98
23548767--23548806	21	1.9	21	89	0	62	45	10	15	30	1.78
23550194--23550232	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
23553174--23553294	46	2.7	43	81	12	136	24	28	18	28	1.98
23566168--23566213	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
23566288--23566334	23	2.0	23	87	0	67	23	29	8	38	1.84
23571536--23571742	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	26	2.00
23571551--23571657	39	2.7	39	88	1	160	22	28	24	25	2.00
23571536--23571741	79	2.6	80	82	5	238	25	26	22	25	2.00
23579640--23579799	29	5.5	30	86	8	213	26	25	13	33	1.94
23579640--23579799	59	2.8	57	87	4	214	26	25	13	33	1.94
23581388--23581508	55	2.2	55	83	2	145	24	28	27	19	1.99
23581902--23581945	20	2.2	20	84	8	54	18	18	2	61	1.45
23583496--23583610	29	4.0	28	84	2	131	27	15	28	27	1.96
23583511--23583619	57	1.9	58	86	1	157	26	16	30	26	1.97
23586170--23586215	19	2.4	18	82	10	56	19	2	2	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23592556--23592608	26	2.0	26	100	0	106	20	15	30	33	1.93
23595553--23595577	8	3.1	8	100	0	50	36	28	0	36	1.58
23600789--23600994	40	5.2	40	81	4	202	25	23	25	25	2.00
23608822--23609029	40	5.2	40	81	2	193	25	23	25	25	2.00
23608824--23609029	80	2.6	80	82	3	227	25	23	25	24	2.00
23611419--23611517	41	2.4	41	80	11	114	25	24	25	25	2.00
23612001--23612275	29	9.5	29	98	0	523	25	31	16	26	1.96
23612232--23612318	43	2.0	43	100	0	174	25	32	16	26	1.96
23612261--23612289	14	2.1	14	100	0	58	27	34	13	24	1.93
23612275--23612352	29	2.7	29	97	0	147	23	32	16	28	1.96
23612203--23612347	72	2.0	72	97	0	272	25	31	15	27	1.96
23614449--23614570	37	3.3	37	95	0	208	22	31	18	27	1.97
23614670--23614932	49	5.4	49	93	0	438	28	33	9	28	1.88
23614670--23614932	97	2.7	97	93	1	436	28	33	9	28	1.88
23625509--23625573	2	32.5	2	76	6	60	44	4	3	47	1.39
23628344--23628405	20	3.2	20	75	13	67	50	0	0	50	1.00
23628482--23628538	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
23628991--23629045	28	2.0	28	89	7	85	45	9	0	45	1.35
23628991--23629045	14	3.9	14	83	9	76	45	9	0	45	1.35
23629716--23629779	13	4.9	13	75	7	67	42	9	1	46	1.45
23629716--23629779	26	2.5	26	84	5	76	42	9	1	46	1.45
23632173--23632220	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23633736--23633765	12	2.5	12	94	0	51	46	0	20	33	1.51
23636402--23636439	16	2.3	17	86	4	51	18	0	21	60	1.36
23636553--23636608	22	2.4	24	85	5	71	16	0	28	55	1.41
23636553--23636622	22	3.1	23	76	10	54	17	0	30	52	1.44
23636445--23636821	160	2.4	160	90	3	573	33	2	22	41	1.69
23636751--23636793	17	2.7	17	89	10	65	11	0	34	53	1.37
23636836--23637283	125	3.6	125	90	2	677	35	15	18	30	1.92
23636830--23637283	126	3.6	125	90	3	671	36	16	18	29	1.92
23640545--23640589	21	2.1	21	84	8	56	8	22	37	31	1.85
23640552--23640596	21	2.2	20	84	4	54	11	17	42	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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