genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31152012--31152099	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
31152205--31152269	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
31156035--31156093	27	2.2	26	84	6	73	42	13	8	35	1.75
31156050--31156140	27	3.4	28	83	6	98	40	16	8	34	1.79
31156145--31156353	27	7.8	27	90	0	287	27	23	9	39	1.85
31156305--31156584	27	10.3	27	77	6	156	37	20	9	32	1.85
31156091--31156381	81	3.6	81	78	1	244	30	21	9	38	1.86
31156267--31156471	54	3.8	54	81	2	151	34	20	9	35	1.85
31156091--31156481	81	4.9	81	76	3	232	32	21	9	36	1.86
31156346--31156584	54	4.4	54	74	11	177	39	20	9	30	1.84
31156615--31156706	27	3.4	27	89	0	130	32	20	26	20	1.97
31157313--31157462	26	5.8	26	88	0	230	27	22	22	28	1.99
31157313--31157462	52	2.9	52	92	1	257	27	22	22	28	1.99
31157607--31157698	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
31157722--31157800	31	2.5	31	87	0	122	30	16	25	27	1.97
31164312--31164389	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
31164311--31164754	47	9.1	47	85	8	600	31	12	30	26	1.93
31164487--31164562	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
31164611--31164685	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
31164311--31164754	100	4.5	98	90	4	630	31	12	30	26	1.93
31164311--31164731	147	2.8	147	87	7	602	31	12	29	26	1.93
31164728--31164864	46	3.0	46	87	0	193	33	8	31	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31165006--31165076	37	1.9	37	100	0	142	23	19	32	23	1.98
31168974--31169016	21	2.0	21	90	0	68	30	37	0	32	1.58
31170730--31170893	23	7.1	23	65	10	75	23	20	20	35	1.96
31170741--31170892	46	3.3	46	80	3	164	23	19	20	36	1.95
31184519--31184706	40	4.7	40	84	3	245	26	26	20	26	1.99
31198423--31198451	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
31208313--31208417	50	2.1	50	81	10	117	22	25	18	33	1.97
31208313--31208417	25	4.2	25	68	13	81	22	25	18	33	1.97
31217359--31217387	14	2.1	14	100	0	58	27	24	6	41	1.80
31224774--31224829	24	2.3	24	87	0	85	48	10	23	17	1.79
31225169--31225533	182	2.0	182	92	0	615	20	19	5	55	1.62
31227371--31227458	40	2.2	40	81	4	97	21	30	26	21	1.98
31227395--31227552	40	4.0	40	78	4	133	23	27	23	25	2.00
31232154--31232254	29	3.4	29	95	2	184	24	23	13	37	1.92
31232154--31232284	59	2.2	60	90	1	201	25	24	13	35	1.93
31235073--31235115	13	3.4	13	90	9	63	74	0	23	2	0.93
31236801--31236831	12	2.6	12	100	0	62	32	16	9	41	1.80
31240700--31240730	12	2.6	12	100	0	62	32	16	9	41	1.80
31246498--31246612	31	3.7	31	92	1	187	27	24	17	30	1.97
31246636--31246769	42	3.2	42	97	2	252	34	20	14	30	1.93
31246918--31246986	25	2.8	25	84	0	93	27	23	23	26	2.00
31247797--31247860	27	2.4	27	84	5	85	20	25	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31247977--31248100	27	4.6	27	78	4	124	28	6	22	42	1.78
31247894--31248100	110	1.9	108	80	5	238	30	8	20	40	1.82
31247978--31248133	81	1.9	81	82	7	192	29	9	19	41	1.83
31247892--31248104	27	7.8	27	73	9	92	30	8	20	39	1.83
31248120--31248223	27	3.9	26	82	6	93	39	10	22	27	1.87
31248132--31248223	27	3.4	27	87	0	130	40	8	23	27	1.84
31249858--31249889	12	2.6	12	95	5	55	31	0	0	68	0.90
31250032--31250109	5	16.6	5	73	17	69	38	3	0	57	1.17
31250032--31250109	37	2.1	38	86	11	108	38	3	0	57	1.17
31250068--31250133	30	2.1	31	86	10	91	36	3	0	60	1.12
31254641--31254700	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
31272630--31273192	176	3.2	176	86	0	847	34	20	18	26	1.95
31274194--31274273	40	2.0	40	100	0	160	20	12	10	57	1.63
31275207--31275263	18	3.0	19	78	19	57	35	5	0	59	1.20
31275240--31275283	20	2.3	18	84	7	52	36	2	0	61	1.09
31276783--31276922	70	2.0	70	95	0	253	32	15	9	43	1.78
31278193--31278228	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
31281047--31281198	40	3.8	40	82	5	155	28	22	26	23	1.99
31290565--31290695	41	3.2	41	86	1	172	36	22	18	22	1.95
31290836--31291001	41	4.1	41	84	1	226	24	16	25	33	1.96
31290824--31290989	81	2.0	81	91	0	269	24	18	24	33	1.97
31291733--31291775	21	2.0	21	86	8	61	20	2	32	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31292183--31292231	8	6.6	7	90	4	62	67	4	2	26	1.19
31292159--31292237	8	9.6	8	77	10	54	60	5	2	31	1.31
31292183--31292231	15	3.3	15	88	8	64	67	4	2	26	1.19
31292265--31292310	23	2.0	24	82	4	58	63	8	2	26	1.35
31292328--31292376	25	1.9	26	87	4	73	71	0	8	20	1.11
31298102--31298208	42	2.5	42	83	1	142	31	21	23	23	1.98
31298187--31298276	42	2.1	42	86	10	121	31	27	16	24	1.97
31309390--31309440	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
31309412--31309469	22	2.7	21	86	7	80	34	3	18	43	1.68
31311553--31311588	17	2.1	17	100	0	72	30	16	30	22	1.96
31314548--31314598	19	2.9	17	80	11	57	35	7	17	39	1.79
31314557--31314627	22	3.4	21	79	11	65	32	5	18	43	1.73
31314570--31314624	22	2.5	22	85	5	67	32	3	18	45	1.67
31315639--31315730	46	2.0	46	91	6	152	58	9	7	23	1.56
31319873--31319916	15	2.8	16	76	13	54	40	0	0	59	0.98
31322113--31322148	17	2.1	18	89	5	56	36	16	25	22	1.94
31322643--31322703	24	2.5	24	97	0	113	26	19	18	36	1.94
31326161--31326275	17	6.7	17	72	9	72	38	13	13	34	1.84
31326161--31326287	34	3.7	32	75	12	92	37	14	13	35	1.85
31326437--31326851	138	3.0	138	85	1	537	28	18	23	29	1.98
31326634--31327113	262	1.8	262	82	3	617	27	16	25	30	1.96
31326877--31327203	138	2.4	138	81	6	333	26	14	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31326446--31327203	400	1.9	400	80	3	880	27	16	24	30	1.97
31329094--31329135	17	2.5	17	96	0	75	40	28	0	30	1.57
31334322--31334693	126	2.9	125	87	2	503	38	16	16	28	1.91
31339373--31339537	48	3.5	48	75	6	165	30	18	25	24	1.98
31344054--31344113	31	1.9	31	96	0	111	50	6	0	43	1.28
31344168--31344206	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
31344246--31344311	19	3.3	19	77	12	62	66	1	6	25	1.23
31344496--31344523	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
31345893--31346361	27	17.3	27	78	4	246	37	20	8	32	1.84
31346031--31346361	54	6.1	54	77	6	274	40	21	8	29	1.82
31346776--31346852	20	3.8	20	92	1	118	24	20	31	23	1.98
31347307--31347400	25	3.8	25	84	1	127	26	23	22	27	1.99
31347307--31347413	25	4.4	24	82	8	110	28	21	22	27	1.99
31347619--31347759	31	4.5	31	92	0	228	27	17	24	30	1.97
31348556--31348589	17	2.0	17	88	0	50	44	11	5	38	1.65
31353363--31353471	46	2.4	45	85	11	134	31	17	26	24	1.97
31353544--31353679	49	2.8	49	79	0	155	29	19	27	23	1.98
31354983--31355021	21	1.9	20	89	5	60	10	35	30	23	1.88
31356093--31356154	30	2.1	30	84	0	79	11	16	43	29	1.82
31358530--31358689	49	3.3	49	95	1	279	30	31	7	31	1.85
31361933--31361973	21	2.0	21	85	0	55	43	2	21	31	1.66
31363676--31363728	26	2.0	26	100	0	106	35	7	7	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31366936--31367028	47	2.0	47	93	4	161	56	9	6	26	1.55
31369151--31369190	21	1.9	21	94	0	71	2	55	0	42	1.13
31369153--31369190	12	3.2	12	88	0	58	2	55	0	42	1.14
31369943--31370132	93	2.0	94	86	1	265	34	17	8	38	1.82
31370465--31370521	28	2.0	28	100	0	114	45	19	10	24	1.81
31375554--31375639	33	2.5	34	83	5	111	38	4	30	26	1.77
31377282--31377404	60	2.0	60	98	0	237	26	27	11	34	1.91
31378484--31378511	11	2.5	11	100	0	56	7	25	0	67	1.15
31384561--31384837	26	10.6	26	70	16	171	61	4	5	28	1.38
31384561--31384837	50	5.3	50	73	13	209	61	4	5	28	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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