genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26958454--26958518	29	2.2	28	80	17	71	47	3	1	47	1.27
26970604--26970630	6	4.5	6	100	0	54	81	0	18	0	0.69
26972505--26972643	58	2.4	58	84	4	176	53	2	0	43	1.17
26972594--26972654	32	1.9	32	83	6	79	55	1	1	40	1.19
26972631--26972671	22	2.0	20	85	9	55	56	2	2	39	1.26
26973109--26973256	74	2.0	74	97	0	278	28	18	14	39	1.89
26974711--26974739	12	2.5	12	94	5	51	27	6	6	58	1.50
26974824--26974850	12	2.2	12	100	0	54	22	0	7	70	1.12
26980869--26980893	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
26981922--26981998	21	3.6	21	69	10	66	25	27	29	16	1.97
26985504--26985562	31	1.9	31	100	0	118	49	16	13	20	1.80
26988584--26988616	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
26988644--26988669	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
26990082--26990141	30	2.0	30	96	0	111	15	13	30	41	1.85
26996235--26996693	158	2.9	157	80	6	498	36	16	13	33	1.88
27000320--27000486	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
27001308--27001353	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
27008289--27008454	40	4.2	40	82	3	185	24	27	21	26	1.99
27008305--27008416	39	2.8	38	87	4	143	25	28	22	24	1.99
27008305--27008454	79	1.9	78	83	6	196	24	27	22	26	1.99
27009274--27009319	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
27011132--27011173	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27011223--27011262	21	1.9	21	94	0	71	40	2	2	55	1.27
27011335--27011385	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
27023619--27023759	74	1.9	74	92	2	239	31	19	22	26	1.98
27023679--27024040	89	4.1	88	84	6	455	27	17	20	34	1.95
27023947--27024097	74	2.1	73	88	1	221	27	14	23	34	1.94
27023879--27024197	162	2.0	160	88	2	478	27	15	22	34	1.94
27024020--27024258	89	2.7	89	86	5	324	28	14	19	36	1.92
27024182--27024215	16	2.1	16	88	0	50	20	8	5	64	1.43
27026214--27026255	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
27026273--27026324	27	1.9	27	84	7	70	32	7	9	50	1.64
27026304--27026343	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
27026416--27026466	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
27027893--27027933	18	2.2	19	86	4	57	31	2	0	65	1.05
27034046--27034081	18	2.1	18	89	5	56	16	41	30	11	1.83
27036402--27036466	18	3.3	20	69	14	55	50	1	3	44	1.26
27038143--27038182	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27043476--27043500	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
27047988--27048017	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
27048848--27048925	38	2.1	38	97	0	147	42	15	6	35	1.73
27051520--27051693	44	3.8	49	79	15	183	28	28	21	21	1.99
27051525--27051693	93	1.8	91	94	2	302	28	28	21	21	1.98
27059014--27059184	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27059009--27059181	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
27062575--27062631	25	2.3	25	93	0	96	33	21	19	26	1.97
27070384--27070636	68	3.9	64	77	11	219	30	16	28	24	1.96
27080468--27080500	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27084958--27085018	10	5.5	11	77	22	56	37	1	21	39	1.63
27095047--27095148	29	3.5	29	97	0	186	28	30	14	26	1.95
27095017--27095148	58	2.3	58	87	0	165	25	31	15	28	1.95
27102836--27102860	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
27105378--27105421	23	2.0	23	87	12	67	40	13	2	43	1.57
27108510--27108568	31	1.9	31	85	0	82	38	8	10	42	1.69
27111185--27111219	12	3.1	12	88	12	56	65	0	0	34	0.93
27115544--27115617	30	2.4	29	82	8	85	16	12	9	62	1.54
27121294--27121353	26	2.3	25	81	16	68	58	0	40	1	1.08
27131826--27131953	40	3.2	40	79	1	150	25	26	21	25	2.00
27137650--27137777	40	3.2	40	77	10	147	24	27	24	24	2.00
27137662--27137774	38	2.9	37	81	11	129	22	27	25	24	2.00
27137666--27137814	40	3.8	40	78	6	144	22	26	24	26	2.00
27145631--27145757	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
27149538--27149577	21	1.9	21	89	0	62	12	27	17	42	1.85
27152662--27152719	26	2.2	26	93	0	98	29	17	13	39	1.88
27158196--27158263	34	2.0	34	86	11	95	30	23	26	19	1.98
27157720--27158773	351	3.0	351	98	0	2018	25	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27158547--27158614	34	2.0	34	85	5	93	30	23	25	20	1.98
27158904--27158942	19	2.1	19	85	9	53	41	15	12	30	1.85
27159642--27159687	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
27160542--27160590	25	2.0	25	84	8	64	67	2	30	0	1.02
27160562--27160595	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
27160561--27160599	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
27161624--27161745	54	2.3	54	92	0	199	18	21	18	41	1.90
27161861--27161990	18	7.1	18	72	10	75	36	12	13	36	1.83
27170023--27170057	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
27170294--27170436	51	3.0	51	84	8	158	30	30	17	21	1.96
27170355--27170438	43	2.0	43	95	0	150	28	32	19	20	1.96
27174649--27174717	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
27178739--27178987	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	22	1.99
27178739--27178987	119	2.1	119	89	2	374	25	24	28	22	1.99
27181772--27181840	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
27183486--27183555	15	4.7	15	75	7	52	60	18	8	12	1.58
27186758--27186784	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27187084--27187165	43	1.9	43	92	0	137	30	31	18	19	1.96
27188457--27188532	38	2.0	38	100	0	152	31	42	10	15	1.81
27203340--27203513	84	2.1	84	92	0	285	27	18	27	26	1.98
27203379--27203512	42	3.2	41	71	4	133	29	17	26	26	1.98
27203379--27203525	41	3.5	41	72	3	132	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27211861--27212020	26	6.2	26	90	0	257	33	8	23	35	1.84
27211861--27212020	52	3.1	52	95	0	284	33	8	23	35	1.84
27213506--27213558	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
27219971--27220031	21	2.9	21	92	0	104	1	55	19	22	1.52
27225477--27225597	39	3.1	39	92	0	206	21	23	29	24	1.99
27234113--27234340	114	2.0	114	99	0	447	37	22	8	31	1.84
27234438--27234537	37	2.7	37	90	0	146	24	34	19	23	1.97
27234681--27235161	48	10.0	48	91	2	770	32	27	6	34	1.82
27239145--27239272	9	13.6	9	73	12	96	30	1	21	46	1.60
27239178--27239255	39	2.0	39	90	5	122	30	1	21	46	1.60
27239147--27239259	57	2.0	57	84	3	147	29	1	23	46	1.62
27241682--27241849	39	4.3	39	84	0	219	31	19	25	23	1.98
27241680--27241849	78	2.2	78	88	1	250	31	19	25	23	1.98
27243495--27243566	25	2.8	25	91	2	108	34	6	34	23	1.82
27244511--27244535	11	2.3	11	100	0	50	60	16	8	16	1.58
27244647--27244692	24	1.9	24	100	0	92	58	8	15	17	1.61
27245603--27245663	7	8.7	7	83	0	59	45	44	1	8	1.43
27245603--27245663	14	4.4	14	80	0	68	45	44	1	8	1.43
27245610--27245662	21	2.5	21	90	0	79	47	41	1	9	1.47
27245788--27245823	14	2.6	14	86	0	54	44	30	0	25	1.54
27245937--27245979	14	3.1	14	87	12	61	48	39	0	11	1.40
27246353--27246418	14	4.7	13	79	9	60	48	31	0	19	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27246391--27246425	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
27246343--27246427	28	3.0	28	73	13	75	49	30	0	20	1.49
27247250--27247417	74	2.3	74	81	1	185	29	20	18	31	1.96
27251238--27251507	48	5.6	48	76	8	282	25	21	31	22	1.98
27251233--27251508	96	2.9	96	87	1	394	25	21	30	22	1.98
27254547--27254579	16	2.1	16	94	0	57	39	21	0	39	1.53
27254771--27255024	53	4.8	53	81	7	234	21	25	17	35	1.95
27254818--27255014	108	1.8	109	90	3	317	22	25	16	34	1.95
27262080--27262193	40	2.8	40	82	1	138	26	28	22	22	1.99
27265280--27265312	16	2.1	16	94	0	57	39	21	0	39	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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