genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57486455--57486649	47	4.1	47	93	0	327	26	29	10	33	1.89
57486501--57486622	24	5.3	22	62	27	56	24	29	13	32	1.93
57486407--57486650	94	2.6	94	86	4	332	27	28	9	34	1.88
57486550--57486625	24	3.2	24	62	23	61	23	31	13	31	1.93
57496048--57496139	24	3.8	24	91	1	148	35	5	36	21	1.77
57511757--57511937	78	2.3	80	84	6	235	24	22	28	24	1.99
57511758--57511940	40	4.6	39	80	10	212	24	21	28	25	1.99
57519903--57520082	77	2.3	79	84	7	233	25	22	27	25	2.00
57519904--57520085	40	4.6	39	80	11	212	24	21	28	25	1.99
57522942--57523248	27	11.4	27	86	1	323	35	19	20	24	1.96
57523496--57523577	38	2.2	38	90	0	137	14	17	34	34	1.90
57523640--57523694	28	2.0	28	85	0	74	25	20	23	30	1.98
57531903--57531963	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
57538861--57539030	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
57538856--57539027	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
57538858--57539046	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
57539448--57539506	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
57540530--57540584	26	2.1	26	100	0	110	54	20	3	21	1.59
57541402--57541492	46	2.0	46	97	0	173	30	20	13	35	1.91
57541392--57541572	46	4.4	40	75	12	134	32	22	14	30	1.94
57541841--57541874	17	2.0	17	94	0	59	47	20	11	20	1.81
57543027--57543085	10	6.2	10	71	11	52	1	16	5	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57543042--57543090	22	2.2	22	85	10	64	4	16	6	73	1.19
57550238--57550275	12	3.2	12	92	0	58	7	23	42	26	1.81
57551140--57551188	25	2.0	25	87	0	71	32	20	18	28	1.96
57555017--57555187	93	1.8	93	88	0	261	29	28	21	21	1.98
57555012--57555189	46	3.8	46	75	10	173	29	28	20	21	1.98
57558163--57558330	47	3.6	47	75	18	161	22	20	28	29	1.98
57558162--57558338	93	1.9	93	90	2	284	22	20	28	29	1.98
57562876--57563048	47	3.7	47	80	13	189	21	21	28	28	1.99
57562876--57563045	92	1.8	93	93	1	297	21	21	28	28	1.99
57563274--57563311	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
57568132--57568302	93	1.8	93	86	2	245	29	26	19	23	1.99
57574527--57574882	140	2.5	139	82	6	391	29	18	28	23	1.98
57574530--57574882	94	3.8	93	83	7	387	29	18	28	24	1.98
57574530--57574882	47	7.6	47	81	7	346	29	18	28	24	1.98
57587956--57588047	28	3.3	28	92	6	152	33	28	8	29	1.87
57587960--57588044	27	3.1	27	93	5	136	32	28	9	29	1.88
57588153--57588241	27	3.2	27	87	6	126	19	24	23	32	1.97
57588153--57588266	55	2.1	55	83	9	144	18	24	21	35	1.96
57589320--57589353	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
57595889--57596072	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57595929--57596117	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57599889--57600051	39	4.2	39	75	14	115	23	24	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57599956--57600102	39	3.8	39	77	8	147	25	26	22	25	2.00
57599956--57600101	77	1.9	79	84	8	201	24	26	22	26	2.00
57599928--57600102	39	4.5	39	75	12	146	24	25	23	26	2.00
57602789--57602972	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
57602829--57603017	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
57611286--57611434	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57611327--57611434	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57614692--57614972	48	5.9	48	74	6	210	24	29	18	26	1.98
57614714--57614959	96	2.6	96	78	5	246	25	30	18	26	1.98
57619862--57620122	46	5.7	46	77	10	232	26	19	29	24	1.98
57619862--57620127	94	2.9	92	83	3	313	26	19	29	24	1.98
57625556--57625615	30	2.0	30	100	0	120	26	0	26	46	1.53
57640348--57640420	37	2.0	37	100	0	146	42	19	16	21	1.89
57642314--57642398	42	2.0	42	100	0	170	21	31	23	23	1.98
57645832--57646068	48	5.0	48	76	6	248	25	28	18	27	1.98
57645831--57646068	95	2.5	96	87	2	336	26	28	18	27	1.98
57653088--57653185	40	2.4	41	80	6	112	30	26	14	28	1.95
57659891--57659954	28	2.2	31	83	8	80	50	4	0	45	1.22
57659949--57660008	23	2.6	23	79	12	61	55	1	1	41	1.20
57659927--57660008	25	3.5	23	74	14	62	51	2	1	45	1.22
57663700--57663758	27	2.1	28	84	3	75	37	0	5	57	1.21
57663675--57663784	9	11.9	10	71	18	62	38	0	4	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57663746--57663804	25	2.3	26	85	2	75	33	5	0	61	1.18
57664249--57664295	15	3.1	15	76	11	51	23	0	27	48	1.51
57664285--57664320	17	2.2	17	90	5	56	16	2	25	55	1.55
57666262--57666428	40	4.2	40	79	2	167	24	28	22	25	1.99
57667548--57667667	58	2.1	59	82	7	147	25	15	16	42	1.87
57674191--57674357	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
57674207--57674357	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57677914--57678083	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
57677909--57678080	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
57677911--57678099	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
57684922--57684994	29	2.5	28	89	8	103	30	13	26	30	1.94
57692674--57692774	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
57706516--57706631	43	2.7	43	85	10	157	35	27	13	23	1.93
57709537--57709668	40	3.3	40	81	5	151	26	27	21	24	1.99
57717602--57717644	21	2.0	21	82	8	52	48	25	2	23	1.62
57722931--57722971	8	5.1	8	84	0	55	7	29	14	48	1.71
57722931--57722983	24	2.2	24	83	6	63	9	26	15	49	1.74
57729846--57729889	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
57731822--57731849	13	2.2	13	100	0	56	14	35	25	25	1.93
57732996--57733126	47	2.8	47	87	2	174	33	27	16	22	1.95
57736926--57737019	41	2.3	41	83	3	109	32	23	20	23	1.97
57740137--57740174	17	2.2	17	95	4	67	76	2	5	15	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57741895--57741952	30	2.0	29	86	3	80	29	20	18	31	1.97
57751891--57751982	29	3.2	29	93	0	148	30	15	30	23	1.95
57753912--57754063	39	3.9	39	88	0	223	24	22	30	22	1.99
57761398--57761528	39	3.3	39	86	1	181	23	19	32	24	1.97
57761398--57761558	39	4.1	39	83	4	153	23	20	32	23	1.98
57761398--57761547	79	1.9	78	84	1	201	24	20	32	24	1.98
57762957--57763014	30	2.0	29	93	3	98	29	25	18	25	1.98
57772076--57772161	27	3.2	26	90	3	109	32	17	25	24	1.97
57772087--57772175	27	3.3	27	90	3	126	33	21	22	22	1.97
57777439--57777482	22	2.0	22	90	0	70	61	2	2	34	1.21
57778956--57779050	28	3.4	28	82	0	118	30	11	25	32	1.91
57779002--57779078	28	2.8	28	89	0	109	24	10	29	35	1.89
57780924--57781001	26	3.1	26	65	20	74	25	12	29	32	1.93
57780868--57781013	50	2.9	51	84	2	168	26	14	27	32	1.95
57785948--57786033	43	2.0	43	100	0	172	34	9	13	41	1.77
57788918--57789089	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
57788910--57789085	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
57791464--57791552	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
57791464--57791543	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
57791475--57791552	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
57794503--57794674	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
57794495--57794670	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57808152--57808195	15	2.9	15	86	0	61	54	15	13	15	1.71
57815089--57815207	29	4.1	28	83	3	96	29	12	28	29	1.93
57815101--57815211	58	1.9	58	81	3	134	28	13	28	28	1.94
57815125--57815212	29	3.0	29	84	0	113	28	12	30	28	1.93
57819667--57819746	29	2.8	29	94	0	133	30	15	28	26	1.96
57827333--57827392	28	2.1	28	90	0	93	25	20	23	31	1.98
57832293--57832358	19	3.2	21	85	6	64	36	21	7	34	1.82
57832310--57832407	19	5.2	19	90	7	155	35	17	9	37	1.82
57832310--57832407	36	2.6	37	88	9	144	35	17	9	37	1.82
57833266--57833631	84	4.4	84	90	2	573	25	21	22	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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