genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.387.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  387  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112499237--112499582	27	12.8	27	87	3	401	40	8	22	28	1.83
112499506--112499810	27	11.3	27	86	2	251	32	8	21	37	1.84
112499660--112499827	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	41	1.78
112502608--112502671	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
112502863--112503005	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
112502863--112503004	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
112502862--112503005	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
112503056--112503115	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
112503158--112503205	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
112504442--112504732	27	10.9	27	85	5	331	41	8	21	28	1.82
112504443--112504732	134	2.2	134	87	2	404	41	8	21	28	1.82
112504443--112504732	107	2.7	108	83	4	354	41	8	21	28	1.82
112504739--112504803	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
112504782--112504959	27	6.7	27	88	3	245	30	7	20	41	1.80
112504782--112504958	53	3.3	53	88	3	187	30	7	20	41	1.80
112504728--112504959	54	4.3	53	83	4	245	29	8	21	40	1.82
112504728--112504959	80	2.9	78	84	5	259	29	8	21	40	1.82
112504809--112504977	53	3.2	53	90	4	227	31	7	20	41	1.79
112504810--112504976	27	6.3	26	84	3	172	31	7	19	41	1.79
112506315--112506377	31	2.0	31	96	0	117	47	15	14	22	1.81
112507156--112507188	17	1.9	17	100	0	66	18	6	6	69	1.30
112511837--112511904	9	7.6	9	81	6	84	45	20	8	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112530020--112530624	27	22.7	27	78	2	443	38	20	8	32	1.82
112530020--112530402	54	7.1	54	88	0	491	39	20	9	31	1.84
112530494--112530651	54	2.9	53	82	5	149	41	20	9	28	1.84
112530614--112530721	27	4.0	27	80	2	119	37	17	19	25	1.94
112530549--112530719	54	3.2	54	77	8	143	38	17	15	28	1.91
112530700--112530763	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
112531115--112531193	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
112531115--112531208	6	15.3	6	73	16	77	20	18	13	47	1.82
112535123--112535169	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
112535428--112535694	46	6.0	46	86	7	354	21	24	15	38	1.92
112535607--112535682	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
112535726--112535862	54	2.5	54	100	0	274	29	25	19	24	1.98
112539461--112539511	24	2.0	25	85	7	68	25	13	23	37	1.92
112540991--112541099	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
112543258--112543359	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
112547145--112547355	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
112547111--112547397	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
112547645--112547697	26	2.0	27	82	7	65	24	15	24	35	1.94
112549179--112549288	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
112549375--112549801	213	2.0	213	95	0	775	30	22	12	34	1.91
112551984--112552030	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
112552291--112552598	46	6.9	46	86	8	395	22	23	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112552516--112552590	37	2.0	38	97	2	143	24	26	17	32	1.97
112555253--112555709	46	10.0	46	88	2	625	40	14	23	22	1.90
112555989--112556021	17	2.0	17	94	5	59	51	0	12	36	1.39
112557921--112557961	2	22.0	2	85	14	61	53	0	0	46	1.00
112561967--112562025	25	2.3	25	85	2	82	37	23	16	22	1.94
112561987--112562037	25	2.0	25	81	7	59	39	25	17	17	1.92
112562021--112562116	40	2.4	40	78	0	111	42	33	14	9	1.78
112562085--112562142	25	2.4	25	85	2	73	44	31	12	12	1.78
112563370--112563419	16	3.2	15	77	8	55	82	0	8	10	0.86
112563366--112563416	21	2.4	21	77	6	59	80	0	9	9	0.91
112563742--112563778	15	2.3	17	86	9	51	72	0	10	16	1.10
112564297--112564360	18	3.6	18	80	4	67	68	0	3	28	1.04
112564300--112564363	28	2.3	28	81	10	78	67	0	3	29	1.06
112564759--112564915	10	16.1	10	67	19	64	40	4	0	54	1.25
112564848--112564909	29	2.1	29	88	5	90	38	1	0	59	1.07
112573281--112573319	17	2.3	17	86	0	51	46	0	0	53	1.00
112573287--112573345	18	3.3	18	85	4	75	40	1	0	57	1.09
112573291--112573346	17	3.2	17	85	5	76	41	1	0	57	1.09
112573541--112573572	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112573726--112573758	14	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
112575028--112575251	51	4.1	53	70	11	139	35	17	21	25	1.95
112577501--112577555	11	4.9	11	88	4	74	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112579684--112579993	46	6.7	46	93	0	433	41	13	22	21	1.89
112580172--112580237	31	2.1	31	100	0	132	56	3	15	25	1.54
112581624--112581659	18	2.0	18	100	0	72	50	11	33	5	1.61
112583816--112583897	25	3.3	25	86	3	103	31	14	24	29	1.95
112583850--112583945	25	3.9	25	71	17	65	36	17	22	22	1.95
112583902--112583999	52	1.9	50	84	12	128	35	20	22	21	1.96
112587378--112587422	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
112587503--112587540	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
112595121--112595165	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
112598530--112598677	53	2.8	51	81	7	152	25	25	15	33	1.95
112600586--112600621	14	2.5	15	90	4	56	55	2	8	33	1.44
112600674--112600737	33	2.0	33	85	8	89	60	3	6	29	1.36
112600706--112600759	21	2.7	20	80	13	65	61	0	7	31	1.24
112600747--112600807	29	2.2	28	82	5	70	67	0	6	26	1.15
112604696--112605589	204	4.4	206	91	3	1393	29	21	17	31	1.96
112615239--112615332	47	2.0	47	97	0	179	27	37	8	26	1.85
112617141--112617211	23	3.1	23	70	8	63	60	11	1	26	1.39
112617661--112617694	16	2.1	17	94	5	61	58	11	5	23	1.55
112617765--112617822	26	2.1	27	81	15	66	56	3	6	32	1.42
112620503--112620710	90	2.3	90	76	4	206	51	13	6	28	1.66
112621069--112621183	52	2.2	51	85	1	149	23	20	16	39	1.92
112622548--112622592	18	2.5	18	77	0	54	33	6	2	57	1.37
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112631146--112631179	13	2.5	13	90	4	50	44	26	0	29	1.55
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112656756--112656927	46	3.7	45	76	10	159	21	19	29	30	1.97
112659870--112659938	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
112659861--112659949	45	2.0	44	86	2	124	10	15	15	58	1.63
112659864--112659948	30	2.9	29	82	6	91	9	16	16	57	1.64
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112662468--112662634	46	3.6	46	76	13	171	22	20	28	28	1.99
112665124--112665183	25	2.4	25	85	0	84	23	28	18	30	1.98
112665391--112665617	113	2.0	113	99	0	445	32	9	15	42	1.79
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112668308--112668557	27	9.3	27	85	3	288	28	22	8	41	1.82
112668508--112668567	27	2.2	27	81	0	66	33	23	6	36	1.81
112669796--112669843	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112669880--112669942	20	3.2	20	93	0	108	38	12	17	31	1.87
112669997--112670186	24	8.0	24	89	3	269	28	23	21	26	1.99
112669997--112670165	47	3.6	47	92	1	284	29	23	20	27	1.98
112669997--112670186	71	2.6	71	88	5	267	28	23	21	26	1.99
112671756--112671799	22	2.0	22	100	0	88	31	18	9	40	1.81
112674741--112674804	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
112676452--112676559	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
112683821--112683928	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
112686737--112686788	14	3.7	15	85	10	65	40	13	3	42	1.62
112694814--112694866	23	2.3	22	83	9	61	56	3	3	35	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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