genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.382.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr13 124041150 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124041150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  382  of  410  ( 49152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116117229--116117347	38	3.1	38	70	20	109	31	22	19	26	1.98
116117195--116117471	84	3.3	80	85	9	346	32	23	20	23	1.98
116117195--116117394	44	4.8	42	70	18	134	32	24	20	23	1.98
116117480--116118216	207	3.6	207	90	0	1118	30	16	22	30	1.96
116126575--116127110	205	2.6	205	86	3	731	30	19	21	27	1.98
116128758--116128811	14	4.2	13	71	23	51	33	0	3	62	1.12
116128779--116128962	15	12.1	15	66	22	64	34	4	1	59	1.27
116128841--116128874	13	2.4	15	90	9	54	32	5	0	61	1.20
116128838--116128897	16	3.8	16	72	20	54	30	5	1	63	1.25
116128760--116128944	31	5.7	32	71	16	107	34	4	2	58	1.29
116129892--116129924	15	2.2	15	89	10	50	57	6	6	30	1.47
116130095--116130336	120	2.0	120	99	0	475	40	14	18	26	1.89
116144388--116144449	17	3.4	17	68	23	54	32	17	6	43	1.75
116144376--116144448	38	1.9	38	100	0	146	28	17	10	42	1.83
116147646--116147686	20	2.0	20	95	0	73	21	21	21	34	1.97
116152923--116152954	13	2.3	15	89	10	50	15	25	28	31	1.96
116153001--116153269	43	6.4	42	88	3	348	31	23	20	24	1.98
116153002--116153269	42	6.3	42	88	3	369	31	23	20	24	1.98
116153563--116153610	21	2.3	21	100	0	96	0	58	18	22	1.39
116160689--116160741	27	2.0	26	82	7	63	60	9	1	28	1.38
116161648--116161705	26	2.2	26	96	0	107	34	3	24	37	1.72
116164566--116164595	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116166431--116166472	6	7.0	6	91	0	66	38	0	61	0	0.96
116167150--116167221	28	2.5	29	82	10	94	40	30	1	27	1.65
116167180--116167241	21	3.0	21	83	4	74	40	32	1	25	1.66
116167209--116167276	28	2.5	28	81	9	77	47	35	1	16	1.56
116167365--116167445	21	3.5	21	68	27	56	43	28	0	28	1.55
116167358--116167510	28	5.6	28	71	17	106	43	28	0	26	1.60
116167413--116167484	35	2.2	32	85	12	92	44	27	1	26	1.63
116167473--116167540	28	2.5	27	83	7	75	47	29	1	22	1.60
116167634--116167679	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
116167201--116167721	263	2.0	262	87	4	764	44	27	2	25	1.66
116167698--116167746	15	3.3	15	85	2	55	40	40	2	16	1.60
116167715--116167774	29	2.1	29	83	0	75	38	40	1	20	1.62
116167718--116167781	22	2.9	23	73	17	64	40	35	3	20	1.68
116167760--116167815	28	2.0	27	83	10	69	44	33	3	17	1.66
116167712--116167816	15	7.3	15	69	14	60	41	37	2	18	1.65
116168364--116168541	86	2.1	86	98	0	347	24	23	20	30	1.98
116168493--116168605	38	2.8	39	79	16	142	24	26	20	28	1.99
116185012--116185045	15	2.3	15	89	0	50	61	20	11	5	1.50
116185358--116185395	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
116187928--116187968	16	2.6	16	84	7	57	36	12	0	51	1.40
116198365--116198438	25	2.9	25	85	2	94	39	10	17	32	1.84
116199911--116199964	27	2.0	27	82	7	65	31	3	33	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116211455--116211485	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
116211965--116212005	17	2.4	17	84	8	57	75	0	0	24	0.80
116212517--116212555	16	2.3	16	86	8	51	46	0	53	0	1.00
116212525--116212555	16	2.0	15	93	6	53	41	0	58	0	0.98
116213799--116213860	30	2.1	30	93	0	106	40	30	11	17	1.85
116213922--116214147	89	2.6	85	86	6	321	34	21	18	25	1.96
116213922--116214131	88	2.4	88	91	3	327	33	22	18	26	1.96
116214078--116214377	74	4.1	73	77	10	260	33	22	16	28	1.95
116214078--116214377	147	2.1	143	81	5	352	33	22	16	28	1.95
116227092--116227240	43	3.5	41	76	12	124	37	21	20	20	1.94
116227039--116227332	130	2.2	131	80	9	316	36	20	21	21	1.95
116227215--116227595	86	4.4	86	94	2	647	34	20	23	20	1.97
116227215--116227624	173	2.4	172	91	2	651	34	20	23	20	1.96
116231214--116231269	29	1.9	29	96	0	103	42	16	14	26	1.86
116233196--116233433	45	5.3	45	82	3	237	31	19	26	22	1.98
116233175--116233401	90	2.5	90	94	0	391	30	19	25	24	1.98
116233175--116233433	90	2.9	90	90	1	385	30	19	26	23	1.98
116236780--116236809	15	2.0	15	93	0	51	23	20	23	33	1.97
116238354--116238449	40	2.4	41	84	6	117	30	16	28	25	1.97
116240271--116240309	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
116240305--116240350	20	2.3	20	100	0	92	19	8	4	67	1.35
116240448--116240489	16	2.5	17	81	14	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116245510--116245646	46	3.0	46	89	0	211	26	30	8	35	1.85
116245620--116246084	47	10.1	47	90	4	678	25	29	10	33	1.90
116245710--116245831	22	5.3	22	64	24	72	26	29	12	31	1.92
116245783--116245857	23	3.2	23	63	29	59	28	29	10	32	1.90
116245697--116246059	180	2.0	180	95	0	654	24	29	12	34	1.91
116245791--116246059	86	3.0	86	88	8	421	23	29	12	34	1.91
116245938--116246008	22	3.1	22	64	25	56	22	29	14	33	1.93
116245660--116246084	227	1.9	227	93	0	742	25	28	11	34	1.90
116250044--116250146	54	1.9	54	88	4	154	41	19	28	10	1.84
116251298--116251943	44	14.4	44	71	12	388	32	17	21	28	1.96
116251298--116251943	89	7.2	88	73	12	424	32	17	21	28	1.96
116251480--116251719	45	5.5	42	77	9	144	30	17	22	29	1.97
116251298--116251643	181	1.9	184	86	3	491	32	18	21	27	1.97
116251298--116251861	270	2.1	270	86	3	778	32	17	21	28	1.96
116253368--116253413	3	15.3	3	95	0	83	34	2	0	63	1.07
116253428--116253515	28	3.1	28	65	18	74	30	10	4	54	1.54
116253408--116253515	56	1.9	57	96	1	200	31	11	3	53	1.53
116253511--116253560	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
116253703--116253743	16	2.4	18	80	8	50	19	9	2	68	1.29
116254045--116254083	20	2.0	20	100	0	78	30	5	5	58	1.41
116257163--116257207	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
116272861--116272910	16	3.4	16	69	25	56	36	18	26	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116272858--116272913	27	2.1	27	100	0	112	39	17	25	17	1.92
116272812--116272959	73	2.0	73	96	0	269	39	14	25	20	1.90
116272885--116273084	46	4.4	46	79	6	217	41	15	23	20	1.89
116272885--116273084	91	2.2	92	83	2	251	41	15	23	20	1.89
116274761--116275105	47	7.3	47	91	2	521	29	30	8	31	1.87
116274761--116275105	96	3.6	95	91	2	541	29	30	8	31	1.87
116274932--116275007	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
116275028--116275102	23	3.3	22	65	7	60	29	28	10	32	1.90
116278845--116279196	40	8.8	40	92	0	562	25	27	20	26	1.99
116281140--116281218	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
116281090--116281226	47	2.9	47	87	2	195	27	33	8	31	1.86
116281198--116281260	32	2.0	32	96	0	117	28	34	9	26	1.88
116281244--116281319	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
116281229--116281419	47	4.0	47	92	3	330	30	30	8	30	1.87
116281151--116281307	79	2.0	79	94	0	278	28	32	8	29	1.88
116281229--116281417	96	2.0	95	95	1	342	30	30	8	31	1.87
116284680--116284775	43	2.2	43	88	0	138	35	21	14	28	1.93
116284680--116284787	43	2.5	43	81	3	128	36	23	12	27	1.91
116285778--116285864	25	3.5	25	83	0	111	21	27	17	33	1.96
116286053--116286085	16	2.0	17	88	5	50	27	12	24	36	1.91
116289043--116289242	35	5.7	35	82	5	242	32	24	12	31	1.91
116289045--116289242	70	2.8	70	89	0	270	32	24	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116289045--116289242	105	1.9	106	89	3	310	32	24	11	31	1.91
116291582--116291621	19	2.0	20	85	4	55	37	7	10	45	1.66
116292612--116293220	302	2.0	303	98	0	1175	31	11	18	39	1.85
116296616--116296902	143	2.0	141	86	2	396	21	19	18	39	1.92
116316144--116316174	14	2.2	14	100	0	62	12	22	12	51	1.74
116323355--116323386	4	8.2	4	93	6	57	0	25	0	75	0.81
116325127--116325161	2	17.5	2	87	0	52	2	45	0	51	1.16
116326627--116326663	18	2.1	17	90	5	56	70	5	0	24	1.08
116327799--116327867	30	2.2	32	84	5	88	42	4	5	47	1.47
116333159--116333246	38	2.2	40	88	4	126	53	5	0	40	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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